| NMR waterLOGSY as An Assay in Drug Development Programmes for Detecting Protein-Ligand Interactions–NMR waterLOGSY
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Author:
Date:
2020-07-05
[Abstract] In drug development programmes, multiple assays are needed for the determination of protein-compound interactions and evaluation of potential use in assays with protein-protein interactions. In this protocol we describe the waterLOGSY NMR method for confirming protein-ligand binding events.
[摘要] [摘要] 在药物开发计划中，需要多种测定方法来测定蛋白质与化合物的相互作用，并评估在蛋白质与蛋白质相互作用中的潜在用途。在此协议中，我们描述了用于确认蛋白质-配体结合事件的waterLOGSY NMR方法。
[背景] 随着在疾病细胞中发现更多的蛋白质形式变化，药物发现计划不断增加，这些计划依赖于使用小分子文库对目标蛋白质进行初步筛选，然后进行进一步的药物化学运动以增加所散发的化学物质的效力。从屏幕上。经过初步筛选后，出现了一系列正交分析，这些化学分析有助于验证命中的化学物质，并可以对化合物进行分层，以选择最佳化合物以进入命中领先阶段，进而进行前导优化。在这些测定法是基于NMR的水大号igand ö 经由bserved ģ radient 小号pectroscop ý （waterLOGSY ）方法（Dalvit 等人，2000和2001） 。waterLOGSY 是用于检测配体的结合是特别有用的互相作用相对弱与靶蛋白（即，在μM解离常数为低毫范围），如所预期的要与初始命中从一个大的化学或片段库相关联药物化学之前先进行筛分（Lepre，2011），以提高药效和类似药物的性能。
WaterLOGSY 如何工作
该waterLOGSY 方法利用1个小分子的1 H ...
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| Conjugation Protocol Optimised for Roseburia inulinivorans and Eubacterium rectale
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Author:
Date:
2020-04-05
[Abstract] Roseburia and Eubacterium species of the human gut microbiota play an important role in the maintaince of human health, partly by producing butyrate, the main energy source of our colonic epithelial cells. However, our knowledge of the biochemistry and physiology of these bacteria has been limited by a lack of genetic manipulation techniques. Conjugative transposons previously introduced into Roseburia species could not be easily modified, greatly limiting their applicability as genetic modification platforms. Modular plasmid shuttle vectors have previously been ...
[摘要] [摘要 ] 人体肠道菌群中的玫瑰菌属和真细菌属在维持人类健康中起着重要作用，部分原因是产生丁酸盐，这是我们结肠上皮细胞的主要能源。但是，由于缺乏基因操作技术，我们对这些细菌的生物化学和生理学的认识受到限制。先前引入玫瑰花属物种的共轭转座子不容易被修饰，极大地限制了它们作为基因修饰平台的适用性。MOD ular质粒穿梭载体先前已经开发了用于梭菌物种，其与共享一个分类次序ř oseburia 和真杆菌，提高这些矢量可以在这些生物体中使用的可能性。在这里，我们描述了一种优化缀合协议使得能够自主复制的质粒的从转印大肠杆菌供体菌株为罗斯氏inulinivorans 和真杆菌rectale 。质粒的模块性质及其通过自主复制在受体细菌中得以维持的能力使其成为研究异源基因表达的理想之选，并成为其他遗传工具（包括反义RNA沉默或II 型移动子中断子基因破坏策略）的平台。
[背景 ] 玫瑰菌和真细菌属人类肠道菌群中含量最高的细菌（Zhernakova 等，2016），它们通过利用饮食和宿主衍生的多糖影响人类健康（Scott 等，2006和2011； Cockburn 等） 。，2015 ; 谢里登等人，2016 ）并产生促进健康的代谢物丁酸作为发酵终产物（邓肯等人，2002和2006） 。另外，这些物种能够通过鞭毛调节宿主免疫（Neville ...
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| Imaging Cytokine Concentration Fields Using PlaneView Imaging Devices
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Author:
Date:
2018-04-05
[Abstract] We describe here a method to visualize concentration fields of cytokines around cytokine-secreting cells. The main challenge is that physiological cytokine concentrations can be very low, in the pico-molar range. Since it is currently impossible to measure such concentrations directly, we rely on cell’s response to the cytokines–the phosphorylation of a transcription factor–that can be visualized through antibody staining. Our devices aim at mimicking conditions in dense tissues, such as lymph nodes. A small number of secreting cells is deposited on a polylysine-coated glass and covered by ...
[摘要] 我们在这里描述了一种可视化细胞因子分泌细胞周围细胞因子浓度场的方法。主要挑战是生理细胞因子浓度可能非常低，在微摩尔浓度范围内。由于目前不可能直接测量这样的浓度，我们依赖于细胞对细胞因子的反应 - 转录因子的磷酸化 - 可以通过抗体染色显现。我们的设备旨在模仿密集组织中的条件，如淋巴结。少数分泌细胞沉积在聚赖氨酸包被的玻璃上并被多层细胞因子消耗覆盖。将细胞连通1小时，之后去除顶层，并且细胞的底层被抗体标记为对细胞因子的应答。然后通过标准荧光显微镜观察细胞因子场的横截面。这篇手稿总结了我们的方法，以量化密集细胞体外细胞因子介导的细胞间通讯的程度。
【背景】哺乳动物的免疫系统已经发展到能够识别和限制潜在病原体的传播，同时使由免疫系统本身造成的附带组织损伤最小化。为了实现这一点，免疫细胞依赖细胞因子介质网络，这些细胞因子介质能够进行细胞间通讯并广播关于致病性侮辱的大小和性质的信息。大量不同细胞因子与其同源受体强烈结合，通常在纳摩尔或皮摩尔范围内具有特征性结合亲和力。通过细胞因子通讯产生免疫龛。例如，在骨髓和胸腺中，通过基质细胞分泌的白细胞介素-7（IL-7）分别支持增殖的B细胞和T细胞祖细胞的存活（Tokoyoda et al。， 2004; Alves等人，2009）。细胞因子生态位的大小控制成熟祖细胞的数量，从而保持血细胞区室平衡（Böyum，1968; ...
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