| ChIP-seq Experiment and Data Analysis in the Cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803
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Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract] Nitrogen is an essential nutrient for all living organisms. In cyanobacteria, a group of oxygenic photosynthetic bacteria, nitrogen homeostasis is maintained by an intricate regulatory network around the transcription factor NtcA. Although mechanisms controlling NtcA activity appear to be well understood, the sets of genes under its control (i.e., its regulon) remain poorly defined. In this protocol, we describe the procedure for chromatin immunoprecipitation using NtcA antibodies, followed by DNA sequencing analysis (ChIP-seq) during early acclimation to nitrogen starvation in the ...
[摘要] 氮是所有生物体的必需营养素。 在蓝细菌中，一组含氧光合细菌通过围绕转录因子NtcA的错综复杂的调节网络维持氮稳态。 尽管控制NtcA活性的机制似乎已被很好地理解，但其控制下的基因集（即它的调节子）仍然没有很好的定义。 在该协议中，我们描述了使用NtcA抗体进行染色质免疫沉淀的过程，随后在蓝藻Synechocystis sp。早期适应氮饥饿期间进行DNA测序分析（ChIP-seq）。 PCC 6803（以下简称<集气囊）。 该协议可以扩展到分析蓝细菌中存在合适抗体的任何DNA结合蛋白。
【背景】为了维持体内平衡，细菌经常需要响应环境变化来调整基因表达。许多这些调整是由转录因子（TF）控制的，这些转录因子可以感知代谢信号并激活或抑制目标基因。然而，反映传统上费力的任务来表征TFs在体内的活性和范围，我们对它们在细菌中的结合位点的了解仍然有限。直到最近，染色质免疫沉淀与高通量测序分析的结合为快速确定基因组水平调节子打开了大门。特别是，ChIP-seq使用下一代测序（NGS）的能力来并行识别大量DNA序列。与微阵列相比，ChIP-seq的一个有吸引力的特征是对某些区域如启动子序列没有限制，并且可以研究整个基因组的TF结合位点。
在蓝细菌中，氮同化和代谢的全球调节剂是NtcA，属于CRP（cAMP受体蛋白）家族的TF（Herrero等人，2001）。在集胞蓝细菌中，NtcA通过将二聚体结合至包含共有序列GTAN ...
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| Immunostaining of Formaldehyde-fixed Metaphase Chromosome from Untreated and Aphidicolin-treated DT40 Cells
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Author:
Date:
2017-05-05
[Abstract] During mitosis chromosomes are condensed into dense X-shaped structures that allow for microscopic determination of karyotype as well as inspection of chromosome morphology.
This protocol describes a method to perform immunostaining of formaldehyde-fixed metaphase chromosomes from the avian cell line DT40. It was developed to characterize the localization of YFP-tagged TopBP1 on mitotic chromosomes and specifically determine the percentage of TopBP1 foci that formed on breaks/gaps as well as ends of individual metaphase macrochromosomes (Pedersen et al., 2015). For this ...
[摘要] 在有丝分裂期间，染色体被浓缩成致密X型结构，允许显微检测染色体核型和检查染色体形态。
该方案描述了从禽细胞系DT40进行甲醛固定的中期染色体的免疫染色的方法。 它被开发用于表征YFP标记的TopBP1在有丝分裂染色体上的定位，并且具体确定形成于断裂/间隙以及单个中期大染色体末端的TopBP1灶的百分比（Pedersen等，2015）。 为此，应用YFP的免疫染色。 然而，该协议可以针对其他细胞系或表位进行优化。
【背景】染色中期染色体的显微镜分析是经典的细胞遗传学技术，广泛用于研究和诊断。基本原理包括通过锭子不稳定试剂如谷氨酸诱导中期细胞周期停滞，这将触发主轴装配检查点，从而阻止细胞在中期。这用于富集浓缩染色体的细胞。随后将细胞在低渗溶液中进行溶胀，然后在显微镜载玻片上铺展有丝分裂细胞。最终结果是来自单细胞的显微镜检测染色体，便于染色体核型分析以及个体染色体的研究。传统上，肿胀的细胞用甲醇和乙酸（3:1）固定，然后铺展在载玻片上（Hungerford，1965; Ronne等，1979）。
这里描述的方法使用甲醛而不是甲醇进行固定。这可以用于随后用与甲醇固定不相容的抗体染色。该方案针对鸡DT40细胞的中期传播进行了优化，YFP标记的TopBP1在中期大染色体上的免疫染色（Pedersen等，2015）。 ...
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| Mouse Model of Reversible Intestinal Inflammation
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Author:
Date:
2017-03-20
[Abstract] Current therapies to treat inflammatory bowel disease by dampening excessive inflammatory immune responses have had limited success (Reinisch et al., 2011; Rutgeerts et al., 2005; Sandborn et al., 2012). To develop new therapeutic interventions, there is a need for better understanding of the mechanisms that are operative during mucosal healing (Pineton de Chambrun et al., 2010). To this end, a reversible model of colitis was developed in which colitis induced by adoptive transfer of naïve CD4+ CD45RBhi T cells in lymphopenic mice can ...
[摘要] 目前通过抑制过度炎症免疫应答治疗炎症性肠病的治疗方法取得了有限的成功（Reinisch等人，2011; Rutgeerts等人，2005; Sandborn等人[ et al。，2012）。为了开发新的治疗干预措施，需要更好地了解粘膜愈合期间手术的机制（Pineton de Chambrun等，2010）。为此，开发了一种可逆模型的结肠炎，其中通过淋巴细胞小鼠中过早转移原始CD4 + / CD40RB T细胞诱导的结肠炎可以通过消除结肠发生CD4 + T细胞（Brasseit等，2016）。
背景随着发展旨在重现人类疾病的动物模型，我们对肠道炎症性肠疾病（IBD）的发病机制的理解已经大大改善（Khanna等人）。 ，2014）。尽管鉴定了广泛的免疫学目标，目前的治疗方法在治疗IBD方面取得的成功有限，而且有关知识可用于建立长期缓解和相关粘膜愈合时引起的机制（D'Haens >等，，2014）。到目前为止，一个主要的限制是缺乏动物模型，其中可以在具有既定疾病的动物中可再现地诱导缓解。在感染引起肠道炎症的模型中，促炎和抗炎机制可以同时运作，这意味着在解决炎症期间解剖不同免疫途径的作用可能是一个挑战（Endt等人。 ，2010; ...
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