| Conjugation Protocol Optimised for Roseburia inulinivorans and Eubacterium rectale
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Author:
Date:
2020-04-05
[Abstract] Roseburia and Eubacterium species of the human gut microbiota play an important role in the maintaince of human health, partly by producing butyrate, the main energy source of our colonic epithelial cells. However, our knowledge of the biochemistry and physiology of these bacteria has been limited by a lack of genetic manipulation techniques. Conjugative transposons previously introduced into Roseburia species could not be easily modified, greatly limiting their applicability as genetic modification platforms. Modular plasmid shuttle vectors have previously been ...
[摘要] [摘要 ] 人体肠道菌群中的玫瑰菌属和真细菌属在维持人类健康中起着重要作用，部分原因是产生丁酸盐，这是我们结肠上皮细胞的主要能源。但是，由于缺乏基因操作技术，我们对这些细菌的生物化学和生理学的认识受到限制。先前引入玫瑰花属物种的共轭转座子不容易被修饰，极大地限制了它们作为基因修饰平台的适用性。MOD ular质粒穿梭载体先前已经开发了用于梭菌物种，其与共享一个分类次序ř oseburia 和真杆菌，提高这些矢量可以在这些生物体中使用的可能性。在这里，我们描述了一种优化缀合协议使得能够自主复制的质粒的从转印大肠杆菌供体菌株为罗斯氏inulinivorans 和真杆菌rectale 。质粒的模块性质及其通过自主复制在受体细菌中得以维持的能力使其成为研究异源基因表达的理想之选，并成为其他遗传工具（包括反义RNA沉默或II 型移动子中断子基因破坏策略）的平台。
[背景 ] 玫瑰菌和真细菌属人类肠道菌群中含量最高的细菌（Zhernakova 等，2016），它们通过利用饮食和宿主衍生的多糖影响人类健康（Scott 等，2006和2011； Cockburn 等） 。，2015 ; 谢里登等人，2016 ）并产生促进健康的代谢物丁酸作为发酵终产物（邓肯等人，2002和2006） 。另外，这些物种能够通过鞭毛调节宿主免疫（Neville ...
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| A Protocol for Production of Mutant Mice Using Chemically Synthesized crRNA/tracrRNA with Cas9 Nickase and FokI-dCas9
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Author:
Date:
2017-06-05
[Abstract] The clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/CRISPR-associated protein 9 (Cas9) system is the most widely used genome editing tool. A common CRISPR/Cas9 system consists of two components: a single-guide RNA (sgRNA) and Cas9. Both components are required for the introduction of a double-strand break (DSB) at a specific target sequence. One drawback of this system is that the production of sgRNA in the laboratory is laborious since it requires cloning of an sgRNA sequence, in vitro transcription reaction and sgRNA purification. An alternative to targeting Cas9 ...
[摘要] 聚类规则间隔短回文重复（CRISPR）/ CRISPR相关蛋白9（Cas9）系统是使用最广泛的基因组编辑工具。一个常见的CRISPR / Cas9系统由两个组成部分组成：单导RNA（sgRNA）和Cas9。在特定靶序列引入双链断裂（DSB）需要两种成分。该系统的一个缺点是实验室中sgRNA的生产是费力的，因为它需要在体外转录反应和sgRNA纯化之间克隆sgRNA序列。通过sgRNA靶向Cas9活性的替代方案是用两种小RNA：CRISPR RNA（crRNA）和反式激活性crRNA（tracrRNA）进行靶向。这两种小RNA可以化学合成，这使得与sgRNA相比，这些RNA的产生不那么困难。 CRISPR / Cas9系统的另一个缺点是已经报告了脱靶效应。然而，已经开发了改进形式的Cas9以最小化离靶效应。例如，仅当两个引导RNA在规定的距离内结合相对的链时，切口酶型Cas9（nCas9）和FokI结构域融合的催化无活性的Cas9（FokI-dCas9; fCas9）才诱导DSB。在本协议中，我们描述了使用结合crRNA，tracrRNA和Cas9修饰形式的CRISPR / Cas9系统来生产突变小鼠的实验系统。该方法不仅有利于制备用于基因组编辑系统的试剂，而且可以降低脱靶效应的风险。
背景 ...
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