| Digestion of Peptidoglycan and Analysis of Soluble Fragments
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Author:
Date:
2017-08-05
[Abstract] Peptidoglycan (murein) is a vital component of the cell wall of nearly all bacteria, composed of sugars linked by short peptides. This protocol describes the purification of macromolecular peptidoglycan from cultured bacteria and the analysis of enzyme-digested peptidoglycan fragments using high performance liquid chromatography (HPLC). Digested peptidoglycan fragments can be identified by mass spectrometry, or predicted by comparing retention times with other published chromatograms. The quantitative nature of this method allows for the measurement of changes to peptidoglycan composition ...
[摘要] 肽聚糖（murein）是由短肽连接的糖组成的几乎所有细菌的细胞壁的重要组成部分。 该方案描述了从培养细菌中纯化大分子肽聚糖和使用高效液相色谱（HPLC）分析酶消化的肽聚糖片段。 消化的肽聚糖片段可以通过质谱鉴定，或通过比较保留时间与其他公开的色谱图预测。 该方法的定量性质允许测量不同种类的细菌，生长条件或突变之间肽聚糖组成的变化。 该方法可以确定肽聚糖的总体结构，如肽长度，交联程度和修饰。 已经使用神经肽分析来研究肽聚糖相关蛋白的功能和细菌获得抗生素抗性的机制。
【背景】肽聚糖由通过肽干连接在一起的糖骨架组成，其产生对细胞形状重要的网状结构和细菌细胞的膨胀压力。大分子肽聚糖从在细胞质中合成的单体单元组装，并由具有5个氨基酸的茎组成的具有5个氨基酸的葡萄糖胺和N-乙酰氨基葡萄糖二糖组成。当单体翻转到周质中时，通过反式糖基化将其加入到聚糖链中，并且通过转肽酶将一部分肽茎连接在一起。
＆NBSP;包含肽干的氨基酸可以根据物种变化，但通常以L-丙氨酸，D-谷氨酸，内消旋二氨基庚二酸，D-丙氨酸，D-丙氨酸，丙氨酸，在一些革兰氏阳性中，L-赖氨酸代替二氨基庚二酸。通过直接或通过连接氨基酸连接第三或第四氨基酸的第三个氨基酸的游离胺进行交联（Schleifer和Kandler，1972）。其他常见的修饰包括氨基酸的酰胺化（Kato和Strominger，1968）和O-乙酰化（Clarke和Dupont，1992）或者N-脱乙酰化（Araki ...
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| A Modified Chromogenic Assay for Determination of the Ratio of Free Intracellular NAD+/NADH in Streptococcus mutans
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Author:
Date:
2016-08-20
[Abstract] Nicotinamide adenine dinucleotide is a coenzyme present in all kingdoms of life and exists in two forms: oxidized (NAD+) and reduced (NADH). NAD(H) is involved in a multitude of essential metabolic redox reactions, providing oxidizing or reducing equivalents. The ratio of free intracellular NAD+/NADH is fundamentally important in the maintenance of cellular redox homeostasis (Ying, 2008). Various chromogenic cycling assays have been used to determine the ratio of NAD+/NADH in both bacterial and mammalian cells for more than forty years (Bernofsky and Swan, ...
[摘要] 烟酰胺腺嘌呤二核苷酸是存在于生命的所有王国中的辅酶，并且以两种形式存在：氧化（NAD +）和还原（NADH）。 NAD（H）参与多种必需的代谢氧化还原反应，提供氧化或还原等价物。游离细胞内NAD + /NADH的比率在维持细胞氧化还原稳态中是根本重要的（Ying，2008）。已经使用各种显色循环测定来测定细菌和哺乳动物细胞中NAD +/NAD +/NADH的比率超过四十年（Bernofsky和Swan，1973; Nisselbaum和Green，1969）。 /> 在这里，我们详细描述了测定变异链球菌中游离细胞内NAD + 与NADH的比率的测定法。该循环测定是Bernofsky和Swan（Bernofsky和Swan，1973）首先描述的方案的修改版本，使用Frezza等人描述的提取缓冲液。 （2011），随后是由Gibbon和Larher描述的减少的MTT降水（Gibon和Larher，1997）。如图1所示，使用乙醇脱氢酶来驱动一系列氧化还原反应，利用来自样品提取物的外源添加的乙醇和NAD +作为初始底物，吩嗪乙硫酸盐（PES）作为电子载体，以及噻唑基蓝色四唑溴化物（MTT）作为末端电子受体。使用6M ...
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