| Inositol Phosphates Purification Using Titanium Dioxide Beads
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Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract] Inositol phosphates (IPs) comprise a family of ubiquitous eukaryotic signaling molecules. They have been linked to the regulation of a pleiotropy of important cellular activities, but low abundance and detection difficulties have hampered our understanding. Here we present a method to purify and enrich IPs or other phosphate-rich metabolites from mammalian cells or other sample types. Acid-extracted IPs from cells bind selectively via their phosphate groups to titanium dioxide beads. After washing, the IPs are easily eluted from the beads by increasing the pH. This technique, in combination ...
[摘要] 肌醇磷酸（IP）包含普遍存在的真核信号分子家族。 它们与重要细胞活动的多效性的调节有关，但低丰度和检测困难阻碍了我们的理解。 在这里，我们提出了一种从哺乳动物细胞或其他样本类型中纯化和富集IP或其他富含磷酸盐的代谢物的方法。 来自细胞的酸提取的IP通过其磷酸基团选择性地结合到二氧化钛珠子上。 洗涤后，通过增加pH容易从珠中洗脱IP。 该技术与下游分析方法（如PAGE或SAX-HPLC）相结合，开启了前所未有的研究可能性，允许从几乎任何生物或非生物来源对IP进行适当分析。
【背景】肌醇磷酸（IP）是保守信号分子家族，在真核生物中普遍存在（Irvine和Schell，2001; Tsui和York，2010）。它们涉及广泛的细胞活动的调节，包括钙信号传导，运输和磷酸盐稳态（Wilson et al。，2013; Thota和Bhandari，2015; Azevedo和Saiardi，2017; ）。然而，我们对IP信号的理解受到了它们难以研究的事实的阻碍。
与其他富含磷酸盐的分子（例如核苷酸）不同，IP在UV / Vis范围内不吸收，并且通常以相对低的丰度存在于细胞中。用于IP检测和分析的传统方法是用 3 ...
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| Measurement of Oxygen Consumption Rate (OCR) and Extracellular Acidification Rate (ECAR) in Culture Cells for Assessment of the Energy Metabolism
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Author:
Date:
2018-05-20
[Abstract] Mammalian cells generate ATP by mitochondrial (oxidative phosphorylation) and non-mitochondrial (glycolysis) metabolism. Cancer cells are known to reprogram their metabolism using different strategies to meet energetic and anabolic needs (Koppenol et al., 2011; Zheng, 2012). Additionally, each cancer tissue has its own individual metabolic features. Mitochondria not only play a key role in energy metabolism but also in cell cycle regulation of cells. Therefore, mitochondria have emerged as a potential target for anticancer therapy since they are structurally and functionally ...
[摘要] 哺乳动物细胞通过线粒体（氧化磷酸化）和非线粒体（糖酵解）代谢产生ATP。已知癌细胞使用不同的策略重新编程它们的代谢以满足能量和合成代谢需要（Koppenol等人，2011; Zheng，2012）。此外，每个癌症组织都有其自己的个体代谢特征。线粒体不仅在能量代谢中起关键作用，而且在细胞的细胞周期调控中也起关键作用。因此，线粒体作为抗癌治疗的潜在靶标已经出现，因为它们在结构和功能上与其非癌对应物不同（D'Souza等人，2011）。我们详细介绍了利用海马XF24细胞外通量分析仪（图1）测量活细胞中氧耗率（OCR）和细胞外酸化率（ECAR）测量的方案。 Seahorse XF24细胞外通量分析仪持续测量细胞上清液中的氧浓度和质子流量（Wu等人，2007）。这些测量结果在OCR和ECAR值中转换，并能够直接定量线粒体呼吸和糖酵解。有了这个协议，我们试图评估三种不同癌细胞系的基线粒体功能和线粒体应激反应细胞毒性测试先导化合物甲磺卡西林，以研究其作用机制。将细胞铺在XF24细胞培养板中并保持24小时。在分析之前，将培养基替换为无缓冲的DMEM pH7.4，然后使细胞在非代谢通量分析前使用Seahorse XF在非CO 2孵育器中平衡以允许精确测量Milli-pH单位改变。 ...
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| DQ-Red BSA Trafficking Assay in Cultured Cells to Assess Cargo Delivery to Lysosomes
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Author:
Date:
2017-10-05
[Abstract] Lysosomes are the terminal end of the endocytic pathway having acidic environment required for active hydrolases that degrade the cargo delivered to these compartments. This process of cargo delivery and degradation by endo-lysosomes is a tightly regulated process and important for maintaining cellular homeostasis. Cargos like EGF (Epidermal Growth Factor), Dil-LDL (3,3’-Dioctadecylindocarbocyanine-Low Density Lipoprotein), Dextran, DQ-BSA (Dye Quenched-Bovine Serum Albumin) etc., are routinely used by researchers to analyze the role of various proteins in endocytic pathway. ...
[摘要] 溶酶体是具有降解递送到这些隔室的货物的活性水解酶所需的酸性环境的内吞途径的末端。 这种内溶溶酶体的货物递送和降解过程是一个严格调节的过程，对于维持细胞体内平衡是重要的。 Cargos如EGF（表皮生长因子），Dil-LDL（3,3'-二十八碳基碳代花青 - 低密度脂蛋白），葡聚糖，DQ-BSA（染料淬灭 - 牛血清白蛋白）等常规 由研究人员用来分析各种蛋白质在内吞途径中的作用。 在缺乏或过表达感兴趣的基因的细胞中的DQ-BSA的贩运是用于鉴定各种蛋白质在内吞运输途径中的作用的有用测定。 该方案描述了可用于研究各种细胞类型的吞噬运输的DQ-Red BSA运输测定。
【背景】细胞不断地与其细胞外环境交换物质，并且在这个过程中，它们将货物内部化在质膜的囊泡中。这种内部货物被运送到早期的内体，从那里它可以通过再循环内体回到质膜或进入规范的内吞途径。一旦被注定要退化，货物就会移动到后期的内体，并最终与溶酶体融合，其中活性水解酶消化货物（Jovic等人，2010）。这些内吞室具有其内腔的特征pH。早期内体体内的pH值范围为5.9-6.8，晚期内体的pH范围为4.9-6.0，溶酶体最为酸性，pH范围为4.5-5.0（Maxfield和Yamashiro，1987）。溶酶体的酸性环境对于存在于其管腔中的水解酶和货物降解的活性是必需的（Garg等人，2011; ...
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