| NMR waterLOGSY as An Assay in Drug Development Programmes for Detecting Protein-Ligand Interactions–NMR waterLOGSY
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Author:
Date:
2020-07-05
[Abstract] In drug development programmes, multiple assays are needed for the determination of protein-compound interactions and evaluation of potential use in assays with protein-protein interactions. In this protocol we describe the waterLOGSY NMR method for confirming protein-ligand binding events.
[摘要] [摘要] 在药物开发计划中，需要多种测定方法来测定蛋白质与化合物的相互作用，并评估在蛋白质与蛋白质相互作用中的潜在用途。在此协议中，我们描述了用于确认蛋白质-配体结合事件的waterLOGSY NMR方法。
[背景] 随着在疾病细胞中发现更多的蛋白质形式变化，药物发现计划不断增加，这些计划依赖于使用小分子文库对目标蛋白质进行初步筛选，然后进行进一步的药物化学运动以增加所散发的化学物质的效力。从屏幕上。经过初步筛选后，出现了一系列正交分析，这些化学分析有助于验证命中的化学物质，并可以对化合物进行分层，以选择最佳化合物以进入命中领先阶段，进而进行前导优化。在这些测定法是基于NMR的水大号igand ö 经由bserved ģ radient 小号pectroscop ý （waterLOGSY ）方法（Dalvit 等人，2000和2001） 。waterLOGSY 是用于检测配体的结合是特别有用的互相作用相对弱与靶蛋白（即，在μM解离常数为低毫范围），如所预期的要与初始命中从一个大的化学或片段库相关联药物化学之前先进行筛分（Lepre，2011），以提高药效和类似药物的性能。
WaterLOGSY 如何工作
该waterLOGSY 方法利用1个小分子的1 H ...
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| In vivo and in vitro 31P-NMR Study of the Phosphate Transport and Polyphosphate Metabolism in Hebeloma cylindrosporum in Response to Plant Roots Signals
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Author:
Date:
2018-08-20
[Abstract] We used in vivo and in vitro phosphorus-31 nuclear magnetic resonance (31P-NMR) spectroscopy to follow the change in transport, compartmentation and metabolism of phosphate in the ectomycorrhizal fungus Hebeloma cylindrosporum in response to root signals originating from host (Pinus pinaster) or non-host (Zea mays) plants. A device was developed for the in vivo studies allowing the circulation of a continuously oxygenated mineral solution in an NMR tube containing the mycelia. The in vitro studies were performed on ...
[摘要] 我们使用体内和体外磷-31核磁共振（ 31 P-NMR）光谱来跟踪运输，分区和 外生菌根真菌 Hebeloma cylindrosporum 中的磷酸盐代谢响应来自宿主（ Pinus pinaster ）或非宿主（ Zea mays ）的根信号植物。 开发了一种用于体内研究的装置，其允许连续氧化的矿物质溶液在含有菌丝体的NMR管中循环。 在几个连续的处理步骤（在液氮中冷冻;用高氯酸压碎;消除高氯酸;冷冻干燥;在适当的液体培养基中溶解）后，对真菌材料进行体外研究。
【背景】 菌根真菌和植物之间的关联改善了宿主植物的P营养（Smith和Read，2008; Plassard和Dell，2010; Cairney，2011; Smith 等人，，2015）。这种积极效应主要归因于真菌菌丝对磷酸盐（Pi）的吸收，探测了在活跃吸收根周围的耗竭区以外的大量土壤（Smith和Read，2008; Cairney，2011; Smith et al。< em="">，2015）和真菌细胞分泌细胞外磷酸酶（Quiquampoix和Mousain，2005）。吸收的Pi部分地掺入磷酸化的代谢物，磷脂和核酸中，并且部分地浓缩成多磷酸盐（PolyP），其中它们构成液泡中的储存池（Ashford 等人，，1994）。该协议详述了一种装置，该装置允许通过 31 ...
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| Hydrogen Deuterium Exchange Mass Spectrometry of Oxygen Sensitive Proteins
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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] The protocol detailed here describes a way to perform hydrogen deuterium exchange coupled to mass spectrometry (HDX-MS) on oxygen sensitive proteins. HDX-MS is a powerful tool for studying the protein structure-function relationship. Applying this technique to anaerobic proteins provides insight into the mechanism of proteins that perform oxygen sensitive chemistry. A problem when using HDX-MS to study anaerobic proteins is that there are many parts that require constant movement into and out of an anaerobic chamber. This can affect the seal, increasing the likelihood of oxygen exposure. ...
[摘要] 本文详述的方案描述了一种在氧敏感蛋白质上进行氢氘交换偶联质谱（HDX-MS）的方法。 HDX-MS是研究蛋白质结构 - 功能关系的强大工具。将这种技术应用于厌氧蛋白质可以深入了解执行氧敏化学的蛋白质的机制。使用HDX-MS研究厌氧蛋白时的一个问题是，有许多部分需要不断运动进出厌氧室。这会影响密封，增加氧气暴露的可能性。暴露于氧气使得与这些蛋白质结合的辅因子（一个常见的例子是FeS簇）不再与负责配位FeS簇的氨基酸残基相互作用，造成簇的丢失和蛋白质的不可逆失活。为了解决这个问题，开发了一种双瓶系统，可以厌氧地制备溶液和反应混合物，但也可以将这些溶液转移到有氧环境中，同时屏蔽溶液中的氧气。此外，运动不受限制，就像厌氧室一样，确保更一致的数据，并在反应过程中减少错误。
【背景】许多氧敏感蛋白质是生物在缺氧环境中繁殖所必需的。这些蛋白质中的一些通过被称为基于黄素的电子分叉（FBEB）（Lubner等，2017）的方法向厌氧微生物提供替代的能量供应。 FBEB产生还原型铁氧还蛋白，可被氧化产生能量。能够降低铁氧还蛋白的蛋白质引起了极大的兴趣，并且一直是最近使用HDX-MS研究的重点（Demmer et al。，2016; Lubner 等人）， 2017; Berry等人，2018）。 ...
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