| Modeling NOTCH1 driven T-cell Acute Lymphoblastic Leukemia in Mice
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Author:
Date:
2020-05-20
[Abstract] T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL) is an aggressive hematological malignancy that arises from transformation of T-cell primed hematopoietic progenitors. Although T-ALL is a heterogenous and molecularly complex disease, more than 65% of T-ALL patients carry activating mutations in the NOTCH1 gene. The majority of T-ALL–associated NOTCH1 mutations either disrupt the negative regulatory region, allowing signal activation in the absence of ligand binding, or result in truncation of the C-terminal PEST domain involved in the termination of NOTCH1 signaling by ...
[摘要] [摘要 ] T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）是一种侵袭性血液恶性肿瘤，其起源于T细胞引发的造血祖细胞的转化。尽管T-ALL是一种异质且分子复杂的疾病，但超过65％的T-ALL患者在NOTCH1 基因中带有激活突变。大多数与T-ALL相关的NOTCH1 突变要么破坏负调控区，允许在没有配体结合的情况下激活信号，要么导致蛋白酶体降解终止NOTCH1信号终止所涉及的C末端PEST域被截短。迄今为止，逆转录病毒转导模型在很大程度上依赖于侵袭性截短的变种的过度表达。 NOTCH1 （例如ICN1或ΔE-NOTCH1）可导致信号传导的超生理水平，并且在人类T-ALL中很少见。当前方案描述了小鼠骨髓分离，造血干细胞和祖细胞（HSC）富集，然后逆转录病毒转导的致癌突变体形式的NOTCH1受体（NOTCH1-L1601P-ΔP）的方法，该方法与获功能突变最常见于患者样品中。组成型活性NOTCH1的这种强制表达的标志是胸腺外未成熟T细胞发育的瞬时波，此波在致癌性转化为T-ALL之前。此外，该方法通过允许白血病细胞与微环境之间的串扰来模拟体内白血病的转化和进展，这是基于细胞系的体外研究无法解释的一个方面。因此，HSC转导和移植模型更真实地概括了人类疾病的发展，为进一步的体内和离体功能研究提供了高度全面和通用的工具。
[背景 ] ...
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| Tethered Chromosome Conformation Capture Sequencing in Triticeae: A Valuable Tool for Genome Assembly
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Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract] Chromosome conformation capture sequencing (Hi-C) is a powerful method to comprehensively interrogate the three-dimensional positioning of chromatin in the nucleus. The development of Hi-C can be traced back to successive increases in the resolution and throughput of chromosome conformation capture (3C) (Dekker et al., 2002). The basic workflow of 3C consists of (i) fixation of intact chromatin, usually by formaldehyde, (ii) cutting the fixed chromatin with a restriction enzyme, (iii) religation of sticky ends under diluted conditions to favor ligations between cross-linked fragments ...
[摘要] 染色体构象捕获测序（Hi-C）是一种全面询问细胞核中染色质三维定位的有效方法。 Hi-C的发展可以追溯到染色体构象捕获的分辨率和通量的连续增加（3C）（Dekker et al。，2002）。 3C的基本工作流程包括（i）通常用甲醛固定完整的染色质，（ii）用限制酶切割固定的染色质，（iii）在稀释条件下重新连接粘性末端，以促进交联片段之间的连接或随机片段之间的那些和（iv）量化基因组基因座对之间的连接事件的数量（de Wit和de Laat，2012）。在最初的3C方案中，通过半定量PCR扩增对应于少量基因组位点（“一对一”）的选定连接接头来测量连接频率（Dekker et al。，2002 ）。然后，染色体构象捕获芯片（4C）和染色体构象捕获碳复制（5C）技术扩展3C以分别以“一对多”或“多对多”方式计算结扎事件。 Hi-C（Lieberman-Aiden et al。，2009）最终将3C与下一代测序相结合（Metzker，2010）。此处，在再连接之前，用生物素标记的核苷酸类似物填充粘性末端以在后续步骤中富集具有连接连接的片段。然后对Hi-C文库进行高通量测序，并将得到的读数映射到参考基因组，允许以“多对多”方式确定接触概率，其分辨率仅受限制性位点的分布限制和阅读深度。 Hi-C的首次应用是阐明人类基因组中的全球染色质折叠原理（Lieberman-Aiden et ...
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| Enhancement of Mucus Production in Eukaryotic Cells and Quantification of Adherent Mucus by ELISA
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Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract] The mucosal surfaces of the gastrointestinal, respiratory, reproductive, and urinary tracts, and the surface of the eye harbor a resident microflora that lives in symbiosis with their host and forms a complex ecosystem. The protection of the vulnerable epithelium is primarily achieved by mucins that form a gel-like structure adherent to the apical cell surface. This mucus layer constitutes a physical and chemical barrier between the microbial flora and the underlying epithelium. Mucus is critical to the maintenance of a homeostatic relationship between the microbiota and its host. Subtle ...
[摘要] 胃肠道，呼吸道，生殖道和泌尿道的粘膜表面以及眼睛表面都有一个居住的微生物群落，它们与宿主共生并形成一个复杂的生态系统。脆弱的上皮细胞的保护主要通过形成附着于顶端细胞表面的凝胶样结构的粘蛋白实现。该粘液层构成了微生物菌群和下层上皮之间的物理和化学屏障。粘液对维持微生物群与宿主之间的稳态关系至关重要。与这种动态互动的细微差异可能会对健康产生重大影响。本文中的方案描述了生长低粘液产生HT29和高粘液产生HT29-MTX-E12细胞的程序，维持细胞并通过ELISA将其用于粘液定量。此外，还介绍了如何评估分泌黏液的数量。该系统可用于研究粘液对抗细菌毒素的保护作用，例如测试不同培养条件对粘液产生的影响或分析分子通过粘液层的扩散。由于本方案中使用的ELISA可用于不同的物种和粘液蛋白，因此也可以使用其他细胞类型。
【背景】身体与外部环境的界面由粘膜表面形成。这些粘膜上皮组织可以在例如胃肠道，呼吸道，生殖道和尿道以及眼睛表面发现。由于它们暴露于外部环境中，许多微生物会聚集在这些组织中。因此，这些上皮细胞已经进化出多种防御机制来回应其易受微生物攻击的影响。许多防御性化合物被分泌到粘膜液中，包括粘蛋白，抗体，防御素，protegrin，聚集蛋白，cathelicidins，溶菌酶，组蛋白和一氧化氮（Kagnoff和Eckmann，1997，Lu等人，2002 ...
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