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Author:
Date:
2018-09-20
[Abstract] Salmonella is a Gram-negative bacterium causing a gastro-enteric disease called salmonellosis. During the first phase of infection, Salmonella uses its flagella to swim near the surface of the epithelial cells and to target specific site of infection. In order to study the selection criteria that determine which host cells are targeted by the pathogen, and to analyze the relation between infecting Salmonella (i.e., cooperation or competition), we have established a high-throughput microscopic assay of HeLa cells sequentially infected with fluorescent ...
[摘要] 沙门氏菌是革兰氏阴性细菌，引起称为沙门氏菌病的胃肠疾病。在感染的第一阶段，沙门氏菌使用其鞭毛在上皮细胞表面附近游泳并靶向特定的感染部位。为了研究确定哪种宿主细胞被病原体靶向的选择标准，并分析感染沙门氏菌（ ie ，合作或竞争）之间的关系，我们有建立了对荧光细菌依次感染的HeLa细胞的高通量显微镜检测。使用自动化图像分析管道，我们定量表征了感染和未感染细胞的众多参数。基于此，我们建立了一个预测模型，使我们能够识别宿主细胞易受感染的参数。我们发现宿主细胞易损性有两个来源：病原体诱导的细胞易感性从沙门氏菌摄取中出现并持续存在于感染过程的后期阶段;以及与细胞固有属性相关的宿主细胞固有的脆弱性，例如局部细胞拥挤和胆固醇含量。我们的方法基于形态学或分子宿主细胞参数预测单层上皮细胞中沙门氏菌感染的概率。在这里，我们提供了工作流程的详细描述，包括基于计算机的分析管道。我们的方法有可能应用于研究宿主 - 病原体相互作用的其他组合。
【背景】鼠伤寒沙门氏菌血清型鼠伤寒沙门氏菌通过摄入受污染的食物或水感染宿主，引起沙门氏菌病。一旦细菌到达肠道的远端回肠，它们就会侵入广泛的宿主细胞，包括肠上皮细胞（Watson和Holden，2010）。在宿主细胞入侵的第一阶段，沙门氏菌选择其目标，使用其鞭毛游泳并扫描上皮表面（Misselwitz et ...
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Author:
Date:
2017-12-05
[Abstract] In studies of brain function, it is essential to understand the underlying neuro-architecture. Very young zebrafish larvae are widely used for neuroarchitecture studies, due to their size and natural transparency. However, this model system has several limitations, due to the immaturity, high rates of development and limited behavioral repertoire of the animals used.
We describe here a modified version of the passive clearing technique (PACT) (Chung et al., 2013; Tomer et al., 2014; Yang et al., 2014; Treweek et al., 2015), which facilitates ...
[摘要] 在脑功能研究中，了解潜在的神经结构是至关重要的。非常年轻的斑马鱼幼虫被广泛用于神经构造研究，由于它们的大小和自然透明度。然而，这个模型系统有一些局限性，由于使用的动物不成熟，发育率高，行为表现有限。
我们在这里描述了被动清除技术（PACT）的改进版本（Chung等人，2013; Tomer等人，2014; Yang等人， ，2014; Treweek et。，2015），这有助于大型水生物种标本的神经解剖学研究。这种方法最初是为斑马鱼（2017年）开发的（ Danio rerio ）（2017年;Frétaud等人，2017年; Mayrhofer等人，2017年; Xavier “）等人，2017），但也已经成功地在其他鱼类上进行了测试，如鲭鱼（Oryzias latipes ）（Dambroise et al。，2017 ），墨西哥洞穴鱼（ Astyanax mexicaus ）和非洲斑马鱼（metriaclima zebra ）以及其他水生物种，如非洲爪蟾属。 （非洲爪蟾热带非洲爪蟾）（Fini等人，2017）。该协议基于由Deisseroth实验室等开发和修改的CLARITY方法（Chung等人，2013; Tomer等人，2014; Yang等人，2014），适用于水生物种，特别是斑马鱼（zPACT）。
该协议旨在通过在聚丙烯酰胺/甲醛网状物中交联来保持组织的整体结构，使斑马鱼标本光学透明。然后通过SDS处理除去存在于样品中的大部分脂质，通过消除导致不透明的水/脂质界面处的光散射来均化样品的折射率。最后的清除步骤包括将样品在基于果糖的固定介质（衍生自SeeDB）（Ke等人，2013）中孵育，其折射率与物镜的折射率相匹配的显微镜。该技术与使用绿色荧光蛋白（GFP）在特定细胞群体中表达的转基因斑马鱼的组合提供了描述其他技术不可见的解剖细节的机会。 ...
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