| Extraction of RNA from Recalcitrant Tree Species Paulownia elongata
|
|
Author:
Date:
2018-07-20
[Abstract] Isolation of pure RNA is the basic requisite for most molecular biology work. Plants contain polyphenols and polysaccharides, which can interfere with isolation of pure RNA from them. Especially hardwood tree species like Paulownia elongata have surplus amount of RNA-binding alkaloids, proteins and secondary metabolites that can further complicate the process of RNA extraction. Paulownia elongata is a fast-growing tree species which is known for its role in environmental adaptability and biofuel research. Here we describe an economical, efficient and time-saving method (2 h) ...
[摘要] 纯RNA的分离是大多数分子生物学工作的基本要求。植物含有多酚和多糖，它们可以干扰从它们中分离纯RNA。特别是像泡桐（Paulownia elongata）这样的硬木树种具有过量的RNA结合生物碱，蛋白质和次级代谢物，这些可以进一步使RNA提取过程复杂化。 泡桐（Paulownia elongata）是一种快速生长的树种，以其在环境适应性和生物燃料研究中的作用而闻名。在这里，我们描述了一种经济，有效和省时的方法（2小时）从树的叶组织中提取RNA 泡桐（Paulownia elongata）。使用RNA凝胶电泳证实缺乏DNA污染和良好的RNA完整性。使用Nanodrop分光光度计确认RNA的纯度，其显示A 260 ：A 280 比率为约2.0。纯化的RNA成功用于下游应用，例如RT-PCR（逆转录PCR）和qPCR（定量PCR）。该方法可用于从其他几种顽拗型树种中提取RNA。
【背景】泡桐是一种广泛分布的树，属于泡桐科（Zhu et al。，1986）。它以其高适应性和快速增长率而闻名（Chaires et al。，2017）。由于其高稳定性，低导热性，腐烂和腐烂抗性等，泡桐木材正在受到来自世界各地的需求。（Ayrilmis和Kaymakci，2013）。除此之外， P.还已知细菌对各种生物和非生物胁迫具有耐受性（Chaires et ...
|
|
|
| Mapping RNA Sequences that Contact Viral Capsid Proteins in Virions
|
|
Author:
Date:
2017-07-20
[Abstract] We have adapted the methodology of CLIP-seq (Crosslinking-Immunoprecipitation and DNA Sequencing) to map the segments of encapsidated RNAs that contact the protein shells of virions. Results from the protocol report on the RNA sequences that contact the viral capsid.
[摘要] 我们已经调整了CLIP-seq（交联 - 免疫沉淀和DNA测序）的方法来绘制与病毒粒子的蛋白质壳接触的壳化RNA片段。 关于接触病毒衣壳的RNA序列的方案报告的结果。
【背景】正义RNA病毒包括所有生命形式的病原体。具有二十面体形状的病毒具有病毒外壳蛋白在RNA基因组周围形成保护壳（Stockley等人，2013）。在噬菌体MS2和植物感染的Brome花叶病毒（BMV）中，外壳蛋白优先接触特异性RNA序列（Ni等人，2013; Hoover等人。 ，2016; Rolfsson等人，2016）。这些接触可以调节感染期间RNA释放的时间，病毒基因表达和病毒RNA复制（Hoover等人，2016）。鉴定衣壳RNA相互作用可以提供对病毒感染的规定的见解，并提供抑制病毒感染的手段。考虑到这一点，我们已经开发了一种方法，使用UV交联，RNA断裂，外壳蛋白的选择性沉淀和由RNA片段制备的cDNA的下一代测序来鉴定纯化的病毒体中的衣壳RNA接触。以下协议是针对BMV病毒粒子开发的。
|
|
|