| Quantification of Bacterial Polyhydroxybutyrate Content by Flow Cytometry
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Author:
Date:
2017-12-05
[Abstract] We describe here a detailed protocol for the quantification of the intracellular content of polyhydroxybutyrate (PHB) in a population of bacterial cells by flow cytometry, which is based on a consensus of several previously reported works.
[摘要] 我们在这里描述了通过流式细胞术定量细菌细胞群中的聚羟基丁酸酯（PHB）的细胞内含量的详细方案，其基于几个先前报道的作品的共识。
【背景】在营养物质耗尽和存在可利用的碳源的情况下，可以使用几种细菌（例如，Cupriavidus necator，中华根瘤菌Sinorhizobium meliloti， >假单胞菌（Pseudomonas）开启了聚羟基丁酸酯（PHB）中性聚合物的积累，用于储存碳和还原能力（Jendrossek和Pfeiffer，2014）。定量细菌PHB含量的经典方法基于其初始解聚，随后通过紫外分光光度法或气相色谱定量检测β-羟基丁酸的特定化学衍生物（Law and Slepecky，1961; Braunegg等人， 1978）。最近，荧光染料尼罗红（9-二乙氨基-5H-苯并[α]吩恶嗪-5-酮）（Greenspan和Fowler，1985）将PHB颗粒染色（Müller等人，1993）导致了开发新的快速荧光方法来定量细菌样品中聚合物的含量。随后，将基于尼罗红的PHB染色与流式细胞术偶联使得可以定量细菌群体内单细胞水平的聚合物含量（Gorenflo等人，1999; Kacmar等人2006; Tyo等人，2006; Alves等人，2017; Lagares Jr.等人，， ...
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| Glioma Induction by Intracerebral Retrovirus Injection
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Author:
Date:
2017-07-20
[Abstract] Glioblastoma (GBM) is the most common primary brain cancer in adults and has a poor prognosis. It is characterized by a high degree of cellular infiltration that leads to tumor recurrence, atypical hyperplasia, necrosis, and angiogenesis. Despite aggressive treatment modalities, current therapies are ineffective for GBM. Mouse GBM models not only provide a better understanding in the mechanisms of gliomagenesis, but also facilitate the drug discovery for treating this deadly cancer. A retroviral vector system that expresses PDGFBB (Platelet-derived growth factor BB) and inactivates PTEN ...
[摘要] 成胶质细胞瘤（GBM）是成人中最常见的原发性脑癌，预后差。其特征在于高度的细胞浸润，导致肿瘤复发，非典型增生，坏死和血管生成。尽管采取积极的治疗方式，目前的疗法对GBM无效。小鼠GBM模型不仅提供了对胶质瘤发生机制的更好理解，而且有助于药物发现治疗这种致命的癌症。表达PDGFBB（血小板衍生生长因子BB）和灭活PTEN（磷酸酶和张力蛋白同源物）和P53肿瘤抑制因子的逆转录病毒载体系统提供了具有全面外显子的小鼠中胶质瘤的快速和有效的诱导。在该方案中，我们描述了一种简单实用的方法，用于在鼠脑中通过逆转录病毒注射诱导GBM形成。该系统对神经胶质瘤的诱导进行空间和时间控制，并允许用生物发光报告物评估治疗效果。
【背景】胶质母细胞瘤（GBM）是最具侵袭性的恶性脑肿瘤，不幸的是几乎总是致命的。尽管多种治疗方式有进展，但是尚未开发出治疗GBM的有效治疗方法。这种疾病的机制仍然知之甚少。动物模型一直是定义GBM发病机制和基因或药物治疗试验的非常重要的工具。已经开发了几种小鼠模型，其目的是产生尽可能接近模拟人类疾病的疾病，并表现出类似的分子，遗传和组织学特征。突出使用的模型是异种移植（Hingtgen等人，2008）模型，其中人类肿瘤细胞系可以在脑中原位移植以及在免疫受损的小鼠的皮下区域异位移植，提供了具有大肿瘤块在短时间内。遗传工程小鼠模型（GEMM）具有特异性增益的致癌活性或丧失肿瘤抑制通路，其类似于GBM中最频繁失调的通路中的扰动，导致啮齿类动物形成胶质瘤。 ...
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| Chromatin Immunoprecipitation Experiments from Whole Drosophila Embryos or Larval Imaginal Discs
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Author:
Date:
2017-06-05
[Abstract] Chromatin Immunoprecipitation coupled either to qPCR (qChIP) or high-throughput sequencing (ChIP-Seq) has been extensively used in the last decades to identify the DNA binding sites of transcription factors or the localization of various histone marks along the genome. The ChIP experiment generally includes 7 steps: collection of biological samples (A), cross-linking proteins to DNA (B), chromatin isolation and fragmentation by sonication (C), sonication test (D), immunoprecipitation with antibodies against the protein or the histone mark of interest (E), DNA recovery (E), identification of ...
[摘要] 与qPCR（qChIP）或高通量测序（ChIP-Seq）相结合的染色质免疫沉淀已被广泛用于识别转录因子的DNA结合位点或基因组中各种组蛋白标记的定位。 ChIP实验通常包括7个步骤：收集生物样品（A），交联蛋白质到DNA（B），染色质分离和通过超声处理分离（C），超声处理测试（D），用针对蛋白质的抗体进行免疫沉淀感兴趣的组蛋白标记（E），DNA回收（E），通过PCR或测序鉴定因子相关DNA序列（F）。这里描述的协议可以容易地用于ChIP-seq和ChIP-qPCR实验。描述在完整的果蝇组织中优化分析的实验设置条件的整个过程可以在四天内完成。
背景 尽管永生化的培养细胞广泛用于研究各种细胞类型的染色质景观，但是在生理条件下在体内探测相互作用的有价值的方法对于进行转录的时间或空间比较分析是必要的因子和组蛋白修饰图在不同阶段的果蝇发展或不同组织之间。在这里，我们提供了一个详细的ChIP协议，已被优化，以便在整个果蝇胚胎和幼虫成像光盘上工作，突出关键的实验参数。
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