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15 mL Falcon tubes

公司名称: BD
产品编号: 352196
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Tethered Chromosome Conformation Capture Sequencing in Triticeae: A Valuable Tool for Genome Assembly
Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract]  Chromosome conformation capture sequencing (Hi-C) is a powerful method to comprehensively interrogate the three-dimensional positioning of chromatin in the nucleus. The development of Hi-C can be traced back to successive increases in the resolution and throughput of chromosome conformation capture (3C) (Dekker et al., 2002). The basic workflow of 3C consists of (i) fixation of intact chromatin, usually by formaldehyde, (ii) cutting the fixed chromatin with a restriction enzyme, (iii) religation of sticky ends under diluted conditions to favor ligations between cross-linked fragments ... [摘要]  染色体构象捕获测序(Hi-C)是一种全面询问细胞核中染色质三维定位的有效方法。 Hi-C的发展可以追溯到染色体构象捕获的分辨率和通量的连续增加(3C)(Dekker et al。,2002)。 3C的基本工作流程包括(i)通常用甲醛固定完整的染色质,(ii)用限制酶切割固定的染色质,(iii)在稀释条件下重新连接粘性末端,以促进交联片段之间的连接或随机片段之间的那些和(iv)量化基因组基因座对之间的连接事件的数量(de Wit和de Laat,2012)。在最初的3C方案中,通过半定量PCR扩增对应于少量基因组位点(“一对一”)的选定连接接头来测量连接频率(Dekker et al。,2002 )。然后,染色体构象捕获芯片(4C)和染色体构象捕获碳复制(5C)技术扩展3C以分别以“一对多”或“多对多”方式计算结扎事件。 Hi-C(Lieberman-Aiden et al。,2009)最终将3C与下一代测序相结合(Metzker,2010)。此处,在再连接之前,用生物素标记的核苷酸类似物填充粘性末端以在后续步骤中富集具有连接连接的片段。然后对Hi-C文库进行高通量测序,并将得到的读数映射到参考基因组,允许以“多对多”方式确定接触概率,其分辨率仅受限制性位点的分布限制和阅读深度。 Hi-C的首次应用是阐明人类基因组中的全球染色质折叠原理(Lieberman-Aiden et ...

Enhancement of Mucus Production in Eukaryotic Cells and Quantification of Adherent Mucus by ELISA
Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract]  The mucosal surfaces of the gastrointestinal, respiratory, reproductive, and urinary tracts, and the surface of the eye harbor a resident microflora that lives in symbiosis with their host and forms a complex ecosystem. The protection of the vulnerable epithelium is primarily achieved by mucins that form a gel-like structure adherent to the apical cell surface. This mucus layer constitutes a physical and chemical barrier between the microbial flora and the underlying epithelium. Mucus is critical to the maintenance of a homeostatic relationship between the microbiota and its host. Subtle ... [摘要]  胃肠道,呼吸道,生殖道和泌尿道的粘膜表面以及眼睛表面都有一个居住的微生物群落,它们与宿主共生并形成一个复杂的生态系统。脆弱的上皮细胞的保护主要通过形成附着于顶端细胞表面的凝胶样结构的粘蛋白实现。该粘液层构成了微生物菌群和下层上皮之间的物理和化学屏障。粘液对维持微生物群与宿主之间的稳态关系至关重要。与这种动态互动的细微差异可能会对健康产生重大影响。本文中的方案描述了生长低粘液产生HT29和高粘液产生HT29-MTX-E12细胞的程序,维持细胞并通过ELISA将其用于粘液定量。此外,还介绍了如何评估分泌黏液的数量。该系统可用于研究粘液对抗细菌毒素的保护作用,例如测试不同培养条件对粘液产生的影响或分析分子通过粘液层的扩散。由于本方案中使用的ELISA可用于不同的物种和粘液蛋白,因此也可以使用其他细胞类型。

【背景】身体与外部环境的界面由粘膜表面形成。这些粘膜上皮组织可以在例如胃肠道,呼吸道,生殖道和尿道以及眼睛表面发现。由于它们暴露于外部环境中,许多微生物会聚集在这些组织中。因此,这些上皮细胞已经进化出多种防御机制来回应其易受微生物攻击的影响。许多防御性化合物被分泌到粘膜液中,包括粘蛋白,抗体,防御素,protegrin,聚集蛋白,cathelicidins,溶菌酶,组蛋白和一氧化氮(Kagnoff和Eckmann,1997,Lu等人,2002 ...

3D Culture Protocol for Testing Gene Knockdown Efficiency and Cell Line Derivation
Author:
Date:
2018-06-05
[Abstract]  Traditional 2D cell cultures with cells grown as monolayers on solid surface still represent the standard method in cancer research for drug testing. Cells grown in 2D cultures, however, lack relevant cell-matrix and cell-cell interactions and ignore the true three-dimensional anatomy of solid tumors. Cells cultured in 2D can also undergo cytoskeletal rearrangements and acquire artificial polarity associated with aberrant gene expression (Edmondson et al., 2014). 3D culture systems that better mimic the in vivo situation have been developed recently. 3D in vitro ... [摘要]  细胞在固体表面生长为单层的传统二维细胞培养仍然代表了药物检测癌症研究的标准方法。然而,在2D培养物中生长的细胞缺乏相关的细胞基质和细胞 - 细胞相互作用,并且忽略实体肿瘤的真实三维解剖结构。在2D中培养的细胞也可经历细胞骨架重排并获得与异常基因表达相关的人造极性(Edmondson等人,2014)。最近开发出更好地模拟体内情况的3D文化系统。用于研究癌症干细胞的3D体外肿瘤模型(肿瘤球体)在该领域已经获得了越来越多的普及(Weiswald等人,2015)。使用基质嵌入或封装的球体,悬滴培养的球体,磁悬浮系统或3D打印方法的系统已经广泛用于研究和新药筛选。在本文中,我们描述了测试shRNA介导的基因沉默对肿瘤球体形成和生长的影响的详细方案。这种方法允许研究人员测试基因敲低对肿瘤起始细胞生长的影响。正如我们实验室所证实的那样,该方案也可用于直接从肿瘤组织中分离3D癌细胞系。

【背景】3D体外肿瘤细胞模型代表了细胞系与体内生长的肿瘤之间的桥接实验方法(Pampaloni等人,2007; ...

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