| A Low-volume Hydroponic Protocol for Maize and A Sensitive Bud-length Assay for Root-to-Shoot Impacts of The Strigolactone Analog, rac-GR24
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Author:
Date:
2020-08-20
[Abstract] Hydroponic approaches have been a boon for root research by facilitating root-feeding studies as well as secretion analysis. Results have aided our understanding of root-shoot signaling, transport, hormone function and more. However, existing approaches are often restricted to small plants and seedlings by prohibitive cost or availability of experimental substrates. In addition to this, research on the hormone, strigolactone (SL) has been constrained in species like maize by a lack of specific assays for quantifying responses. Here a low-volume hydroponic approach was developed for growing ...
[摘要] [摘要 ] 通过促进根饲研究和分泌分析，水培方法已成为根研究的福音。结果有助于我们理解根射击信号，转运，激素功能等。然而，由于成本过高或实验底物的可获得性，现有方法通常仅限于小型植物和幼苗。除此之外，研究激素，独脚金（SL）已经在玉米等品种由于缺乏量化响应特定试验的限制。这里的低体积水培方法被用于玉米植物生长到3叶阶段（约2.5周和12厘米高的2开发第二LEA f领）使用4种植物和1升充气培养基。该协议还允许开发一种针对SL 类似物rac -GR24 的从根到芽影响的测定方法，该方法对玉米芽上侧芽的生长具有显着的，易于量化的影响。该协议的优势包括经济有效的简便性和精确度，可以量化从根到茎的SL 响应。此外，小体积水培方法可以很容易地用于玉米或其他高粱，C4草（如高粱，甘蔗和桔）的连续或脉冲型根饲研究，根标记实验和/或分泌物采样。
[背景 ] 的用于开发这里介绍的协议初始目的是量化的激素，根对枝条影响独脚金内酯（SL）在玉米中。推定松香内酯在该物种的驯化中起着核心作用，这是由于该激素对植物结构的贡献，以及因此对现代玉米的单茎形态造成的影响（关等人，2012 ）。为了解决这种可能性，需要一种系统，该系统将1 ）允许在这种大草种的初始营养生长期间进行根饲研究，2 ）最小化使用的SL 类似物的数量和成本（rac -GR24），以及3 ...
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| Dual-probe RNA FRET-FISH in Yeast
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Author:
Date:
2018-06-05
[Abstract] mRNA Fluorescence In Situ Hybridization (FISH) is a technique commonly used to profile the distribution of transcripts in cells. When combined with the common single molecule technique Fluorescence Resonance Energy Transfer (FRET), FISH can also be used to profile the co-expression of nearby sequences in the transcript to measure processes such as alternate initiation or splicing variation of the transcript. Unlike in a conventional FISH method using multiple probes to target a single transcript, FRET is limited to the use of two probes labeled with matched dyes and requires the use ...
[摘要] mRNA荧光原位杂交（FISH）是一种常用于分析细胞中转录物分布的技术。 当与常见的单分子技术荧光共振能量转移（FRET）相结合时，FISH也可用于分析转录本中附近序列的共表达以测量转录本的替代启动或剪接变异等过程。 与使用多个探针靶向单个转录物的常规FISH方法不同，FRET限于使用用匹配染料标记的两个探针，并且需要使用敏化发射。 任何能够灵敏地检测Cy3和Cy5单分子的宽视场显微镜应该能够测量酵母细胞中的FRET。 或者，可以使用FRET-FISH方法明确确定转录本的身份，而不使用其他FISH技术中使用的引导探针组。
【背景】单细胞转录物分布的定量通常通过用多个探针靶向mRNA来实现，以实现可以与非特异性结合的探针区分开的明亮信号（Raj和Tyagi，2010）。但是，在某些情况下，转录本上有特征，例如剪接变体或替代起始位点，这与常规FISH探针组无法区分。这些同种型序列可以具有短的50nt唯一识别序列。使用两种探针，可以使用FRET对定位结合的任一侧，同时定量多达三种mRNA同种型，例如，具有两种探针的同种型（FRET），具有探针1的同种型仅限于探针2的同种型。依赖于单个荧光团或荧光团对需要通过EMCCD进行灵敏检测。而且，可以使用FRET对（Wadsworth等人，2017）来估计没有其他同种型的序列的探针的检测效率。
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| Single-probe RNA FISH in Yeast
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Author:
Date:
2018-06-05
[Abstract] Quantitative profiling of mRNA expression is an important part of understanding the state of a cell. The technique of RNA Fluorescence In Situ Hybridization (FISH) involves targeting an RNA transcript with a set of 40 complementary fluorescently labeled DNA oligonucleotide probes. However, there are many circumstances such as transcripts shorter than 200 nt, splicing variations, or alternate initiation sites that create transcripts that would be indistinguishable to a set of multiple probes. To this end we adapted the standard FISH protocol to allow the use of a single probe with a ...
[摘要] mRNA表达的定量分析是理解细胞状态的重要部分。 RNA荧光原位杂交（FISH）技术涉及用一组40个互补的荧光标记的DNA寡核苷酸探针靶向RNA转录物。 然而，许多情况下，如转录本短于200 nt，剪接变异，或创建转录本的替代起始位点，这些转录本与一组多重探针无法区分。 为此，我们调整了标准FISH方案，以允许使用具有单个荧光团的单个探针来量化出芽酵母细胞内的转录物的量。 除了允许定量短转录本或转录本的短特征之外，该技术还降低了执行FISH的成本。
【背景】通过单分子荧光原位杂交（smFISH）可以精确定量单细胞转录谱。 该过程通过用多个荧光标记的DNA寡核苷酸探针靶向单个mRNA分子给出了良好的噪声信号（Raj和Tyagi，2010）。 使用该方案，不能检测到长度短于200个核苷酸的mRNA。 然而，在大多数实验中，绝对转录本拷贝数比相对拷贝数少。 为了检测短的转录物或序列，可以使用短的单个DNA寡核苷酸探针。 当使用单个荧光团计数mRNA时，单个探针的检测效率大于50％（Wadsworth等人，2017）。
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