| Tethered Chromosome Conformation Capture Sequencing in Triticeae: A Valuable Tool for Genome Assembly
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Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract] Chromosome conformation capture sequencing (Hi-C) is a powerful method to comprehensively interrogate the three-dimensional positioning of chromatin in the nucleus. The development of Hi-C can be traced back to successive increases in the resolution and throughput of chromosome conformation capture (3C) (Dekker et al., 2002). The basic workflow of 3C consists of (i) fixation of intact chromatin, usually by formaldehyde, (ii) cutting the fixed chromatin with a restriction enzyme, (iii) religation of sticky ends under diluted conditions to favor ligations between cross-linked fragments ...
[摘要] 染色体构象捕获测序（Hi-C）是一种全面询问细胞核中染色质三维定位的有效方法。 Hi-C的发展可以追溯到染色体构象捕获的分辨率和通量的连续增加（3C）（Dekker et al。，2002）。 3C的基本工作流程包括（i）通常用甲醛固定完整的染色质，（ii）用限制酶切割固定的染色质，（iii）在稀释条件下重新连接粘性末端，以促进交联片段之间的连接或随机片段之间的那些和（iv）量化基因组基因座对之间的连接事件的数量（de Wit和de Laat，2012）。在最初的3C方案中，通过半定量PCR扩增对应于少量基因组位点（“一对一”）的选定连接接头来测量连接频率（Dekker et al。，2002 ）。然后，染色体构象捕获芯片（4C）和染色体构象捕获碳复制（5C）技术扩展3C以分别以“一对多”或“多对多”方式计算结扎事件。 Hi-C（Lieberman-Aiden et al。，2009）最终将3C与下一代测序相结合（Metzker，2010）。此处，在再连接之前，用生物素标记的核苷酸类似物填充粘性末端以在后续步骤中富集具有连接连接的片段。然后对Hi-C文库进行高通量测序，并将得到的读数映射到参考基因组，允许以“多对多”方式确定接触概率，其分辨率仅受限制性位点的分布限制和阅读深度。 Hi-C的首次应用是阐明人类基因组中的全球染色质折叠原理（Lieberman-Aiden et ...
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| Isolation and Purification of Viruses Infecting Cyanobacteria Using a Liquid Bioassay Approach
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Author:
Date:
2018-01-20
[Abstract] The following protocol describes the isolation and purification of viruses infecting cyanobacteria using a liquid bioassay approach. Viruses infecting cyanobacteria are also known as cyanophages. This protocol was written specifically for the isolation of cyanophages infecting freshwater cyanobacteria particularly, cyanobacteria that cannot be cultured on solid media. The use of a clonal cyanobacterial culture is recommended for the isolation of viruses. Growth conditions (i.e., media, light cycle and temperature) should be modified based on the host of interest.
[摘要] 以下方案描述了使用液体生物测定方法分离和纯化感染蓝细菌的病毒。 感染蓝细菌的病毒也被称为噬藻体。 本协议是专门为分离感染淡水蓝藻的蓝藻，特别是不能在固体培养基上培养的蓝细菌而编写的。 推荐使用克隆蓝藻培养物来分离病毒。 生长条件（即，介质，光周期和温度）应根据感兴趣的主体进行修改。
【背景】蓝藻是海洋和淡水系统中重要的营养生物。作为其他的水生微生物，蓝藻受到病毒感染（Suttle，2000）。例如，在海洋沿海地区，感染聚球蓝细菌的病毒滴度。 （Suttle和Chan，1993; Waterbury和Valois，1993），可以达到10-5 ml-1，并且基于温度，盐度和宿主丰度而不同。尽管蓝细菌及其病毒（也称为“蓝藻”）具有生态重要性，但只有少数病毒已经从有限的蓝藻菌株中分离出来。因此，通过筛选新的蓝藻菌株来分离新病毒是非常有意义的。以下议定书对于海洋和淡水系统都是相关的，但下面的例子将重点讨论分离和纯化感染淡水蓝藻的病毒（Chénardet al。，2015）。液体生物测定方法优于使用固体基质的公开方案的优点是可以靶向无法耐受噬菌斑测定方法经常使用的较高温度或不能在固体培养基上生长的蓝细菌。
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