| RI-SEC-seq: Comprehensive Profiling of Nonvesicular Extracellular RNAs with Different Stabilities
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Author:
Date:
2021-02-20
[Abstract] Exosomes and other extracellular vesicles (EVs) are considered the main vehicles transporting RNAs in extracellular samples, including human bodily fluids. However, a major proportion of extracellular RNAs (exRNAs) do not copurify with EVs and remain in ultracentrifugation supernatants of cell-conditioned medium or blood serum. We have observed that nonvesicular exRNA profiles are highly biased toward those RNAs with intrinsic resistance to extracellular ribonucleases. These highly resistant exRNAs are interesting from a biomarker point of view, but are not representative of the actual bulk ...
[摘要] [摘要]外来体和其他细胞外囊泡（EVs）被认为是在细胞外样品（包括人体液）中运输RNA的主要载体。但是，大部分细胞外RNA（exRNA ）不能与EV共纯化，而是保留在细胞条件培养基或血清的超速离心上清液中。我们已经观察到非囊泡的exRNA概况高度偏向那些对细胞外核糖核酸酶具有固有抗性的RNA。从生物标志物的角度来看，这些高度抗性的exRNA很有趣，但不能代表释放到细胞外空间的RNA的实际体积。为了了解exRNA动态并捕获稳定和不稳定的RNA，我们开发了一种基于大小排阻色谱（SEC）分馏的RNase抑制剂（RI）处理的细胞条件培养基（RI-SEC-seq）的方法。这种方法使我们能够鉴定和研究细胞外核糖体和tRNA，并提供了可以在不久的将来影响生物标志物发现的细胞外RNAome的动态视图。
图形概要：
所述RI-SEC-SEQ协议的概述：大小排阻层析的级分的测序从nonvesicular胞样品用或不用RNA酶抑制剂（+/- RI）
[背景]细胞外RNA（exRNA ）参与细胞间通讯，并且在微创液体活检中有望成为疾病的生物标志物（O'Brien et ...
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| Expression and Purification of Arabidopsis Transmembrane Protein BCM1 in Saccharomyces cerevisiae
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Date:
2020-09-20
[Abstract] Heterologous expression and purification of transmembrane proteins have remained a challenge for decades hampering detailed biochemical and structural characterization of key enzymes and their interacting regulators in multiple metabolic pathways. An in-depth study on the newly identified Arabidopsis thaliana integral membrane protein BALANCE OF CHLOROPHYLL METABOLISM 1 (BCM1) showed a stimulatory effect of the BCM1 on magnesium chelatase, the first enzyme of chlorophyll biosynthesis, through interaction with the GENOMES UNCOUPLED 4 (Wang et al., 2020). Here, we report a ...
[摘要] [摘要 ] 异源表达和公顷跨膜蛋白的纯化VE 仍然几十年来阻碍了关键酶详述生物化学和结构表征一个挑战小号和它们的相互作用调节在多个代谢途径。上新鉴定进行了深入的研究拟南芥拟南芥叶绿素代谢1（BCM1）的整合膜蛋白BALANCE显示一个通过与相互作用对镁螯合，叶绿素生物合成的第一个酶，所述BCM1的刺激效应基因组中脱开4 （王等等人，2020）。这里 ，我们报告了酿酒酵母中His-tagged BCM1异源表达和纯化的详细和优化方法。˚F ollowing这种方法，我们获得用于本机BCM1 体外酶测定的镁螯合（王等人，2020） 。目前，BCM1的结晶研究正在进行中。这个协议可以适于纯化BCM 1一样从用于酶和结构研究真核生物的跨膜蛋白。
[背景 ] 鉴定翻译后单组的lators其指导LY 调制enzym 一个叶绿素合成的酶的抽动活动可以大大提高我们理解的分子机制，通过该植物保持高效叶绿素叶期间LL合成绿化（Brzezowski 等人，2015年）。然而，叶绿素合成酶及其相互作用蛋白的详细生化分析受到体外重组蛋白可用性的限制。我们最近发现一个叶绿素代谢1（BCM1）的翻译后调节平衡，同时刺激小号叶绿素合成和延迟叶绿素分解，日ERE 被授予叶发育过程中的叶绿素稳态（王等人，2020年）。为了检查BCM1对镁螯合酶（MgCh ...
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| Generation of Luciferase-expressing Tumor Cell Lines
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Author:
Date:
2018-04-20
[Abstract] Murine tumor models have been critical to advances in our knowledge of tumor physiology and for the development of effective tumor therapies. Essential to these studies is the ability to both track tumor development and quantify tumor burden in vivo. For this purpose, the introduction of genes that confer tumors with bioluminescent properties has been a critical advance for oncologic studies in rodents. Methods of introducing bioluminescent genes, such as firefly luciferase, by viral transduction has allowed for the production of tumor cell lines that can be followed in vivo ...
[摘要] 鼠肿瘤模型对于我们对肿瘤生理学知识和有效肿瘤治疗方法发展的进展至关重要。 这些研究的关键是能够跟踪肿瘤发展并量化体内肿瘤负荷。 为此，引入赋予肿瘤生物发光特性的基因已经成为啮齿动物肿瘤研究的重要进展。 通过病毒转导引入生物发光基因（例如萤火虫萤光素酶）的方法已经允许产生可以在体内纵向长时间地进行的肿瘤细胞系。 在这里我们描述了通过慢病毒转导产生稳定表达荧光素酶的肿瘤细胞系的方法。
【背景】体内跟踪细胞最重要的是能够通过微创方法从外部检测它们。使用来自萤火虫的荧光素酶（Photinus pyralis ）的酶促生物发光是用于体内基于图像的细胞追踪的广泛使用的方法。生物发光已被用于各种体内应用，包括报告基因表达的无创成像（Herschman，2004），研究昼夜节律（Southern and Millar，2005），成像脑卒中（Vandeputte
萤火虫荧光素酶氧化物萤光素在分子氧，镁和三磷酸腺苷存在下在560nm产生黄绿色光（Wilson和Hastings，1998; ...
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