| Characterizing the Transcriptional Effects of Endolysin Treatment on Established Biofilms of Staphylococcus aureus
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Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract] Biofilms are the most common lifestyle of bacteria in both natural and human environments. The organized structure of these multicellular communities generally protects bacterial cells from external challenges, thereby enhancing their ability to survive treatment with antibiotics or disinfectants. For this reason, the search for new antibiofilm strategies is an active field of study. In this context, bacteriophages (viruses that infect bacteria) and their derived proteins have been proposed as promising alternatives for eliminating biofilms. For instance, endolysins can degrade peptidoglycan ...
[摘要] 生物膜是自然和人类环境中最常见的细菌生活方式。这些多细胞社区的有组织结构通常保护细菌细胞免受外部挑战，从而增强其抗生素或消毒剂治疗的生存能力。为此，寻找新的抗菌膜策略是一个积极的研究领域。在这种情况下，已提出噬菌体（感染细菌的病毒）及其衍生蛋白作为消除生物膜的有希望的替代物。例如，内溶素可降解肽聚糖，并最终裂解靶细菌细胞。然而，表征暴露于这些化合物的细菌细胞的反应以改进基于噬菌体的抗微生物策略的设计是重要的。
如以前在Fernández等人（2017）中所描述的，开发该协议以检查暴露于内溶素处理的金黄色葡萄球菌生物膜细胞的转录反应。然而，它可能随后适用于分析其他微生物对不同抗菌剂的反应。
【背景】越来越清楚的是，亚抑制剂量的抗菌剂可能对目标微生物的不同表型具有调节作用，包括生物膜形成，代谢或毒力。因此，研究新化合物对低浓度靶细胞的潜在影响应该是发展过程的一部分。事实上，引发毒力因子或抗生素耐药决定簇产生的非常有效的抗菌剂可能不是治疗应用的良好候选者。另一方面，考虑到生物膜和浮游细胞之间的生理差异，应该对生物膜形成细胞分析新抗生物膜剂的作用似乎是合乎逻辑的。在这里，我们描述了一种协议，用于分析生物膜细胞在亚抑制浓度的内抑素浓度下的转录反应，噬菌体来源的蛋白质作为生物膜去除剂展现出巨大的前景。因此，通过RNA-seq将内溶素处理的细胞的转录组与对照细胞进行比较，并且后来通过RT-qPCR证实了所选基因的差异表达。 ...
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| Extraction and Molybdenum Blue-based Quantification of Total Phosphate and Polyphosphate in Parachlorella
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Author:
Date:
2017-09-05
[Abstract] Inorganic phosphorus is a non-renewable resource and an essential element for life on Earth. Organisms such as algae, protists, and animals can store phosphate (Pi) through uptake of Pi as polyphosphate (poly-P), which is a linear polymer of orthophosphate residues linked by high-energy phosphoanhydride bonds. Here, we describe procedures for extraction of total phosphate and poly-P from Parachlorella cells and quantification of orthophosphate based on molybdenum blue assay. The present method may be applicable for other microalgae.
[摘要] 无机磷是一种不可再生资源，是地球上生命的基本要素。 诸如藻类，原生生物和动物之类的生物体可以通过摄取作为多磷酸（poly-P）的Pi来储存磷酸盐（poly-P），聚磷酸盐是通过高能量磷酸酐键连接的正磷酸盐残基的线性聚合物。 在这里，我们描述了从Parachlorella细胞中提取总磷酸盐和poly-P以及基于钼蓝测定定量正磷酸盐的方法。 本方法可适用于其他微藻类。
【背景】生物磷回收是一种特别有吸引力的营养物回收形式。 藻类可以积聚磷酸盐（Pi），并且富含Pi的藻类生物质可用作生物肥料（Solovchenko等，2016）。 在以前的研究中，Ota等人 （2016）揭示了Parachlorella kessleri中硫缺乏（-S）条件下的电子密实体与聚P动力学的关系。 伞藻属于Trebouxiophyceae属的绿藻属，其特征在于刚性细胞壁和无性，不运动的生命周期。 这里提出的方案允许从小球藻提取总Pi和多磷酸（poly-P），并且基于钼蓝反应定量无机磷，这是用于定量正磷酸盐的标准方法。 Nagul等人先前回顾了钼蓝反应的理论背景。（2015年）。
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| Superoxide Dismutase (SOD) and Catalase (CAT) Activity Assay Protocols for Caenorhabditis elegans
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Author:
Date:
2017-08-20
[Abstract] Assays for superoxide dismutase (SOD) and catalase (CAT) activities are widely employed to indicate antioxidant responses underlying the toxic effects of test chemicals. Yet, earlier studies mainly described the procedures as performed according to manufacturer’s instructions without modifications that are specific to any organisms. The present protocol describes the steps in analyzing the superoxide dismutase (SOD) and catalase (CAT) activities in C. elegans, which is a model organism that can be used to study effects of pharmaceutical compounds and environmental pollutants. The ...
[摘要] 超氧化物歧化酶（SOD）和过氧化氢酶（CAT）活性的测定被广泛用于表明测试化学品的毒性作用的抗氧化反应。 然而，早期的研究主要描述了根据制造商的说明进行的程序，而无需对任何生物体特异的修改。 本方案描述了分析线虫中超氧化物歧化酶（SOD）和过氧化氢酶（CAT）活性的步骤，它是可用于研究药物化合物和环境污染物的影响的模型生物。 主要步骤包括：（1）样品制备; （2）总蛋白测定; （3）SOD活性测定; （4）CAT活性测定; 和（5）中等名单和公式，以及数据分析和绩效说明。
【背景】生物标志物是对化学，药剂或治疗干预的响应而检查生物和病原过程至关重要的。生物体内的各种生物过程导致引起氧化应激的活性氧（ROS）。为了应对这种氧化应激，生物体可以部署超氧化物歧化酶（SOD）和过氧化氢酶（CAT）以清除ROS，以保护细胞的稳态（Balaban等，2005）。一方面，各种化学物质（污染物）可以阻止这种抗氧化反应，并扰乱包括人类在内的生物体的健康。另一方面，许多药物旨在加强抗氧化反应以改善健康。因此，SOD和CAT的活动对于反映化学品或/和药物的潜在影响非常重要。
秀丽隐杆线虫（秀丽隐杆线虫）是一种用于研究药物化合物（Dengg和van Meel，2004; Carretero等，2017）和环境污染物（Yu et ...
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