| Purification of Total RNA from DSS-treated Murine Tissue via Lithium Chloride Precipitation
|
|
Author:
Date:
2018-05-05
[Abstract] We have developed a protocol to purify RNA from DSS (Dextran Sulfate Sodium)-treated mouse tissues. This method, which prevents downstream inhibition of q-RT-PCR observed in DSS-treated tissues, relies on successive precipitations with lithium chloride.
[摘要] 我们开发了一种从DSS（葡聚糖硫酸钠）处理的小鼠组织中纯化RNA的方案。 这种防止DSS处理组织中观察到的q-RT-PCR下游抑制的方法依赖于氯化锂的连续沉淀。
【背景】葡聚糖硫酸钠（DSS）在实验室中非常普遍地用于诱导啮齿动物的结肠炎。具体而言，它模拟人类炎性肠病（IBD）与溃疡性结肠炎（UC）特征的临床和组织学特征。 DSS在饮用水中稀释并穿透组织。我们已经观察到用DSS污染RNA提取物阻止了从结肠和小肠成功的后续扩增过程，但也阻止了从DSS处理的动物获得的血液和其他组织。之前我们已经证明，样品中DSS的存在抑制了逆转录和聚合酶链式反应扩增（Viennois等人，2013）。 Kerr等人以剂量依赖的方式观察到这种抑制作用，他们提出了基于多聚-A纯化的技术以从总RNA提取物中去除DSS（Kerr等人，，2012）。我们在此提出了另一种有效和经济的方法，用于基于氯化锂（LiCl）沉淀纯化来自DSS迹线的总RNA提取物。这种方法已经在我们的实验室以及其他方面得到了广泛的应用（Chassaing et al。，2012，Li et al。，2016）。但是，没有尝试详细记录该程序。因此，我们详细描述了用另一种方法（Trizol，Spin柱为基础的核酸纯化）从主要从DSS处理的鼠组织中分离的总RNA的LiCl纯化步骤。
|
|
|
| Lentiviral Knockdown of Transcription Factor STAT1 in Peromyscus leucopus to Assess Its Role in the Restriction of Tick-borne Flaviviruses
|
|
Author:
Date:
2017-12-05
[Abstract] Cellular infection with tick-borne flaviviruses (TBFVs) results in activation of the interferon (IFN) signaling pathway and subsequent upregulation of numerous genes termed IFN stimulated genes (ISGs) (Schoggins et al., 2011). Many ISGs function to prevent virus pathogenesis by acting in a broad or specific manner through protein-protein interactions (Duggal and Emerman, 2012). The potency of the IFN signaling response determines the outcome of TBFV infection (Best, 2017; Carletti et al., 2017). Interestingly, data from our lab show that TBFV replication is significantly ...
[摘要] 蜱传黄热病病毒（TBFV）的细胞感染导致干扰素（IFN）信号传导途径的激活和随后称为IFN刺激基因（ISG）（Schoggins等人，2011）的众多基因的上调。许多ISG通过蛋白质 - 蛋白质相互作用以广泛或特定的方式起作用来防止病毒发病（Duggal和Emerman，2012）。 IFN信号反应的效力决定了TBFV感染的结果（Best，2016; Carletti等人，2017）。有趣的是，我们实验室的数据显示TBFV复制在储库物种Peromyscus leucopus的细胞中显着受到限制，从而表明有效的抗病毒应答（Izuogu等人，2017）。我们评估干扰素信号对抗性的相对贡献。通过敲低IFN反应途径中的主要转录因子来抑制白血病。信号转导和转录激活因子1（STAT1）是专门针对在P。 leucopus细胞通过shRNA技术。我们进一步测试了基因敲低对细胞对IFN反应和限制病毒复制的能力的影响;结果表明当STAT1表达被改变时，leucopus细胞对IFN刺激的反应降低，并且对TBFV复制显着更敏感。
【背景】IFN信号是抵抗侵入宿主细胞的黄病毒的第一道防线（Robertson等人，2009; Lazear和Diamond，2015）。通过模式识别受体（PRR）检测与病毒颗粒相关的分子标记，然后通过转录因子引发下游信号从细胞释放1型IFN（Kawai ...
|
|
|
| Drosophila Fecal Sampling
|
|
Author:
Date:
2017-09-20
[Abstract] Fecal sampling is a non-invasive method which raises the possibility to study the development and the changes in the microbial community throughout different time points of a fly population or throughout different treatments. This method allows precise manipulation to trigger the fly’s physiology by nutritional interventions, bacterial infections or other stressors.
As in most other animals, the intestinal microbiota is essential for a healthy fly-life. Because Drosophila only harbors a relative simple bacterial community with a small variety of round about 8 to 10 ...
[摘要] 粪便取样是一种非侵入性方法，提高了在飞行群体的不同时间点或整个不同处理过程中研究微生物群落的发展和变化的可能性。这种方法允许精确的操纵通过营养干预，细菌感染或其他压力源触发苍蝇的生理学。
与大多数其他动物一样，肠道微生物群对健康的飞行生命至关重要。因为果蝇只拥有一个相对简单的细菌群落，有大约8到10个不同种类的小种，很容易建立微生物群落，并在处理后调查微生物的变化。
使用蝇的粪便的另一个积极作用是不是肠微生物群的一部分的细菌，例如Wolbachia，可以直接从分析中排除，因为它们不会排泄。
使用这种方法，生成的数据集可能反映了在简单飞行模型中研究微生物组织相关疾病的一个很好的范例，此外，可以以高通量方法测试药物。
|
|
|