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Author:
Date:
2017-08-05
[Abstract] We have established the Ustilago bromivora–Brachypodium spp. interaction as a new model pathosystem for biotrophic fungal plant infections of the head smut type (Rabe et al., 2016). In this protocol, the methodology used for comparing gene expression between saprophytic and in planta growth of the fungus is described. The experimental and analytical pipeline, how next generation RNA sequencing (Illumina RNA-Seq) analysis can be used to obtain lists of genes significantly up or down regulated in planta in comparison to axenic culture is given. ...
[摘要] 我们已经建立了Ustilago bromivora - Brachypodium spp。 作为一种用于生物营养真菌植物感染头虱类型的新模型病理学的相互作用（Rabe等人，2016）。 在该方案中，描述了用于比较真菌的植物生长中的腐生菌和萌发之间的基因表达的方法。 给出了实验和分析流程，如何使用下一代RNA测序（Illumina RNA-Seq）分析来获得与无性培养相比在植物中显着上调或下调的基因的列表。 此外，提出了识别在特定类型的基因中过度或低于代表的功能类别的不同方法。
【背景】RNA深度测序（RNA-Seq）是一种功能强大和通用的工具，可以了解细胞和生物体对环境变化的反应及其对新发育阶段的适应性。生活状况的显着变化是从酵母样生长转向非特异性病原体的丝状，致病性相关生长模式。我们研究了生物营养型真菌植物病原体（Ustilago ...
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