| Drosophila Fecal Sampling
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Author:
Date:
2017-09-20
[Abstract] Fecal sampling is a non-invasive method which raises the possibility to study the development and the changes in the microbial community throughout different time points of a fly population or throughout different treatments. This method allows precise manipulation to trigger the fly’s physiology by nutritional interventions, bacterial infections or other stressors.
As in most other animals, the intestinal microbiota is essential for a healthy fly-life. Because Drosophila only harbors a relative simple bacterial community with a small variety of round about 8 to 10 ...
[摘要] 粪便取样是一种非侵入性方法，提高了在飞行群体的不同时间点或整个不同处理过程中研究微生物群落的发展和变化的可能性。这种方法允许精确的操纵通过营养干预，细菌感染或其他压力源触发苍蝇的生理学。
与大多数其他动物一样，肠道微生物群对健康的飞行生命至关重要。因为果蝇只拥有一个相对简单的细菌群落，有大约8到10个不同种类的小种，很容易建立微生物群落，并在处理后调查微生物的变化。
使用蝇的粪便的另一个积极作用是不是肠微生物群的一部分的细菌，例如Wolbachia，可以直接从分析中排除，因为它们不会排泄。
使用这种方法，生成的数据集可能反映了在简单飞行模型中研究微生物组织相关疾病的一个很好的范例，此外，可以以高通量方法测试药物。
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| Overrepresentation Analyses of Differentially Expressed Genes in the Smut Fungus Ustilago bromivora during Saprophytic and in planta Growth
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Author:
Date:
2017-08-05
[Abstract] We have established the Ustilago bromivora–Brachypodium spp. interaction as a new model pathosystem for biotrophic fungal plant infections of the head smut type (Rabe et al., 2016). In this protocol, the methodology used for comparing gene expression between saprophytic and in planta growth of the fungus is described. The experimental and analytical pipeline, how next generation RNA sequencing (Illumina RNA-Seq) analysis can be used to obtain lists of genes significantly up or down regulated in planta in comparison to axenic culture is given. ...
[摘要] 我们已经建立了Ustilago bromivora - Brachypodium spp。 作为一种用于生物营养真菌植物感染头虱类型的新模型病理学的相互作用（Rabe等人，2016）。 在该方案中，描述了用于比较真菌的植物生长中的腐生菌和萌发之间的基因表达的方法。 给出了实验和分析流程，如何使用下一代RNA测序（Illumina RNA-Seq）分析来获得与无性培养相比在植物中显着上调或下调的基因的列表。 此外，提出了识别在特定类型的基因中过度或低于代表的功能类别的不同方法。
【背景】RNA深度测序（RNA-Seq）是一种功能强大和通用的工具，可以了解细胞和生物体对环境变化的反应及其对新发育阶段的适应性。生活状况的显着变化是从酵母样生长转向非特异性病原体的丝状，致病性相关生长模式。我们研究了生物营养型真菌植物病原体（Ustilago ...
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| Lentiviral Barcode Labeling and Transplantation of Fetal Liver Hematopoietic Stem and Progenitor Cells
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Author:
Date:
2017-04-20
[Abstract] Cellular barcoding enables the dissection of clonal dynamics in heterogeneous cell populations through single cell lineage tracing. The labeling of hematopoietic stem and progenitor cells (HSPCs) with unique and heritable DNA barcodes, makes it possible to resolve donor cell heterogeneity in terms of differentiation potential and lineage bias at the single cell level, through subsequent transplantation and high-throughput sequencing. Furthermore, cellular barcoding allows for bona fide hematopoietic stem cells (HSCs) to be defined based on functional rather than immunophenotypic parameters. ...
[摘要] 细胞条形码可以通过单细胞谱系追踪来分离异种细胞群体中的克隆动力学。通过独特和可遗传的DNA条形码对造血干细胞和祖细胞（HSPC）进行标记，可以通过随后的移植和高通量测序，在单细胞水平上分化供体细胞异质性，分化潜力和谱系偏倚。此外，细胞条形码可以根据功能而不是免疫表型参数定义真正的造血干细胞（HSC）。
＆nbsp;该协议描述了慢病毒细胞条形码的工作流程，追踪1450天后（dpc）胎肝（FL）Lineage-Sca+ cKit + （LSK）HSPC经过长期重建（图1）（Kristiansen等人，2016），但可以适应于选择的细胞类型或时间框架。
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图1.实验工作流程摘要（Naik 等人，2013）
最初建立了细胞条形码技术来解决在体内移植造血细胞后的单细胞动力学，并且近年来在移植中对血细胞群体中功能异质性的认识有显着贡献（Schepers ，2008; Gerrits等人，2010; Lu等人，2011; Naik等人 ，2013; Verovskaya等人，2013; ...
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