| Soluble and Solid Iron Reduction Assays with Desulfitobacterium hafniense
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Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract] There is a pressing need to develop sustainable and efficient methods to protect and stabilize iron objects. To develop a conservation-restoration method for corroded iron objects, this bio-protocol presents the steps to investigate reductive dissolution of ferric iron and biogenic production of stabilizing ferrous iron minerals in the strict anaerobe Desulfitobacterium hafniense (strains TCE1 and LBE). We investigated iron reduction using three different Fe(III) sources: Fe(III)-citrate (a soluble phase), akaganeite (solid iron phase), and corroded coupons. This protocol describes a ...
[摘要] 迫切需要开发可持续和有效的方法来保护和稳定铁制物体。为了开发腐蚀铁物体的保护 - 恢复方法，该生物方案提出了研究严格厌氧菌[Desulfitobacterium hafniense （菌株TCE1）中三价铁的还原溶解和稳定亚铁矿物质的生物产生的步骤。和LBE）。我们使用三种不同的Fe（III）来源研究了铁还原：Fe（III） - 柠檬酸盐（可溶相），akaganeite（固体铁相）和腐蚀的试样。该协议描述了一种方法，该方法结合了复杂的Fe（II）-Ferrozine ®的分光光度定量，通过扫描电子显微镜和拉曼光谱进行矿物表征。这三种方法可以评估三价铁的还原溶解和生物矿物质生产，作为开发一种创新的可持续方法来稳定腐蚀铁的有希望的替代方法。
【背景】自铁器时代以来，铁已被用于生产日常用具。因此，考古学上的铁试验是过去极其重要的证据，应予以保留。然而，由于其反应性，铁容易被腐蚀并且考古铁物体可能被完全损坏。埋藏时，铁制品会根据埋葬地点的环境条件形成复杂的腐蚀层。挖掘后，条件发生变化，腐蚀层变得不稳定。为避免完全破坏，考古铁制物需要快速稳定处理。目前，可用的稳定化处理不能提供长期保护并且具有实质性缺点，例如毒性，低效率和大量废物的产生（Scott和Eggert，2009; Rimmer 等人， 2012）。因此，有必要开发新技术来稳定考古铁器。
越来越多地考虑利用微生物代谢来开发更有效，可持续和环保的保护 ...
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| Analysis of 3D Cellular Organization of Fixed Plant Tissues Using a User-guided Platform for Image Segmentation
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Author:
Date:
2017-06-20
[Abstract] The advent of non-invasive, high-resolution microscopy imaging techniques and computational pipelines for high-throughput image processing has contributed to gain insights in plant organ morphogenesis at the cellular level. Confocal scanning laser microscopy (CSLM) allows the generation of three dimensional images constituted of serial optical sections reporting on stained subcellular structures. Fluorescent labels of cell walls or cell membranes, either chemically or through reporter proteins, are particularly useful for the analyses of tissue organization and cellular shapes in 3D. Image ...
[摘要] 非侵入性，高分辨率显微镜成像技术和高通量图像处理计算管道的出现有助于在细胞水平上获得植物器官形态发生的见解。共焦扫描激光显微镜（CSLM）允许产生由串联光学部件组成的三维图像，其报告染色的亚细胞结构。细胞壁或细胞膜的化学或通过报告蛋白的荧光标记对于3D中组织组织和细胞形状的分析特别有用。基于单元边界信号的图像分割被用作生成表示单元的3D段的输入。如果使用其他记录器，这些数字化3D对象提供有关细胞形状，大小，几何形状，位置或（细胞间）强度信号的定量数据。在这里，我们报告使用微观数据的图像分割的详细的注释工作流程。我们在拟南芥胚珠原基发育过程中对组织图案进行了研究。使用修改的假希夫碘化丙啶（mPS-PI）协议将整个心皮染色为细胞边界，通过CSLM以高分辨率获得3D图像，使用ImarisCell对单个细胞类型进行分段和注释。这允许与组织动力学研究相关的细胞形状和细胞数量的定量分析。
【背景】植物器官和组织动力学研究依赖于沿着发育进程的三维生长过程的分析。细胞数量，细胞大小和细胞形态的演变允许分别解释增殖，细胞扩增和各向异性的事件（Roeder等，2011; Barbier de Reuille等，2015; Bassel和Smith，2016; Coen和Rebocho， ...
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