| Coupling Exonuclease Digestion with Selective Chemical Labeling for Base-resolution Mapping of 5-Hydroxymethylcytosine in Genomic DNA
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Author:
Date:
2018-03-05
[Abstract] This protocol is designed to obtain base-resolution information on the level of 5-hydroxymethylcytosine (5hmC) in CpGs without the need for bisulfite modification. It relies on (i) the capture of hydroxymethylated sequences by a procedure known as ‘selective chemical labeling’ (see Szulwach et al., 2012) and (ii) the digestion of the captured DNA by exonucleases. After Illumina sequencing of the digested DNA fragments, an ad hoc bioinformatic pipeline extracts the information for further downstream analysis.
[摘要] 该协议旨在获得CpGs中5-羟甲基胞嘧啶（5hmC）水平的碱基分辨率信息，而无需亚硫酸氢盐修饰。 它依赖于（i）通过称为“选择性化学标记”（参见Szulwach等人，2012）的方法捕获羟甲基化序列和（ii）通过外切核酸酶消化捕获的DNA。 在消化的DNA片段的Illumina测序之后，特设的生物信息学管道提取信息用于进一步的下游分析。
【背景】基因组DNA中胞嘧啶的甲基化可以被蛋白质读取，并且主要被翻译成基因沉默。基因组中的大多数CpG二核苷酸是甲基化的，包括位于基因调控区如增强子的那些。然而，当需要时，这些CpG可以通过Ten Eleven Translocation（TET）酶将甲基氧化并且通过碱基切除修复系统用未甲基化的胞嘧啶置换来去甲基化。 5-羟甲基胞嘧啶（5hmC）是5-甲基胞嘧啶的第一个氧化衍生物，并且在基因组中绘制该修饰的碱基提供了关于正在进行活性去甲基化的区域的信息。尽管选择性化学标记（SCL）可以非常特异地检测5hmC，但该技术的分辨率受DNA片段大小的限制，特别是当捕获的DNA中存在多个CpG时。为了提高分辨率，我们引入了使用外切核酸酶的消化步骤，所述核酸外切酶将DNA分子修剪成靠近羟甲基化的胞嘧啶（Sérandour et。，2016）。然后对测序读数进行适当的生物信息学处理，然后将羟甲基化评分赋予捕获的CpG。
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| Drosophila Fecal Sampling
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Author:
Date:
2017-09-20
[Abstract] Fecal sampling is a non-invasive method which raises the possibility to study the development and the changes in the microbial community throughout different time points of a fly population or throughout different treatments. This method allows precise manipulation to trigger the fly’s physiology by nutritional interventions, bacterial infections or other stressors.
As in most other animals, the intestinal microbiota is essential for a healthy fly-life. Because Drosophila only harbors a relative simple bacterial community with a small variety of round about 8 to 10 ...
[摘要] 粪便取样是一种非侵入性方法，提高了在飞行群体的不同时间点或整个不同处理过程中研究微生物群落的发展和变化的可能性。这种方法允许精确的操纵通过营养干预，细菌感染或其他压力源触发苍蝇的生理学。
与大多数其他动物一样，肠道微生物群对健康的飞行生命至关重要。因为果蝇只拥有一个相对简单的细菌群落，有大约8到10个不同种类的小种，很容易建立微生物群落，并在处理后调查微生物的变化。
使用蝇的粪便的另一个积极作用是不是肠微生物群的一部分的细菌，例如Wolbachia，可以直接从分析中排除，因为它们不会排泄。
使用这种方法，生成的数据集可能反映了在简单飞行模型中研究微生物组织相关疾病的一个很好的范例，此外，可以以高通量方法测试药物。
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