|
Author:
Date:
2017-12-20
[Abstract] The oral microbiome has been implicated as a trigger for immune responsiveness in the oral cavity, particularly in the setting of the inflammatory disease periodontitis. The protocol presented here is aimed at characterizing the oral microbiome in murine models at steady state and during perturbations of immunity or physiology. Herein, we describe murine oral microbiome sampling procedures, processing of low biomass samples and subsequent microbiome characterization based on 16S rRNA gene sequencing.
[摘要] 口腔微生物组被认为是口腔免疫应答的触发因素，特别是在炎性疾病牙周炎的形成中。 这里提出的协议旨在描述在稳定状态和扰动免疫或生理学的小鼠模型中的口腔微生物群。 在此，我们描述了鼠类口腔微生物群落取样程序，低生物量样品的处理和随后的基于16S rRNA基因测序的微生物群鉴定。
【背景】微生物组在调节组织特异性免疫应答（特别是在屏障部位）中起关键作用（Belkaid和Harrison，2017）。在这些屏障环境中，例如胃肠道和皮肤，选择的共生物显示能够驱动特定免疫细胞群体的发育（Ivanov等人，2009; Naik等人。，2012）。我们的工作最近开始探索口腔微生物组在剪裁组织免疫力方面的影响，尤其是在牙龈处，一个脆弱的口腔屏障部位（Abusleme和Moutsopoulos，2016; Dutzan等人，2017）。
在人类中，众所周知口腔中含有丰富多样的微生物（Human Microbiome Project，2012）。口腔微生物群落的改变与常见的口腔疾病，牙周炎（一种影响牙龈组织并导致组织损伤的炎症）有关（Griffen等人，2012; Abusleme等人。，2013; Moutsopoulos et al 。，2015）。迄今为止，动物模型已经有助于解决微生物组在各种生理和病理条件中的作用（Turnbaugh等人，2006; ...
|
|
Author:
Date:
2014-03-20
[Abstract] This protocol is a simple method for evaluating mutation frequency during African swine fever virus (ASFV) replication, although it could be used also for other DNA viruses (poxvirus, herpesvirus, mimivirus, etc) with minor modifications. In the original Carrascosa et al. (1982), the protocol was carried out with two cloned viruses, BA71Vc (a purified clone from BA71V wild type strain) and vΔpolX (lacking the reparative polymerase, pol X, gene), and two different cell types that can be infected by ASFV, Vero cells and swine macrophages. To facilitate the sequence comparison, ...
[摘要] 该协议是用于评估非洲猪瘟病毒（ASFV）复制期间的突变频率的简单方法，尽管其也可以用于其它具有微小修改的DNA病毒（痘病毒，疱疹病毒，mimivirus，等）。 在原始Carrascosa等（1982）中，使用两种克隆的病毒BA71Vc（来自BA71V野生型菌株的纯化克隆）和vΔpolX（缺乏修复聚合酶，pol X， 基因）和可被ASFV，Vero细胞和猪巨噬细胞感染的两种不同细胞类型。 为了便于序列比较，通过PCR扩增含有B646L基因的基因组片段，并平端克隆。 该基因编码主要衣壳蛋白（p72），并且可以在数据库中发现多个序列，因此可以将发现的突变与天然基因变异进行比较。 克隆的片段可以直接从细菌菌落或从小量制备纯化的DNA测序。
|