| Native Co-immunoprecipitation Assay to Identify Interacting Partners of Chromatin-associated Proteins in Mammalian Cells
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Author:
Date:
2020-12-05
[Abstract] Protein-protein interactions play key roles in nuclear processes including transcription, replication, DNA damage repair, and recombination. Co-immunoprecipitation (Co-IP) followed by western blot or mass spectrometry is an invaluable approach to identify protein-protein interactions. One of the challenges in the Co-IP of a protein localized to nucleus is the extraction of nuclear proteins from sub-nuclear fractions without losing physiologically relevant protein interactions. Here we describe a protocol for native Co-IP, which was originally used to successfully identify previously known as ...
[摘要] [摘要]蛋白质间相互作用 在核过程中起关键作用，包括转录，复制，DNA损伤修复和重组。免疫共沉淀（Co-IP），然后进行蛋白质印迹或质谱分析是鉴定蛋白质-蛋白质相互作用的宝贵方法。在Co-IP中定位于细胞核的蛋白质中的挑战之一是从亚核级分中提取核蛋白质，而又不会失去生理上相关的蛋白质相互作用。在这里，我们描述了一种用于天然Co-IP的协议，该协议最初用于成功地识别以前称为新拓扑拓扑异构酶1（TOP1）相互作用的蛋白质。在此协议中，我们首先通过依次增加去污剂和盐浓度来提取核蛋白，然后将提取的级分稀释，合并并用于Co-IP。该协议可用于鉴定多种哺乳动物细胞中其他染色质相关蛋白的蛋白相互作用组。
背景]钴- IP被广泛地被使用，以解开的错综复杂的关系之间的蛋白复合物和各种染色质交易期间的复制，转录，和基因组的维护。但是，它是具有挑战性的，以保持不稳定的蛋白质-蛋白质相互作用的完整过程中提取，免疫沉淀和一个共同的IP实验的洗涤步骤。稳定不稳定蛋白质相互作用的一种方法是在细胞裂解之前用细胞可渗透的可逆化学交联剂（例如丙酸二硫代双琥珀酰亚胺酯）处理细胞（Smith等人，2011）。由于该方法伴随着诸如提取效率低和非特异性蛋白质捕获之类的缺点，因此优选不交联的Co-IP（天然IP）。
一核蛋白质可以被分配到不同的子-核舱或染色质区域是需要不同程度的严格性为它的提取和溶解。对于例如，TOP ...
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| Quantifying Podocytes and Parietal Epithelial Cells in Human Urine Using Liquid-based Cytology and WT1 Immunoenzyme Staining
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Author:
Date:
2018-05-05
[Abstract] In glomerular disease, podocytes and parietal epithelial cells (PECs) are shed in the urine. Therefore, urinary podocytes and PECs are noninvasive biomarkers of glomerular disease. The purpose of this protocol is to employ immunocytochemistry to detect podocytes and PECs, using the WT1 antibody on liquid-based cytology slides.
[摘要] 在肾小球疾病中，足细胞和顶壁上皮细胞（PEC）在尿中脱落。 因此，尿足细胞和PECs是肾小球疾病的非侵入性生物标志物。 该协议的目的是使用免疫细胞化学来检测足细胞和PEC，在液基细胞学载玻片上使用WT1抗体。
【背景】足细胞排列在肾小球毛细血管的外部，因此面对鲍曼氏囊和初级尿。在肾小球损伤中，足细胞可能从肾小球基底膜脱落。足细胞的脱落及其在尿液中的脱落与肾小球疾病和月牙形成的进展有关。顶壁上皮细胞（PECs）覆盖鲍曼囊的内部。与足细胞类似，已经报道了在活动性肾小球疾病期间PEC对WT1呈阳性，增殖并在尿中脱落（Zhang等人，2012; Fujita等人 >，2017）。
先前的研究已经显示了尿足细胞和PECs的数量与各种类型的肾小球疾病之间的关系（Hara等人，1998; Nakamura等人，2000; Achenbach ，2008）。上述引用的研究使用常规方法（直接涂片和细胞离心涂片）来制备尿样。然而，这些常规方法具有常见问题，包括风干效应和在细胞离心和固定过程期间显着细胞损失的可能性。另外，传统方法的标准化和定量评估是困难的。虽然以前大多数研究使用免疫荧光染色与podocalyxin抗体，但由于特异性抗原和荧光显微镜的要求，这种方法在中小医院很难实现。
有用的尿生物标志物检测应该容易实施，并且对标准化样品制备和免疫细胞化学的要求最低。因此，我们设计了一种通过结合液基细胞学，WT1抗体和免疫酶染色来检测足细胞和PEC的方法。由于其更好的细胞保存和更高的细胞回收率，SurePath ...
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| Determination of D-galactofuranose Content of Galactomannoproteins in Aspergillus nidulans
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Author:
Date:
2014-09-05
[Abstract] Galactofuranose (Galf) is a component of several polysaccharides and glycoconjugates in certain species of filamentous fungi. Galf residues are frequently found in Aspergillus glycoproteins, including N-glycans and O-mannose glycans that modify many cell wall proteins and extracellular enzymes. It is known that furanoses, contained in oligosaccharides, are detected as pyranoses after hydrolysis, and that D-galactopyranose is not contained in the galactomannoproteins of Aspergillus spp. To determine the levels of D-galactofuranose in ...
[摘要] 半乳糖呋喃糖（Galactofuranose）（Gal ff）是某些种类的丝状真菌中几种多糖和糖缀合物的组分。 Gal< em>残基经常在曲霉属糖蛋白中发现，包括修饰许多蛋白质的聚糖和 细胞壁蛋白和细胞外酶。 已知包含在寡糖中的呋喃糖在水解后被检测为吡喃糖，并且D-吡喃半乳糖不包含在曲霉属的半乳糖蛋白中。 为了测定从构巢曲霉（构巢曲霉）提取的半乳糖蛋白中的D-半乳糖呋喃糖的水平，我们测量了半乳糖蛋白水解后D-吡喃半乳糖产生的量。 该手稿中描述的方法允许确定曲霉属中半乳糖甘露糖蛋白的D-半乳糖呋喃糖含量。
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