| Low-cost and High-throughput RNA-seq Library Preparation for Illumina Sequencing from Plant Tissue
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Author:
Date:
2020-10-20
[Abstract] Transcriptome analysis can provide clues to biological processes affected in different genetic backgrounds or/and under various conditions. The price of RNA sequencing (RNA-seq) has decreased enough so that medium- to large-scale transcriptome analyses in a range of conditions are feasible. However, the price and variety of options for library preparation of RNA-seq can still be daunting to those who would like to use RNA-seq for their first time or for a single experiment. Among the criteria for selecting a library preparation protocol are the method of RNA isolation, nucleotide ...
[摘要] [摘要] 转录组分析可以为不同遗传背景或不同条件下的生物学过程提供线索。RNA测序（RNA-seq）的价格已经下降到足够低的程度，因此在各种条件下进行中大规模转录组分析是可行的。然而，对于那些希望第一次使用RNA-seq或进行单个实验的人来说，RNA-seq库制备的价格和各种选择仍然是令人望而生畏的。选择文库制备方案的标准包括RNA分离方法、核苷酸片段化以获得所需的大小范围，以及文库索引以汇集测序样本进行多路复用。在这里，我们提出了一个高质量和高通量的选择，从多聚腺苷酸mRNA制备文库用于转录组分析。高质量和高通量的方案选择都包括通过磁珠使poly-A尾部沉淀，cDNA合成，然后通过Tn5介导的“标记”同时裂解和添加适配器的步骤。该方案的所有步骤均已通过拟南芥叶片和幼苗组织的验证，并简化为协同工作，在资金和时间上成本最低，因此旨在为转录组分析提供一个初学者友好的从开始到完成的RNA序列库制备。
[背景] 通过Southern印迹、expressed sequence ...
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| Antifungal and Zearalenone Inhibitory Activity of Ocimum sanctum L. Essential Oil on Fusarium graminearum Determined by UHPLC and RT-qPCR
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Author:
Date:
2016-08-05
[Abstract] Fusarium graminearum has been given special attention in the context of agricultural commodities due to its ability to grow in diverse climatic conditions, and to produce different mycotoxins including zearalenone (ZEA) and type-B trichothecenes, which cause ill health effects on humans, animals and plants. The application of synthetic antifungal agents for the control of F. graminearum result in negative health impacts in livestock and humans and the upsurge of resistant organisms as well. Therefore, there is a need to propose proper food grain management practices, ...
[摘要] 由于其在多种气候条件下生长的能力，并且产生不同的真菌毒素，包括玉米赤霉烯酮（ZEA）和B型单端孢霉烯，因此在农业商品的背景下已经特别关注禾谷镰刀菌对人类，动物和植物的健康影响。合成抗真菌剂用于控制F的应用。禾谷镰菌对家畜和人类的健康造成负面影响，以及抗性生物体的高涨。因此，需要提出适当的食物谷物管理实践，包括应用草本抗真菌剂和真菌毒素控制剂以减少产毒的F的生长。禾谷镰菌以及在农产品中生产ZEA。 罗勒属圣地也被称为圣罗勒或图尔西被广泛用作阿育吠陀的药用植物。目前的协议表明量化em的抗真菌活性。圣地牙本香精油（OSEO），如由降低的F所反映的。禾谷镰刀菌生长和ZEA生产。 OSEO的抗真菌活性通过微孔稀释法进行，并通过扫描电子显微镜方法定量进一步验证。通过定量逆转录PCR（RT-qPCR）和超高效液相色谱（UHPLC）方法从F的肉汤培养物分析OSEO对ZEA产生的影响。禾本科。 OSEO的抗真菌毒性功效直接在F上评估。禾谷镰菌接种的玉米谷物。该方案有效地评估OSEO作为抗真菌侵袭和ZE生产的草药拮抗剂的活性。禾本科。该方案可用于测试多种草药化合物对抗F的抗真菌活性。禾谷镰刀菌或对其他霉菌毒素真菌进行修饰，这是对食品安全和加工工业的重要干预，其中真菌侵染是主要关注的问题。
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