| Polyamine and Paraquat Transport Assays in Arabidopsis Seedling and Callus
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Author:
Date:
2017-08-05
[Abstract] Polyamines (PAs) are polycationic compounds found in all living organisms and play crucial roles in growth and survival. We here show the ‘Polyamine and paraquat (PQ) transport assay’ protocol, which can be used to examine the uptake activity of PA/PQ transporters. We have used this protocol to demonstrate that PUT3 in Arabidopsis is a polyamine transporter and is able to take up spermidine and its analog paraquat.
[摘要] 多胺（PA）是在所有生物体中发现的聚阳离子化合物，在生长和生存中起关键作用。 我们在这里展示了“多胺和百草枯（PQ）运输测定”方案，可用于检查PA / PQ转运蛋白的摄取活性。 我们已经使用该协议来证明拟南芥中的PUT3是多胺转运蛋白，并且能够吸收亚精胺及其类似百草枯。
【背景】PA通过与阴离子大分子如DNA，RNA和蛋白质的功能相互作用和调节而参与基因调控。 在活细胞中，必须调节PA的含量以维持细胞止血。 在高等植物中，三种主要的多胺，腐胺（Put），亚精胺（Spd）和精胺（Spm）以游离形式或缀合形式与其他分子一起存在（Gill和Tuteja，2010）。 在酵母中，鉴定了四种质膜多胺转运体DUR3，SAM3，GAP1和AGP2（Uemura等人，2007）。 在拟南芥中，鉴定了5种推定的多胺摄取转运蛋白（PUT1-PUT5），并且PUT1-3已被实验验证为多胺转运蛋白（Mulangi等人，2012; Li et al，2013）。 我们以下所述的方案成功证实了PUT3是多胺和百草枯的流入转运蛋白，并且在Put3突变体（Shen等人，2016）中PQ /Spd吸收受损）。
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| Digestion of Peptidoglycan and Analysis of Soluble Fragments
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Author:
Date:
2017-08-05
[Abstract] Peptidoglycan (murein) is a vital component of the cell wall of nearly all bacteria, composed of sugars linked by short peptides. This protocol describes the purification of macromolecular peptidoglycan from cultured bacteria and the analysis of enzyme-digested peptidoglycan fragments using high performance liquid chromatography (HPLC). Digested peptidoglycan fragments can be identified by mass spectrometry, or predicted by comparing retention times with other published chromatograms. The quantitative nature of this method allows for the measurement of changes to peptidoglycan composition ...
[摘要] 肽聚糖（murein）是由短肽连接的糖组成的几乎所有细菌的细胞壁的重要组成部分。 该方案描述了从培养细菌中纯化大分子肽聚糖和使用高效液相色谱（HPLC）分析酶消化的肽聚糖片段。 消化的肽聚糖片段可以通过质谱鉴定，或通过比较保留时间与其他公开的色谱图预测。 该方法的定量性质允许测量不同种类的细菌，生长条件或突变之间肽聚糖组成的变化。 该方法可以确定肽聚糖的总体结构，如肽长度，交联程度和修饰。 已经使用神经肽分析来研究肽聚糖相关蛋白的功能和细菌获得抗生素抗性的机制。
【背景】肽聚糖由通过肽干连接在一起的糖骨架组成，其产生对细胞形状重要的网状结构和细菌细胞的膨胀压力。大分子肽聚糖从在细胞质中合成的单体单元组装，并由具有5个氨基酸的茎组成的具有5个氨基酸的葡萄糖胺和N-乙酰氨基葡萄糖二糖组成。当单体翻转到周质中时，通过反式糖基化将其加入到聚糖链中，并且通过转肽酶将一部分肽茎连接在一起。
＆NBSP;包含肽干的氨基酸可以根据物种变化，但通常以L-丙氨酸，D-谷氨酸，内消旋二氨基庚二酸，D-丙氨酸，D-丙氨酸，丙氨酸，在一些革兰氏阳性中，L-赖氨酸代替二氨基庚二酸。通过直接或通过连接氨基酸连接第三或第四氨基酸的第三个氨基酸的游离胺进行交联（Schleifer和Kandler，1972）。其他常见的修饰包括氨基酸的酰胺化（Kato和Strominger，1968）和O-乙酰化（Clarke和Dupont，1992）或者N-脱乙酰化（Araki ...
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| Rice Lamina Joint Inclination Assay
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Author:
Date:
2017-07-20
[Abstract] Brassinosteroids (BRs) promote rice lamina inclination. Recently, we showed that OsBUL1 knockout mutant rice (osbul1) is defective in brassinosteroid signaling (Jang et al., 2017). To show that lamina joint inclination of osbul1 is less-sensitive than WT to exogenous brassinolide (BL) treatment in the lamina joint inclination bioassays, we applied the protocol presented below. The protocol focuses on: (1) how to prepare rice samples for the assay, and (2) how to treat BL exogenously. Finally, we have added a result showing lamina inclination between WT and osbul1 ...
[摘要] 油菜素类固醇（BR）促进水稻倾角。 最近，我们显示，OsBUL1敲除突变体水稻（osbul1 ）在油菜素内酯信号传导中有缺陷（Jang等人，2017）。 为了显示在层板关节倾斜生物测定中，osbul1 的椎板关节倾斜对外源油菜素内酯（BL）处理的敏感性低于WT，我们应用了下面提出的方案。 方案重点是：（1）如何准备水稻样品进行测定，以及（2）如何外源性处理BL。 最后，我们在不同浓度的BL溶液中添加了显示WT和osbul1 之间的椎板倾斜度的结果。
【背景】稻叶关节连接叶片和鞘，对叶角特征有显着贡献，BR是性状的主要调节因子，而其他植物激素（包括乙烯，赤霉素和生长素）也影响叶角（Gan et al。，2015）。更直立的叶片有助于阳光的渗透，提高光合作用效率，占据较少的密集种植空间（Sakamoto等人，2006）。因此，稻米倾角是影响水稻植物结构的主要农艺性状之一。实际上，Wada主要开发的稻米倾斜测定法，他的同事们是BR的高度特异性和敏感的生物测定（Wada等人，1981年和1984年）。在这种生物测定中，BR的处理相对于接合区域中的背轴细胞诱导更大的细胞扩增，导致层状倾斜（Takeno和Pharis，1982; ...
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