| High Dimensional Functionomic Analysis of Human Hematopoietic Stem and Progenitor Cells at a Single Cell Level
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Author:
Date:
2018-05-20
[Abstract] The ability to conduct investigation of cellular transcription, signaling, and function at the single-cell level has opened opportunities to examine heterogeneous populations at unprecedented resolutions. Although methods have been developed to evaluate high-dimensional transcriptomic and proteomic data (relating to cellular mRNA and protein), there has not been a method to evaluate corresponding high-dimensional functionomic data (relating to cellular functions) from single cells. Here, we present a protocol to quantitatively measure the differentiation potentials of single human ...
[摘要] 在单细胞水平进行细胞转录，信号传导和功能调查的能力为以前所未有的决议研究异质人群开启了机会。 尽管已经开发了评估高维转录组学和蛋白质组学数据（与细胞mRNA和蛋白质有关）的方法，但尚未有方法从单个细胞评估相应的高维功能组学数据（与细胞功能有关）。 在这里，我们提出了一种方案来定量测量单个人造血干细胞和祖细胞的分化潜能，然后根据这些测量结果聚集细胞。 细胞电位的高维功能组分析允许细胞功能与相同祖细胞群体内的分子机制相关联。
【背景】单细胞水平的细胞转录，信号传导和功能单细胞测量技术的发展，以及流式细胞仪等先前存在的技术的发展，使得新镜头能够检测复杂的异质群体。这些方法产生大量数据，这可以借助于降维算法来解释，如使用Mpath，Monocole，PCA，Wishbone或扩散图算法在单细胞RNA-Seq上所示的（Paul等， 2016年;参见 et al。，2017），以及使用tSNE或PhenoGraph的CyTOF（Amir et al。，2013; Levine et al 。，2015）。
我们开发了这个协议，以允许在单细胞环境中对造血祖细胞的大规模培养物进行功能分析和随后的降维。在这个协议中，我们描述了在细胞因子的基质细胞培养物中培养人CD34 ...
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| Cobblestone Area-forming Cell Assay of Mouse Bone Marrow Hematopoietic Stem Cells
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Author:
Date:
2018-05-05
[Abstract] Bone Marrow Hematopoietic Stem Cells (HSCs) require bone marrow microenvironment for their maintenance and proliferation. Culture of Bone Marrow Mesenchymal Stromal Cells (MSCs) provides appropriate environmental signals for HSCs survival in vitro. Here, we provide a detailed protocol that describes culture conditions for MSCs, flow cytometric isolation of HSCs from mouse bone marrow, and perform co-culture of MSCs and HSCs known as Cobblestone area-forming cell (CAFC) assay. Altogether, CAFC assays can be used as a high-throughput in vitro screening model where efforts are ...
[摘要] 骨髓造血干细胞（HSC）需要骨髓微环境来维持和增殖。 骨髓间充质基质细胞（MSC）的培养为体外HSC存活提供适当的环境信号。 在这里，我们提供了描述MSCs培养条件的详细方案，从小鼠骨髓中流式细胞术分离HSCs，并进行称为鹅卵石区域形成细胞（CAFC）分析的MSC和HSC的共培养。 总而言之，CAFC分析可用作高通量体外筛选模型，其中努力了解和开发复杂骨髓疾病的治疗方法。 该方案需要培养MSC，分离LSK细胞（HSC）和执行有限稀释CAFC测定3至4周。
【背景】HSC的增殖，存活和分化潜力非常依赖于其微环境，也被称为小生境。骨髓MSC支持HSC以使其在骨髓龛中保持静止状态。由生态位接收的内在和外在信号有助于将HSC分化为也称为造血的成熟血细胞谱系，而不诱导异常扩增（Yoshihara等人，2007; Spindler等人 ，2014; Hu等人，2016）。鹅卵石区域形成细胞试验（CAFC试验）是长期骨髓HSC和MSC的体外共培养试验。当培养MSC在组织培养皿中完成融合时，将HSC铺在MSC上（de Haan和Ploemacher，2002）。 CAFC测定与骨髓的体内研究相当，并且可用作快速筛选测定以测试HSC的干细胞活性和MSC的支持活性（Ploemacher等人， ...
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| Quantifying Podocytes and Parietal Epithelial Cells in Human Urine Using Liquid-based Cytology and WT1 Immunoenzyme Staining
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Author:
Date:
2018-05-05
[Abstract] In glomerular disease, podocytes and parietal epithelial cells (PECs) are shed in the urine. Therefore, urinary podocytes and PECs are noninvasive biomarkers of glomerular disease. The purpose of this protocol is to employ immunocytochemistry to detect podocytes and PECs, using the WT1 antibody on liquid-based cytology slides.
[摘要] 在肾小球疾病中，足细胞和顶壁上皮细胞（PEC）在尿中脱落。 因此，尿足细胞和PECs是肾小球疾病的非侵入性生物标志物。 该协议的目的是使用免疫细胞化学来检测足细胞和PEC，在液基细胞学载玻片上使用WT1抗体。
【背景】足细胞排列在肾小球毛细血管的外部，因此面对鲍曼氏囊和初级尿。在肾小球损伤中，足细胞可能从肾小球基底膜脱落。足细胞的脱落及其在尿液中的脱落与肾小球疾病和月牙形成的进展有关。顶壁上皮细胞（PECs）覆盖鲍曼囊的内部。与足细胞类似，已经报道了在活动性肾小球疾病期间PEC对WT1呈阳性，增殖并在尿中脱落（Zhang等人，2012; Fujita等人 >，2017）。
先前的研究已经显示了尿足细胞和PECs的数量与各种类型的肾小球疾病之间的关系（Hara等人，1998; Nakamura等人，2000; Achenbach ，2008）。上述引用的研究使用常规方法（直接涂片和细胞离心涂片）来制备尿样。然而，这些常规方法具有常见问题，包括风干效应和在细胞离心和固定过程期间显着细胞损失的可能性。另外，传统方法的标准化和定量评估是困难的。虽然以前大多数研究使用免疫荧光染色与podocalyxin抗体，但由于特异性抗原和荧光显微镜的要求，这种方法在中小医院很难实现。
有用的尿生物标志物检测应该容易实施，并且对标准化样品制备和免疫细胞化学的要求最低。因此，我们设计了一种通过结合液基细胞学，WT1抗体和免疫酶染色来检测足细胞和PEC的方法。由于其更好的细胞保存和更高的细胞回收率，SurePath ...
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