| Electrophoretic Mobility Shift Assay of in vitro Phosphorylated RNA Polymerase II Carboxyl-terminal Domain Substrates
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Author:
Date:
2020-06-20
[Abstract] Eukaryotic RNA polymerase II transcribes all protein-coding mRNAs and is highly regulated. A key mechanism directing RNA polymerase II and facilitating the co-transcriptional processing of mRNAs is the phosphorylation of its highly repetitive carboxyl-terminal domain (CTD) of its largest subunit, RPB1, at specific residues. A variety of techniques exist to identify and quantify the degree of CTD phosphorylation, including phosphorylation-specific antibodies and mass spectrometry. Electrophoretic mobility shift assays (EMSAs) have been utilized since the discovery of CTD phosphorylation and ...
[摘要] [摘要 ] 真核RNA聚合酶II转录所有编码蛋白质的mRNA，并且受到高度调节。指导RNA聚合酶II并促进mRNA的共转录加工的关键机制是其高度重复的羧基末端结构域（CTD）的磷酸化。最大的亚基RPB1位于特定残基。存在多种鉴定和定量CTD磷酸化程度的技术，包括磷酸化特异性抗体和质谱法。自发现CTD磷酸化和本文提出了一种标准化的方法，用于EMSA分析被多种CTD激酶磷酸化的重组GST-CTD底物的EMSA方法，以及在变性/还原和还原条件下分析样品的策略。提供了半本地条件。此方法表示简单，直接，以及使用分子生物学实验室通用的设备监测重组底物中CTD磷酸化的可重现方法，该设备可轻松应用于下游分析，包括免疫印迹和质谱分析。
[背景 ] 真核生物RNA聚合酶II（RNAPII）产生所有蛋白质编码的mRNA，小核，小核仁，和许多微小RNA （杰罗尼莫等，2013;梅菲尔德。等，2016） 。各种机制中规范RNAPII活动要赋予特异性基因表达和促进生物处理工艺。在这些是直接翻译后修饰中RNAPII自己在形式的磷酸化（梅菲尔德等，2016） ，脯氨酰异构（梅菲尔德等，2015） ，甲基化（迪亚斯等人，2015年）和乙酰化（交银施罗德等，2013） 。一些研究最多的修饰是磷酸化的C端结构域RNAPII最大的亚基RPB1中（CTD） ...
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| Expression and Ni-NTA-Agarose Purification of Recombinant Hepatitis C Virus E2 Ectodomain Produced in a Baculovirus Expression System
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Author:
Date:
2018-10-05
[Abstract] In this protocol, we describe the production and purification of the ectodomain of the E2661 envelope protein (amino acids 384-661) of the Hepatitis C virus, which plays a fundamental role in the entry of the virus into the host cell. This protein has been expressed in both prokaryotic and eukaryotic systems but in small quantities or without native protein characteristics. In our case, we use the Baculovirus expression system in insect cells. E2661 is secreted into the extracellular medium and purified by means of affinity chromatography a Ni-NTA-column because the ...
[摘要] 在该协议中，我们描述了丙型肝炎病毒的E2 661 包膜蛋白（氨基酸384-661）的胞外域的产生和纯化，其在病毒进入中起基础作用。 进入宿主细胞。 该蛋白质已经在原核和真核系统中表达，但是少量或没有天然蛋白质特征。 在我们的例子中，我们在昆虫细胞中使用杆状病毒表达系统。 E2 661 被分泌到细胞外培养基中并通过亲和层析Ni-NTA-柱纯化，因为该蛋白质在其氨基末端具有六个组氨酸的标签。 纯化的蛋白质具有天然样构象，并且大量生产，每升约5-6mg。
【背景】丙型肝炎病毒（HCV）是全世界慢性肝炎，肝硬化和肝细胞癌的主要原因（Major et al。，2001; Alter，2006）。此时，没有HCV疫苗，抗病毒药物用于治疗HCV感染（Imran et al。，2014）。然而，治疗费用昂贵且不是100％有效（Kohli et al。，2014）。 HCV包膜糖蛋白E2负责与细胞受体的相互作用，因此它是研究病毒感染周期的第一步的主要候选者。由于糖基化和聚集，先前的表达系统产生低水平的异质蛋白质，并且难以区分经历生产性和非生产性折叠的分子（Flint ...
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| Heterologous Expression and Purification of the Magnesium Transporter A (MgtA) in Escherichia coli
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Author:
Date:
2016-11-20
[Abstract] The magnesium transporter A (MgtA) is a magnesium transporting P-type ATPase present in prokaryotes and plants (Subramani et al., 2016). In Salmonella typhimurium and Escherichia coli (E. coli), MgtA is expressed only in magnesium limiting conditions and plays an important role in Mg2+ homeostasis (Groisman et al., 2013). The transcription of mgtA is regulated by the two-component system PhoP/PhoQ (Soncini et al., 1996; Kato et al., 1999). The membrane bound histidine kinase, PhoQ, senses low Mg2+ ...
[摘要] 镁转运蛋白A（MgtA）是存在于原核生物和植物中的镁转运P型ATP酶（Subramani等，2016）。在鼠伤寒沙门氏菌和大肠杆菌（Escherichia coli）（大肠杆菌）中，MgtA仅在镁限制条件下表达，并在Mg2 +稳态中起重要作用（Groisman等，2013）。 mgtA的转录由双组分系统PhoP / PhoQ（Soncini等人，1996; Kato等，1999）调节。膜结合的组氨酸激酶PhoQ感测周质空间中的低Mg2 +浓度，并磷酸化其启动mgtA转录的同源反应调节因子PhoP（Groisman等，2013）。通过将Mg2 +导入细胞质，MgtA靶向质膜并促进低Mg2 +条件下的细菌存活。矮牵牛的MgtA同源物（PH1）在液泡膜中发现，涉及花瓣的着色（Faraco等，2014）。作为理解MgtA Mg2 +转运的分子细节的第一步，我们描述了可用于生物化学和生物物理学研究的大肠杆菌MgtA的纯化的详细方案。在大肠杆菌DH5α中克隆了在N末端具有六氨基组氨酸标签的重组大肠杆菌MgtA，并在大肠杆菌C43（DE3）中通过发酵至OD> 6进行表达。细胞裂解在高压均化器并通过超速离心分离膜。用洗涤剂十二烷基-β-D麦芽糖苷溶解膜蛋白质。通过亲和力和尺寸排阻色谱纯化MgtA。纯化的MgtA的最终产量每3g湿细胞沉淀达到〜1mg MgtA。
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