| Mandibular Explant Assay for Investigating Extrinsic Stimuli on Bone and Cartilage Development
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Author:
Date:
2017-12-05
[Abstract] A major issue in developmental biology is to determine how embryonic tissues respond to molecular signals in a timely manner and given the position-restricted instructions during morphogenesis, of which Meckel’s cartilage is a classical example. The ex-vivo explant model is a practical and convenient system that allows investigation of bone and cartilage responses to specific stimuli under a controlled manner that closely mimics the in vivo conditions. In this protocol, the explant model was applied to test whether Meckel’s cartilage and surrounding tissues are responsive to ...
[摘要] 发育生物学中的一个主要问题是确定胚胎组织如何及时响应分子信号，并且在形态发生期间给予位置限制指示，其中Meckel软骨是一个经典的例子。 体外外植体模型是一种实用且便利的系统，其允许以受控的方式调查对特定刺激的骨和软骨反应，所述方式严格模拟体内条件。 在这个协议中，外植模型被用来测试Meckel的软骨和周围组织是否对内皮素1（Edn1）信号分子有反应，以及是否会拯救基因突变的表型。 该系统允许在添加到外植体中的外源性化合物的浓度，关于测量下颌骨发育的时间点以及施用外源分子和致畸剂的方法方面进行高度的操作。
【背景】颅面畸形是人类最常见的先天性出生缺陷（Miettinen等人，1999）。许多这些畸形发生在面部形态发生期间，这是一个复杂的多步骤过程，其中颅神经嵴细胞迁移到咽弓以产生许多面部结构（Jin等人，2011）。
特定基因内的两种变异以及基因 - 基因相互作用都可能导致颅面变形。 IRF6基因突变导致头面部外胚层和上皮细胞的形成，导致唇裂，腭裂和下颌畸形。与 IRF6 相比， TWIST1 基因调节胚胎发育期间的神经管闭合和颅骨发育期间的颅缝融合。 TWIST1 ...
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| Digestion of Peptidoglycan and Analysis of Soluble Fragments
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Author:
Date:
2017-08-05
[Abstract] Peptidoglycan (murein) is a vital component of the cell wall of nearly all bacteria, composed of sugars linked by short peptides. This protocol describes the purification of macromolecular peptidoglycan from cultured bacteria and the analysis of enzyme-digested peptidoglycan fragments using high performance liquid chromatography (HPLC). Digested peptidoglycan fragments can be identified by mass spectrometry, or predicted by comparing retention times with other published chromatograms. The quantitative nature of this method allows for the measurement of changes to peptidoglycan composition ...
[摘要] 肽聚糖（murein）是由短肽连接的糖组成的几乎所有细菌的细胞壁的重要组成部分。 该方案描述了从培养细菌中纯化大分子肽聚糖和使用高效液相色谱（HPLC）分析酶消化的肽聚糖片段。 消化的肽聚糖片段可以通过质谱鉴定，或通过比较保留时间与其他公开的色谱图预测。 该方法的定量性质允许测量不同种类的细菌，生长条件或突变之间肽聚糖组成的变化。 该方法可以确定肽聚糖的总体结构，如肽长度，交联程度和修饰。 已经使用神经肽分析来研究肽聚糖相关蛋白的功能和细菌获得抗生素抗性的机制。
【背景】肽聚糖由通过肽干连接在一起的糖骨架组成，其产生对细胞形状重要的网状结构和细菌细胞的膨胀压力。大分子肽聚糖从在细胞质中合成的单体单元组装，并由具有5个氨基酸的茎组成的具有5个氨基酸的葡萄糖胺和N-乙酰氨基葡萄糖二糖组成。当单体翻转到周质中时，通过反式糖基化将其加入到聚糖链中，并且通过转肽酶将一部分肽茎连接在一起。
＆NBSP;包含肽干的氨基酸可以根据物种变化，但通常以L-丙氨酸，D-谷氨酸，内消旋二氨基庚二酸，D-丙氨酸，D-丙氨酸，丙氨酸，在一些革兰氏阳性中，L-赖氨酸代替二氨基庚二酸。通过直接或通过连接氨基酸连接第三或第四氨基酸的第三个氨基酸的游离胺进行交联（Schleifer和Kandler，1972）。其他常见的修饰包括氨基酸的酰胺化（Kato和Strominger，1968）和O-乙酰化（Clarke和Dupont，1992）或者N-脱乙酰化（Araki ...
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