| Isolation of Intact Vacuoles from Petunia Petals and Extraction of Sequestered Glycosylated Phenylpropanoid Compounds
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Author:
Date:
2018-07-05
[Abstract] Plant vacuoles are the largest compartment in plant cells, occupying more than 80% of the cell volume. A variety of proteins, sugars, pigments and other metabolites are stored in these organelles (Paris et al., 1996; Olbrich et al., 2007). Flowers produce a variety of specialized metabolites, some of which are unique to this organ, such as components of pollination syndromes, i.e., scent volatiles and flavonoids (Hoballah et al., 2007; Cna'ani et al., 2015). To study the compounds stored in floral vacuoles, this compartment must be separated from ...
[摘要] 植物液泡是植物细胞中最大的隔室，占细胞体积的80％以上。各种蛋白质，糖，色素和其他代谢物存储在这些细胞器中（Paris et al。，1996; Olbrich et al。，2007）。花产生多种特殊代谢物，其中一些是该器官特有的，如授粉综合征的成分， ie ，气味挥发物和黄酮类化合物（Hoballah et al。， 2007; Cna'ani et al。，2015）。为了研究存储在花液泡中的化合物，必须将该隔室与细胞的其余部分分开。为了能够分离液泡，首先通过将刺穿的花冠与纤维素酶和macrozyme酶一起孵育来产生原生质体。在过滤和几个离心步骤后，通过显微镜观察显示原生质体与碎片和受损/破裂的原生质体分离。裂解浓缩的原生质体，并通过Ficoll梯度离心提取液泡。 Vacuoles用于隔离代谢物的定量GC-MS分析。这种方法使我们能够将空泡识别为糖基化挥发性苯丙酸类的亚细胞聚集位点，并假设共轭气味化合物在通向顶空的途径中被隔离（Cna'ani et al。，2017） 。
【背景】植物空泡占植物细胞中细胞体积的80％。这些细胞器对植物生长和发育至关重要，在整个植物的生命中具有不同的功能。 ...
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| Analysis of Metals in Whole Cells, Thylakoids and Photosynthetic Protein Complexes in Synechocystis sp. PCC6803
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Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract] Metals are essential in many biological processes, including oxygenic photosynthesis. Here we described a method to measure the metal pool in whole cells and thylakoids, including the bioactive pool in intact photosynthetic protein complexes in the model oxygenic cyanobacterium Synechocystis PCC6803. In the first part of the protocol, whole cells and thylakoid membranes are carefully prepared, in which the total metal concentrations are measured by inductively coupled plasma triple-quadrupole mass spectrometry (ICP-QQQ-MS). In the second part of the protocol, isolated thylakoids are ...
[摘要] 金属在许多生物过程中是必不可少的，包括含氧光合作用。 在这里我们描述了测量全细胞和类囊体中金属库的方法，包括模型含氧蓝藻PCH6803中完整光合蛋白复合体中的生物活性库。 在方案的第一部分中，仔细制备全细胞和类囊体膜，其中通过电感耦合等离子体三重四极杆质谱（ICP-MS / MS）测量总金属浓度。 在该方案的第二部分，分离的类囊体被溶解以释放完整的膜蛋白和金属结合蛋白复合物。 将这些完整的光合蛋白复合物进行尺寸排阻色谱（SEC），并通过ICP-MS / MS进行连接分析尺寸分离的复合物中的金属结合。
【背景】氧光合作用的过程需要金属，因为它们在光合电子传递链中作为辅因子和催化剂的基本功能。光合装置需要Fe-S簇，血红素桥Fe和非血红素Fe形式的铁（Fe），可溶性移动电子载体蛋白质质体蓝素中的铜（Cu），叶绿素中的镁（Mg）， ...
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| Extraction and Analysis of Pan-metabolome Polar Metabolites by Ultra Performance Liquid Chromatography–Tandem Mass Spectrometry (UPLC-MS/MS)
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Author:
Date:
2018-02-05
[Abstract] Modern triple quadrupole mass spectrometers provide the ability to detect and quantify a large number of metabolites using tandem mass spectrometry (MS/MS). Liquid chromatography (LC) is advantageous, as it does not require derivatization procedures and a large diversity in physiochemical characteristics of analytes can be accommodated through a variety of column chemistries. Recently, the comprehensive optimization of LC-MS metabolomics using design of experiments (COLMeD) approach has been described and used by our group to develop robust LC-MS workflows (Rhoades and Weljie, 2016). The ...
[摘要] 现代三重四极杆质谱仪提供检测和定量大量使用串联质谱（MS / MS）的代谢物的能力。液相色谱（LC）是有利的，因为它不需要大量的生理化学特性。近日，采用的实验（Colmed）的方式设计LC-MS代谢组的全面优化已经被描述和使用我们集团发展稳健的LC-MS工作流程（罗兹和Weljie，2016）。优化的LC-MS / MS方法已被广泛应用于极性代谢物的代谢组学分析。典型地，组织或生物流体样品使用经修饰的Bligh-Dyer的协议萃取（Bligh和Dyer的，1959; Tambellini 等人，2013年）。在此描述的方案使用靶向极性代谢物从通过超高效液相色谱 - 串联质谱法（UPLC-MS / MS）的组织和生物流体多反应监测（MRM）描述的工作流程。此工作流已被广泛用于chronometabolic分析（Krishnaiah 等人，第二千〇十七）中，用推广到其他类型的分析，以及应用程序（森古普塔等人 2017。 Sivanand等人，2017）。
【背景】质谱（MS）和核磁共振（NMR）（Liu和Locasale，2017）。虽然核磁共振和质谱是代谢组学的重要工具，但质谱可以更灵敏地分析样品（Liu and Locasale，2017）。在质谱法中，有多种方法可用，但是需要快速方法来描述全球代谢组学（Lv et ...
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