| Analysis of Gram-negative Bacteria Peptidoglycan by Ultra-performance Liquid Chromatography
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Author:
Date:
2020-10-05
[Abstract] Bacteria are surrounded by a protective peptidoglycan cell wall. Provided that this structure and the enzymes involved are the preferred target for our most successful antibiotics, determining its structural and chemical complexity is of the highest interest. Traditionally, high-performance liquid chromatography (HPLC) analyses have been performed, but these methods are very time consuming in terms of sample preparation and chromatographic separation. Here we describe an optimized method for preparation of Gram-negative bacteria peptidoglycan and its subsequent analysis by ultra-performance ...
[摘要] [摘要]细菌被保护性肽聚糖细胞壁包围。如果这种结构和涉及的酶是我们最成功的抗生素的首选靶标，那么确定其结构和化学复杂性便是最重要的。传统上，已经进行了高效液相色谱（HPLC）分析，但是这些方法在样品制备和色谱分离方面非常耗时。在这里我们描述了一种优化的制备方法 革兰氏阴性细菌肽聚糖及其随后的超高效液相色谱（UPLC）分析。在肽聚糖分析中使用UPLC可以大大减少所需的样品量和动手时间，此外，还可以对U PLC解析的多肽进行在线质谱（MS），从而有助于对其进行鉴定。这种方法提高了我们执行高通量分析以更好地了解细胞壁生物学的能力。
[背景]细菌由肽聚糖（PG）的细胞壁所包围，除了到结构的作用，传达细胞形状和保护细菌免受外部损害，作为抗生物，化学屏障iCal和物理应力。murein囊或PG是细胞壁的主要成分。革兰氏阴性细菌在周质空间中呈现单层（Gan等，2008），而它构成了一个厚的网状结构，在革兰氏阳性细菌中具有多个堆积和交联的层（Pasquina-Lemonche等，2020）。Ť他细胞壁是交联的聚糖链的三维网状结构包围所述电池主体（Glauner等人，1988; Typas ...
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| Bacterial Competition Assay Based on Extracellular D-amino Acid Production
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Author:
Date:
2018-04-05
[Abstract] Bacteria live in polymicrobial communities under tough competition. To persist in a specific niche many species produce toxic extracellular effectors as a strategy to interfere with the growth of nearby microbes. One of such effectors are the non-canonical D-amino acids. Here we describe a method to test the effect of D-amino acid production in fitness/survival of bacterial subpopulations within a community. Co-cultivation methods usually involve the growth of the competing bacteria in the same container. Therefore, within such mixed cultures the effect on growth caused by extracellular ...
[摘要] 在激烈的竞争中，细菌生活在多种微生物群落中。为了坚持特定的生态位，许多物种会产生有毒的细胞外效应物作为干扰附近微生物生长的策略。这种效应子之一是非规范的D-氨基酸。在这里我们描述一种方法来测试D-氨基酸生产对社区内细菌亚群的适应/存活的影响。共培养方法通常涉及相同容器中竞争细菌的生长。因此，在这种混合培养物中，细胞外代谢物对生长的影响不能与物种间的直接物理相互作用区分开（例如T6SS效应物）。然而，通过使用允许小分解代谢物（例如L-和D-氨基酸）自由扩散的过滤单元可以容易地解决这个问题，同时将不同亚群保持在独立区室中。
通过这种方法，我们已经证明D-精氨酸是由霍乱弧菌产生的杀菌剂效应物，其强烈影响不同微生物亚群的存活。此外，D-精氨酸可作为混合菌群中的一种协同工具，用于保护非生产成员免受竞争细菌的侵害。
【背景】细菌生活在多种多样的物种共存并争夺现有资源的多种微生物群落中。细菌设计为在特定生态位持续存在的许多策略之一是产生有毒的细胞外代谢物作为干扰其他微生物生长和/或生存力的策略。已知D-氨基酸长时间在细菌培养物中具有细胞形状和活力的强大作用（Bopp，1965; Fox等人，1944; Kobayashi等人， 1948年; Yaw和Kakavas，1952年; Lark和Lark，1959年; Grula，1960年; ...
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| Advanced Design of Minimalistic Dumbbell-shaped Gene Expression Vectors
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Author:
Date:
2017-08-05
[Abstract] Minimal DNA vectors exclusively comprising therapeutically relevant sequences hold great promise for the development of novel therapeutic regimen. Dumbbell-shaped vectors represent non-viral non-integrating DNA minimal vectors which have entered an advanced stage of clinical development (Hardee et al., 2017). Spliceable introns and DNA nuclear import signals such as SV40 enhancer sequences are molecular features that have found multiple applications in plasmid vectors to improve transgene expression. In dumbbells however, effects triggered by introns were not investigated and ...
[摘要] 唯一包含治疗相关序列的最小DNA载体对于新型治疗方案的发展具有很大的希望。哑铃型载体代表已经进入临床发展的晚期阶段的非病毒非整合DNA最小载体（Hardee等人，2017）。可接合的内含子和DNA核输入信号如SV40增强子序列是在质粒载体中发现多个应用以改善转基因表达的分子特征。然而，在哑铃中，由内含子引发的效应未被研究，基于DNA的核导入序列尚未发现应用，可能是因为哑铃载体在尺寸上不断被最小化。我们调查内含子和/或SV40增强子衍生序列对哑铃载体驱动的报告基因表达的影响。发现可拼接内含子的实现在所有研究的细胞系中无条件地增强基因表达。相反，SV40增强子的使用改善了细胞类型依赖性的基因表达。虽然这两个特征显着增加哑铃载体大小，但内含子和增强子或两者的组合都不会对基因表达产生负面影响。相反，与质粒或对照哑铃相比，这两个特征在一起改善了哑铃驱动的基因表达，高达160-或56倍。因此，强烈建议考虑用于哑铃矢量设计的内含子和SV40增强子。这种先进的设计可以促进哑铃型DNA载体的临床前和临床应用。
【背景】虽然许多基因已经使用哑铃形DNA载体表达，但大多数这些应用使用包括启动子，编码序列（CDS）和转录终止子的基本设计。一些载体包括嵌合内含子，然而，没有报道通过这种设计增强了转基因表达（Schirmbeck等人，2001）。在这里，我们研究了分子特征引发的效应，这些特征经常在哑铃驱动基因表达的质粒设计中得到应用：1.已知来自人β-珠蛋白基因剪接的嵌合内含子促进RNA加工，核出口，随后基因表达（Luo ...
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