Ensifer-mediated Arabidopsis thaliana Root Transformation (E-ART): A Protocol to Analyse the Factors that Support Ensifer-mediated Transformation (EMT) of Plant Cells
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Author:
Date:
2017-10-05
[Abstract] Ensifer adhaerens OV14, a soil borne alpha-proteobacteria of the Rhizobiaceae family, fortifies the novel plant transformation technology platform termed ‘Ensifer-mediated transformation’ (EMT). EMT can stably transform both monocot and dicot species, and the host range of EMT is continuously expanding across a diverse range of crop species. In this protocol, we adapted a previously published account that describes the use of Arabidopsis thaliana roots to investigate the interaction of A. thaliana and Agrobacterium tumefaciens. In our laboratory, ...
[摘要] OV14;土壤传播的根瘤菌科的α-变形细菌强化了新型植物转化技术平台,称为“插入式”介导的转化(EMT)。 EMT可以稳定地转化单子叶植物和双子叶植物,并且EMT的宿主范围在不同范围的作物种类上不断扩大。在这个协议中,我们调整了一个以前发布的帐户,描述了使用拟南芥根系来研究 A的相互作用。 thaliana 和根癌土壤杆菌。在我们的实验室,我们通常使用 A。 thaliana 根外植体,以检查增强EMT效用的因素。此外,E-ART协议可用于研究E的转录反应。接种外植体组织后的寄主植物,宿主植物,不同的引物菌株/突变体的可变性以及测试A的易感性。作为破译支持EMT的机制的手段。【背景】推进“Ensifer”介导的转化(EMT)技术以成功地转化双子叶菊,即拟南芥,马铃薯Solanum tuberosum ,Nicotiana tabacum ,Manihot esculenta ,欧洲油菜和单子叶植物;之前曾报道过(Wendt等人,2012; Zuniga-Soto等人),2015; Chavarriaga-Aguirre et al。,2016; Rathore等人,2016)。另外,E的基因组分析。 (2014)发现,该细菌具有7.7Mb的基因组,其包含两条环状染色体(3.96Mb和2.01Mb)和两条质粒(1.61Mb和125Kb) )。 ...
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Polyamine and Paraquat Transport Assays in Arabidopsis Seedling and Callus
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Author:
Date:
2017-08-05
[Abstract] Polyamines (PAs) are polycationic compounds found in all living organisms and play crucial roles in growth and survival. We here show the ‘Polyamine and paraquat (PQ) transport assay’ protocol, which can be used to examine the uptake activity of PA/PQ transporters. We have used this protocol to demonstrate that PUT3 in Arabidopsis is a polyamine transporter and is able to take up spermidine and its analog paraquat.
[摘要] 多胺(PA)是在所有生物体中发现的聚阳离子化合物,在生长和生存中起关键作用。 我们在这里展示了“多胺和百草枯(PQ)运输测定”方案,可用于检查PA / PQ转运蛋白的摄取活性。 我们已经使用该协议来证明拟南芥中的PUT3是多胺转运蛋白,并且能够吸收亚精胺及其类似百草枯。 【背景】PA通过与阴离子大分子如DNA,RNA和蛋白质的功能相互作用和调节而参与基因调控。 在活细胞中,必须调节PA的含量以维持细胞止血。 在高等植物中,三种主要的多胺,腐胺(Put),亚精胺(Spd)和精胺(Spm)以游离形式或缀合形式与其他分子一起存在(Gill和Tuteja,2010)。 在酵母中,鉴定了四种质膜多胺转运体DUR3,SAM3,GAP1和AGP2(Uemura等人,2007)。 在拟南芥中,鉴定了5种推定的多胺摄取转运蛋白(PUT1-PUT5),并且PUT1-3已被实验验证为多胺转运蛋白(Mulangi等人,2012; Li et al,2013)。 我们以下所述的方案成功证实了PUT3是多胺和百草枯的流入转运蛋白,并且在Put3突变体(Shen等人,2016)中PQ /Spd吸收受损)。
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Polysome Analysis
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Author:
Date:
2017-03-20
[Abstract] Polysome analysis is a method to separate mRNAs from a cell into actively translating and non-translating fractions depending on their association with polysomes. By this protocol, cell lysates are fractionated by sucrose density gradient ultracentrifugation. Free mRNA fraction and various ribosomal fractions, such as 40S, 60S, monosomes and polysomes are collected by fractionation. Association of particular mRNAs with these fractions is detected by reverse transcription – PCR to investigate the translational state of the mRNA.
[摘要] 多聚赖氨酸分析是一种将mRNA从细胞分离为主动翻译和非翻译部分的方法,这取决于它们与多核糖体的关联。通过该方案,通过蔗糖密度梯度超速离心分离细胞裂解物。通过分级收集游离mRNA级分和各种核糖体级分,例如40S,60S,单体和多核糖体。通过逆转录PCR检测特异性mRNA与这些级分的关联,以研究mRNA的翻译状态。
背景 细胞mRNA在任何时间点分布到主动翻译和非翻译池中,并可响应于各种刺激而在这些池之间动态地重新分布。主动翻译的mRNA具有较高数量的与它们相关的核糖体,与mRNA相关的核糖体数量是mRNA的翻译状态的量度。因此,从细胞中分离核糖体时,会在多核糖体组分中发现主要转录的mRNA,而在游离mRNA部分或与40S核糖体亚基相关的非翻译/不良翻译mRNAs。因此,多聚赖氨酸分析是根据其与多核糖体的关联将mRNA从细胞分离为主动翻译和非翻译部分的方法(Ray et al。,2009; Poria等人, >。,2016)。可以通过RT-PCR检测单个mRNA与翻译/非翻译级分的关联,而通过RNA测序或微阵列分析可以鉴定mRNA的整个翻译或非翻译池。
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