Chromatin Affinity Purification (ChAP) from Arabidopsis thaliana Rosette Leaves Using in vivo Biotinylation System
|
Author:
Date:
2018-01-05
[Abstract] Chromatin Affinity Purification (ChAP) is widely used to study chromatin architecture and protein complexes interacting with DNA. Here we present an efficient method for ChAP from Arabidopsis thaliana rosette leaves, in which in vivo biotinylation system is used. The chromatin is digested by Micrococcal Nuclease (MNase), hence the distribution of nucleosomes is also achieved. The in vivo biotinylation system was initially developed for Drosophila melanogaster (Mito et al., 2005), but the presented protocol has been developed specifically for Arabidopsis ...
[摘要] 染色质亲和纯化(ChAP)被广泛用于研究染色质结构和与DNA相互作用的蛋白质复合物。 在这里,我们提出了一种有效的从拟南芥莲座叶中ChAP的方法,其中使用了体内生物素化系统。 染色质被Micrococcal核酸酶(MNase)消化,因此核小体的分布也被实现。 体内生物素化系统最初是为黑腹果蝇而开发的(Mito et al。2005),但是所提出的方案是专门为 拟南芥(Sura et。,2017)。
【背景】染色质免疫沉淀(ChIP)成为研究染色质结构和组织的最重要和最常用的技术之一。但是,它需要高质量的抗体,不会与非特异性靶标发生交叉反应。在含有细胞壁并富含光合作用相关化合物和蛋白质的植物中,这是相当难以实现的,这些化合物和蛋白质经常引起交叉反应性问题。另一方面,获得稳定的转基因生物是植物常规和容易的策略。由于这些原因,大多数植物研究人员选择基因标签,获得融合蛋白,并用ChIP替代方法即染色质亲和纯化(ChAP)来研究染色质。 ChAP技术已被证明在植物染色质研究中非常有效(Zentner和Henikoff,2014)。此外,它通常比经典ChIP便宜,因为它不需要产生抗体,并且通常比ChIP更有效,因为标签以比直接针对感兴趣的蛋白质产生的抗体更高的亲和力被识别。 ...
|
|
Drosophila Fecal Sampling
|
Author:
Date:
2017-09-20
[Abstract] Fecal sampling is a non-invasive method which raises the possibility to study the development and the changes in the microbial community throughout different time points of a fly population or throughout different treatments. This method allows precise manipulation to trigger the fly’s physiology by nutritional interventions, bacterial infections or other stressors.
As in most other animals, the intestinal microbiota is essential for a healthy fly-life. Because Drosophila only harbors a relative simple bacterial community with a small variety of round about 8 to 10 ...
[摘要] 粪便取样是一种非侵入性方法,提高了在飞行群体的不同时间点或整个不同处理过程中研究微生物群落的发展和变化的可能性。这种方法允许精确的操纵通过营养干预,细菌感染或其他压力源触发苍蝇的生理学。 与大多数其他动物一样,肠道微生物群对健康的飞行生命至关重要。因为果蝇只拥有一个相对简单的细菌群落,有大约8到10个不同种类的小种,很容易建立微生物群落,并在处理后调查微生物的变化。 使用蝇的粪便的另一个积极作用是不是肠微生物群的一部分的细菌,例如Wolbachia,可以直接从分析中排除,因为它们不会排泄。 使用这种方法,生成的数据集可能反映了在简单飞行模型中研究微生物组织相关疾病的一个很好的范例,此外,可以以高通量方法测试药物。
|
|