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DynaMag2 magnet

DynaMag TM -2 Magnet

公司名称: Thermo Fisher Scientific
产品编号: 12321D
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Company-protocol()
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mRNA Extraction from Gill Tissue for RNA-sequencing
Author:
Date:
2020-03-05
[Abstract]  Adaptation is thought to proceed in part through spatial and temporal changes in gene expression. Fish species such as the threespine stickleback are powerful vertebrate models to study the genetic architecture of adaptive changes in gene expression since divergent adaptation to different environments is common, they are abundant and easy to study in the wild and lab, and have well-established genetic and genomic resources. Fish gills, due to their respiratory and osmoregulatory roles, show many physiological adaptations to local water chemistry, including differences in gene expression. ... [摘要]  [摘要 ] 适应被认为是部分通过基因表达的时空变化进行的。鱼种如 三脊棘背由于对不同环境的适应性差异很普遍,因此它们是研究基因表达适应性变化的遗传结构的强大脊椎动物模型,它们在野外和实验室中丰富且易于研究,并且具有完善的遗传和基因组资源。鱼g由于其呼吸和渗透调节作用,对局部水化学表现出许多生理适应性,包括基因表达的差异。但是,从流行于软骨和骨骼的小组织样本(例如鱼g)中,使用流行的基于柱的提取方法获得高质量的RNA可能具有挑战性。在这里,我们描述了不使用纯化柱的基于珠子的mRNA提取和转录组RNA-seq协议。为了使用动物或植物组织进行各种基因表达实验,可以根据样品量轻松调整实验方案。

[背景 ] 转录组测序(RNA-seq)用于量化基因的表达水平,鉴定样品组之间基因表达水平的差异并推断基因共表达。在进化遗传学研究,RNA-SEQ可以用来作为一种方法来研究自适应发散的分子基础(例如,Rougeux 等人;,2019 Verta酒店和Jones,2019) ,鉴定候选基因底层自适应的表型(例如,费雷拉等等人,2017),并推断未知基因的功能(例如,Rawat ...

Selective Isolation of Retroviruses from Extracellular Vesicles by Intact Virion Immunoprecipitation
Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract]  There exists a wide variety of techniques to isolate and purify viral particles from cell culture supernatants. However, these techniques vary greatly in ease of use, purity, yield and impact on viral structural integrity. Most importantly, it is becoming evident that secreted extracellular vesicles (EVs) co-purify with retroviruses using nearly all purification methods due to nearly indistinguishable biophysical characteristics such as size, buoyant density and nucleic acid content. Recently, our group has illustrated a means of isolating intact and highly enriched retroviral virions from ... [摘要]  存在多种从细胞培养上清液中分离和纯化病毒颗粒的技术。然而,这些技术在易用性,纯度,产量和对病毒结构完整性的影响方面差异很大。最重要的是,由于几乎无法区分的生物物理特征,例如大小,浮力密度和核酸含量,使用几乎所有纯化方法分泌的细胞外囊泡(EV)与逆转录病毒共同纯化变得明显。最近,我们小组已经阐明了一种利用针对Moloney鼠白血病病毒的病毒包膜糖蛋白的免疫沉淀方法从含有EV的细胞上清液中分离完整和高度富集的逆转录病毒病毒颗粒的方法(Renner et al。, 2018)。这种技术,我们称之为完整的病毒粒子免疫沉淀(IVIP),使我们能够表征这些逆转录病毒表面上表位的可及性,并评估病毒包膜中病毒编码的整合膜蛋白Glycogag(gPr80)的方向。该方案的正确实施使得能够快速,简单且可重复地制备完整且高度纯化的逆转录病毒颗粒,其没有可检测的EV污染物。

【背景】广泛使用的分离逆转录病毒的方法,如人类免疫缺陷病毒(HIV)和小鼠白血病病毒(MLV),包括沉淀,色谱,超滤,超速离心,以及各种其他粒子分离方法(评论在Nestola et al。,2015)。虽然每种技术都有其特定的优点,缺点和局限性,但所有方法的共同关注点是细胞分泌的细胞外囊泡(EV)的共同纯化。

EV构成由所有细胞类型分泌的膜衍生囊泡的异质群体(Yanez-Mo ...

Quantitative ChIP-seq by Adding Spike-in from Another Species
Author:
Date:
2018-08-20
[Abstract]  Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-seq) is a routine procedure in the lab; however, epigenome-wide quantitative comparison among independent ChIP-seq experiments remains a challenge. Here, we contribute an experimental protocol combined with a computational workflow allowing quantitative and comparative assessment of epigenome using animal tissues. [摘要]  染色质免疫沉淀,然后测序(ChIP-seq)是实验室中的常规程序; 然而,独立ChIP-seq实验之间的表观基因组范围的定量比较仍然是一个挑战。 在这里,我们提供了一个实验方案,结合计算工作流程,允许使用动物组织定量和比较评估表观基因组。

【背景】 修饰组蛋白的染色质和表观遗传复合物调节DNA对转录机制的可及性,从而允许直接控制基因表达。为了表征组蛋白修饰的表观基因组特征,染色质免疫沉淀然后测序(ChIP-seq)已成为一种广泛使用的方法。然而,传统的ChIP-seq方案本质上不是定量的,因此禁止直接比较源自不同细胞类型的样品或经历过不同遗传或化学扰动的细胞。尽管已经提出了几种 in silico 归一化方法来克服这个缺点,但仍然缺乏基于实验的策略。 2014年,奥兰多等人(2014)开发了一种名为ChIP的方法,该方法使用参考外源基因组(ChIP-Rx),该方法利用恒定量的参考或''spike-in''表观基因组基于细胞的表观基因组比较。在当前的协议中,我们通过使用映射的尖峰参考表观基因组的百分比来改进该方法。我们已成功应用此协议直接比较来自动物组织的两个或更多ChIP-seq数据集。

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