| Screening Method for CRISPR/Cas9 Inhibition of a Human DNA Virus: Herpes Simplex Virus
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Author:
Date:
2020-09-05
[Abstract] The efficiency of cleavage of individual CRISPR/Cas9-sgRNAs remains difficult to predict based on the CRISPR target sequence alone. Different intracellular environments (dependent on cell type or cell cycle state for example) may affect sgRNA efficiency by altering accessibility of genomic DNA through DNA modifications such as epigenetic marks and DNA-binding proteins (e.g., histones) as well as alteration of the chromatin state of genomic DNA within the nucleus.
We recently reported a multi-step screening method for the identification of efficient sgRNAs targeting the ...
[摘要] [摘要 ] 单独基于CRISPR靶序列仍难以预测单个CRISPR / Cas9-sgRNA的切割效率。不同的细胞内环境（例如，取决于细胞类型或细胞周期状态）可能会通过DNA修饰（例如表观遗传标记和DNA结合蛋白（例如组蛋白））和染色质状态的改变来改变基因组DNA的可及性，从而影响sgRNA效率。核内基因组DNA的标记。
我们recen TLY 报道的多步骤方法筛选用于有效sgRNAs靶向的识别的单纯疱疹病毒（HSV-1）的基因组，并报告为在潜对裂解病毒相抑制CRISPR-Cas9的差动机构。该协议中详述的筛选平台允许在无细胞系统中以及在病毒靶细胞（例如人包皮成纤维细胞）的背景下逐步测试切割效率，然后对CRISPR / sgRNA的作用进行功能测试病毒蛋白的表达，复制，和再活化。该策略可以容易地应用于其他靶细胞，例如多能干细胞衍生的人感觉神经元或其他人DNA病毒。
背景 ] 单纯疱疹病毒（HSV）是的一种嗜神经性DNA病毒疱疹病毒科家族引起终身和无法治愈感染在大多数人群的，并可能导致显著发病率和死亡率（Liesegang环等人，1989; Roizman 等人。，2013） ...
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| Generation of Functional Mouse Hippocampal Neurons
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Author:
Date:
2020-08-05
[Abstract] Primary culture of mouse hippocampal neurons is a very useful in vitro model for studying neuronal development, axonal and dendritic morphology, synaptic functions, and many other neuronal features. Here we describe a step-by-step process of generating primary neurons from mouse embryonic hippocampi (E17.5/E18.5). Hippocampal neurons generated with this protocol can be plated in different tissue culture dishes according to different experimental aims and can produce a reliable source of pure and differentiated neurons in less than one week. This protocol covers all the steps ...
[摘要] [摘要] 原代培养小鼠海马神经元是一种非常有用的体外模型用于研究神经元的发育，轴突和树突的形态，突触功能，以及许多其他神经元的特征。这里我们描述了从小鼠胚胎海马（E17.5/E18.5）产生初级神经元的一步一步的过程。根据不同的实验目的，用该方法产生的海马神经元可以在不同的组织培养皿中进行培养，并能在不到一周的时间内产生一个可靠的来源。该方案涵盖了神经元培养物的制备、培养和鉴定的所有必要步骤，包括解剖器械的说明、胚胎分离的手术程序、培养条件以及培养物纯度和分化的评估。通过分析培养6天时的钙显像动力学来评估神经元的活性。
[背景] 海马体是一个非常典型的大脑结构，对重要的大脑功能如记忆、空间导航、情绪记忆和学习至关重要。从解剖学上讲，小鼠海马体有一个清晰的C形结构，很容易定位和分离。在细胞水平上，它主要由锥体细胞组成，与其他脑区相比，中间神经元和胶质细胞较少（Kaech和Banker，2006）。因此，海马体是从野生型或基因工程小鼠模型中产生高纯度原代神经元培养物的理想区域，可用于疾病建模或研究神经元功能的多个方面，如突触传递和电生理特性、对神经毒性的敏感性，分化与衰老（；；；；）。Busche，2018Koyama和Ikegaya，2018Molnar，2011Wu等人，2019Rush等人，2020年
已经制定了许多协议，通过与神经胶质喂食器共同培养神经元来产生皮层和海马神经元（Kaech和Banker，2006），描述了用水凝胶微纤维封装的星形胶质细胞的三维神经元培养系统（Kim等人，2020年），长期向培养基中补充生长因子神经元培养（Ray ...
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| Rubisco Extraction and Purification from Diatoms
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Author:
Date:
2017-03-20
[Abstract] This protocol describes a method to extract ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase oxygenase (Rubisco) from diatoms (Bacillariophyta) to determine catalytic performance. This protocol has been adapted from use in cyanobacteria and higher plants (Andrews, 1988; Whitney and Sharwood, 2007). First part (steps A1-A3) of the extraction provides a crude extract of Rubisco that is sufficient for carboxylation assays to measure the Michaelis constant for CO2 (KC) and the catalytic turnover rate (kcatc). However, the further purification ...
[摘要] 该方案描述了从硅藻（“芽孢杆菌”）提取核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶加氧酶（Rubisco）的方法以确定催化性能。该方案已经在蓝细菌和高等植物中得到了应用（Andrews，1988; Whitney and Sharwood，2007）。提取的第一部分（步骤A1-A3）提供Rubisco的粗提取物，其足以用于羧化测定以测量CO 2（K 3 C）的Michaelis常数和催化更换率（ k c ）。然而，为了测量Rubisco CO 2 / O 2特异性（S C / O ）需要进一步的纯化步骤（步骤B1-B4） >，[Kane等人，1994]）。背景 核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶加氧酶（Rubisco，EC 4.1.1.39）催化了CO 2光合同化的第一步，因此在光合作用和全球碳循环中起着重要的作用。 Rubisco已经从古菌，细菌，藻类和植物的各种生物体中分离出来，并且在生物体之间显示出各种各样的动力学（Galmes等人，2014年; Tcherkez等人，2006; Whitney等人，2011）。 Rubisco动力学的知识是了解光合作用以及因此碳的生物沉积物对人为CO ...
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