| mRNA Extraction from Gill Tissue for RNA-sequencing
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Author:
Date:
2020-03-05
[Abstract] Adaptation is thought to proceed in part through spatial and temporal changes in gene expression. Fish species such as the threespine stickleback are powerful vertebrate models to study the genetic architecture of adaptive changes in gene expression since divergent adaptation to different environments is common, they are abundant and easy to study in the wild and lab, and have well-established genetic and genomic resources. Fish gills, due to their respiratory and osmoregulatory roles, show many physiological adaptations to local water chemistry, including differences in gene expression. ...
[摘要] [摘要 ] 适应被认为是部分通过基因表达的时空变化进行的。鱼种如 三脊棘背由于对不同环境的适应性差异很普遍，因此它们是研究基因表达适应性变化的遗传结构的强大脊椎动物模型，它们在野外和实验室中丰富且易于研究，并且具有完善的遗传和基因组资源。鱼g由于其呼吸和渗透调节作用，对局部水化学表现出许多生理适应性，包括基因表达的差异。但是，从流行于软骨和骨骼的小组织样本（例如鱼g）中，使用流行的基于柱的提取方法获得高质量的RNA可能具有挑战性。在这里，我们描述了不使用纯化柱的基于珠子的mRNA提取和转录组RNA-seq协议。为了使用动物或植物组织进行各种基因表达实验，可以根据样品量轻松调整实验方案。
[背景 ] 转录组测序（RNA-seq）用于量化基因的表达水平，鉴定样品组之间基因表达水平的差异并推断基因共表达。在进化遗传学研究，RNA-SEQ可以用来作为一种方法来研究自适应发散的分子基础（例如，Rougeux 等人;，2019 Verta酒店和Jones，2019） ，鉴定候选基因底层自适应的表型（例如，费雷拉等等人，2017），并推断未知基因的功能（例如，Rawat ...
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| Long-term in vitro Culture of Cryptosporidium parvum
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Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract] Continuous in vitro growth of Cryptosporidium parvum has proved difficult and conventional in vitro culture techniques result in short-term (2-5 days) growth of the parasite resulting in thin-walled oocysts that fail to propagate using in vitro cultures, and do not produce an active infection using immunosuppressed or immunodeficient mouse models (Arrowood, 2002). Here we describe the use of hollow fiber bioreactors (HFB) that simulate in vivo conditions by providing oxygen and nutrients to host intestinal cells from the basal surface and permit ...
[摘要] Cryptosporidium parvum 的连续体外生长已证明是困难的，并且常规体外培养技术导致短期（2-5天）生长寄生虫导致薄壁卵囊不能使用体外培养物繁殖，并且不使用免疫抑制或免疫缺陷小鼠模型产生活跃感染（Arrowood，2002）。在这里，我们描述了中空纤维生物反应器（HFB）的使用，通过提供氧气和营养物质从基础表面宿主肠细胞模拟体内条件，并允许建立低氧化还原，高营养环境顶面。当接种10 5 C时。 parvum （爱荷华州分离物）卵囊生物反应器在14天后每ml产生10个 8 卵囊（20ml额外毛细血管体积），并保持2年以上。使用TCR-α免疫缺陷小鼠模型的体内感染性研究显示，在6,12和18个月时从生物反应器产生的卵囊与用于启动培养的亲本Iowa分离物无法区分。 HFB产生的卵囊具有与亲本爱荷华分离物类似的百分比分析。
【背景】 Cryptosporidium parvum 是人和其他哺乳动物肠道的细胞内专性寄生虫，导致急性腹泻。该疾病在免疫功能正常的个体中是自限性的，然而，在免疫功能低下的成人和幼儿中，该疾病可能危及生命（Kotloff，2017）。它是经济资源低的国家中三种被诊断出的儿童肠道疾病之一（Kotloff et al。，2013; Sow et ...
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| Extraction and 16S rRNA Sequence Analysis of Microbiomes Associated with Rice Roots
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Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract] Plant roots associate with a wide diversity of bacteria and archaea across the root-soil spectrum. The rhizosphere microbiota, the communities of microbes in the soil adjacent to the root, can contain up to 10 billion bacterial cells per gram of soil (Raynaud and Nunan, 2014) and can play important roles for the fitness of the host plant. Subsets of the rhizospheric microbiota can colonize the root surface (rhizoplane) and the root interior (endosphere), forming an intimate relationship with the host plant. Compositional analysis of these communities is important to develop tools in order to ...
[摘要] 植物根系与根 - 土壤谱中的各种细菌和古细菌相关联。根际微生物群落，即与根系相邻的土壤中的微生物群落，每克土壤可含有高达100亿个细菌细胞（Raynaud和Nunan，2014），并且可以在宿主植物的适应性方面发挥重要作用。根际微生物群的亚群可以在根表面（根毛菌）和根内部（内生孢子）定居，与寄主植物形成密切关系。这些群落的成分分析对于开发工具以操纵根系相关微生物群以提高作物生产力非常重要。由于降低了成本并提高了下一代测序的通量，因此主要通过使用16S rRNA基因的扩增子测序来最终破解这些群落的主要进展。在这里，我们首先提出一个协议，用于解剖来自各种根室的微生物群，这些根室是以水稻为模型开发的。接下来我们介绍一种使用双指数方法扩增16S rRNA基因片段的方法。最后，我们提供了一个简单的工作流程来分析生成的测序数据以进行生态推理。
【背景】各种植物根生态位寄主于源自土壤的不同微生物群落（微生物群落）（Bulgarelli et al。，2012; Lundberg等人，2012; Edwards等人。2015年; Zarraonaindia等人，2015年; Wagner等人，2016年）。由每个根生态位获得的不同微生物群可能具有不同的代谢潜力，因此可能以不同方式影响宿主植物的健康（Finkel等人，2017）。可以通过使用16S ...
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