| CRISPR/Cas9-mediated ssDNA Recombineering in Corynebacterium glutamicum
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Author:
Date:
2018-10-05
[Abstract] Corynebacterium glutamicum is a versatile workhorse for industrial bioproduction of many kinds of chemicals and fuels, notably amino acids. Development of advanced genetic engineering tools is urgently demanded for systems metabolic engineering of C. glutamicum. Recently unveiled clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and their CRISPR-associated proteins (Cas) are now revolutionizing genome editing. The CRISPR/Cas9 system from Streptococcus pyogenes that utilizes NGG as protospacer adjacent motif (PAM) and has good targeting specificity ...
[摘要] 谷氨酸棒杆菌是多种化学品和燃料，特别是氨基酸的工业生物生产的多功能工具。 迫切需要开发先进的基因工程工具用于 C的系统代谢工程。谷氨酸。 最近推出的聚集的有规律的间隔短回文重复序列（CRISPR）和它们的CRISPR相关蛋白（Cas）现在正在彻底改变基因组编辑。 来自 Streptococcus pyogenes 的CRISPR / Cas9系统利用NGG作为原型间隔区相邻基序（PAM）并具有良好的靶向特异性，可以开发成为 C的高效和精确基因组编辑的有力工具。谷氨酸。 在该方案中，我们描述了 C中CRISPR / Cas9介导的ssDNA重组工程的一般程序。谷氨酸。 可以在 C中引入小的修改。 谷氨酸染色体，编辑效率高达90％。
【背景】革兰氏阳性土壤细菌 Corynebacterium glutamicum 是用于氨基酸，生物燃料和聚合物构建模块的工业生物生产的多功能工具（Becker et al。，2016）。在 C工程的早期阶段。谷氨酸，随机诱变结合对氨基酸类似物的表型抗性的阳性选择是最常用的策略（Vertes et al。，2005）。 C中的遗传操作。谷氨酸（glutamicum）于1984年启动，并成为菌株改良的关键促成策略（Ozaki et al。，1984）。常规使用的基因破坏和插入 ...
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| Bacterial Aggregation Assay in the Presence of Cyclic Lipopeptides
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Author:
Date:
2018-01-05
[Abstract] Lipopeptides is an important class of biosurfactants having antimicrobial and anti-adhesive activity against pathogenic bacteria. These include surfactin, fengycin, iturin, bacillomycin, mycosubtilin, lichenysin, and pumilacidin (Arima et al., 1968; Naruse et al., 1990; Yakimov et al., 1995; Steller and Vater, 2000; Roongsawang et al., 2002; Vater et al., 2002). To date, none of these lipopeptides have been reported to possess any anti-motility activity. We isolated, purified and characterized two novel cyclic lipopeptides (CLPs) from Bacillus ...
[摘要] 脂肽是一类重要的生物表面活性剂，对致病菌具有抗菌和抗粘连活性。这些包括表面活性肽，fengycin，伊库菌素，杆菌霉素，mycosubtilin，地衣素和pumilacidin（Arima等人，1968; Naruse等人，1990; Yakimov等人1995; Steller和Vater，2000; Roongsawang等人，2002; Vater等人，2002）。迄今为止，这些脂肽都没有被报道具有任何抗运动活性。我们从芽孢杆菌分离，纯化和鉴定了两种新的环状脂肽（CLPs）。 176使用高效液相色谱，质谱和核磁共振光谱。 CLPs极大地抑制致病性溶藻弧菌的运动，并促进细胞聚集而不诱导细胞死亡。根据Dalili所述用于抗生物膜测定的方法进行细胞聚集测定（Dalili等人，2015）。将来，该测定法可以适用于测试来自细菌的脂肽样活性物质的细胞聚集和抗生物膜活性。
【背景】过度使用广谱抗生素和随之而来的抗药性细菌的增殖刺激了开发环境友好型生物防治措施的努力，以减少健康危害和环境污染（Nam等人，2016; Sajitha >等。，2016）。近年来，生物表面活性剂的抗微生物特性已被越来越多地用于抗菌，抗真菌和抗病毒的应用（Cameotra和Makkar，2004; Singh和Cameotra，2004; Rodrigues等人 ...
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| Using CRISPR/Cas9 for Large Fragment Deletions in Saccharomyces cerevisiae
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Author:
Date:
2017-07-20
[Abstract] CRISPR/Cas9 (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats/CRISPR-associated protein 9) systems have emerged as a powerful tool for genome editing in many organisms. The wide use of CRISPR/Cas9 systems may be due to the fact that these systems contain a simple guide RNA (sgRNA) that is relatively easy to design and they are very versatile with the ability to simultaneously target multiple genes within a cell (Varshney et al., 2015). We have developed a CRISPR/Cas9 system to delete large genomic fragments (exceeding 30 kb) in Saccharomyces cerevisiae. One ...
[摘要] CRISPR / Cas9（集群定期间隔的短回文重复/ CRISPR相关蛋白9）系统已经成为许多生物体中基因组编辑的有力工具。 CRISPR / Cas9系统的广泛使用可能是由于这些系统包含相对容易设计的简单导向RNA（sgRNA），并且它们具有同时靶向细胞内多个基因的能力非常通用的事实（Varshney 等，，2015）。我们开发了一种CRISPR / Cas9系统来删除酿酒酵母中的大型基因组片段（超过30 kb）。该技术的一个应用是研究非必需基因的大规模缺失的影响，这可以了解染色体内基因簇在分子水平上的功能。在这个协议中，我们描述了在 S中大片段删除的一般程序。包括：如何设计CRISPR数组，以及如何构建Cas9-crRNA表达质粒，以及如何检测系统内引入的突变。细胞。
【背景】CRISPR / Cas9系统是一种快速，高效，低成本，多用途的基因组编辑方法，可应用于生物学，农业学和医学领域。迄今为止，已经有几个方案报告了如何在基因组内进行大规模的缺失。这些方法中的每一种都包含其独特的特征和优点。最近开发的用于切除大片染色体的CRISPR / Cas9系统具有优于其他方法（例如Latour系统）（Hirashima等人，2006）的优势。 CRISPR / ...
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