| In vitro Engineered DNA-binding Molecule-mediated Chromatin Immunoprecipitation (in vitro enChIP) Using CRISPR Ribonucleoproteins in Combination with Next-generation Sequencing (in vitro enChIP-Seq) for the Identification of Chromosomal Interactions
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Author:
Date:
2017-11-20
[Abstract] We have developed locus-specific chromatin immunoprecipitation (locus-specific ChIP) technologies consisting of insertional ChIP (iChIP) and engineered DNA-binding molecule-mediated ChIP (enChIP). Locus-specific ChIP is a method to isolate a genomic region of interest from cells while it also identifies what binds to this region using mass spectrometry (for protein) or next generation sequencing (for RNA or DNA) as described in Fujita et al. (2016a). Recently, we identified genomic regions that physically interact with a locus using an updated form of enChIP, in vitro ...
[摘要] 我们开发了基因座特异性染色质免疫沉淀（基因座特异性芯片）技术，包括插入ChIP（iChIP）和工程DNA-结合分子介导ChIP（enChIP）。 基因座特异性ChIP是一种从细胞中分离感兴趣的基因组区域的方法，同时它还使用质谱（用于蛋白质）或下一代测序（用于RNA或DNA）鉴定什么与该区域结合，如Fujita等人 （2016a）。 最近，我们使用更新后的enChIP形式，结合NGS（ in vitro enChIP-Seq），鉴定了与基因座物理相互作用的基因组区域（Fujimita et al。，2017a）。 在这里，我们描述了一个体外试验的方法，用于分离靶基因座以鉴定与基因座物理相互作用的基因组区域。
【背景】阐明基因组功能强调的分子机制需要鉴定与感兴趣的基因组区域相互作用的分子。为此，我们开发了由插入ChIP（iChIP）和工程化DNA结合分子介导的ChIP（enChIP）组成的基因座特异性染色质免疫沉淀技术（基因座特异性ChIP）技术（Fujita等人 ...
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| Identification of RNA-binding Proteins
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Author:
Date:
2016-09-05
[Abstract] This protocol describes the extraction of RNA-binding proteins (RBPs) from cell lysates. In order to pull down target RBPs, 5-bromo-UTP (BrUTP)-incorporated RNA probes are used, which are generated by in vitro transcription. The schematic diagram (Flowchart) with procedure is indicated (Figure1 and Figure 2).
Figure 1. Schematic diagram of procedure (A-H). Flow chart of experimental procedure is indicated at A-H.
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[摘要] 该协议描述了从细胞裂解物中提取RNA结合蛋白（RBP）。 为了下拉靶标RBP，使用通过体外转录产生的含有5-溴-UTP（BrUTP）的RNA探针。 示意图（流程图）与过程（图1和图2）。
图1.程序示意图（AH）。实验程序的流程图在AH指示。
图2.质粒的线性化 限制性酶。在与其克隆元件相邻的限制性位点切割质粒。
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