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Spermidine

亚精胺

公司名称: Sigma-Aldrich
产品编号: S2626
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Isolation of Nuclei in Tagged Cell Types (INTACT), RNA Extraction and Ribosomal RNA Degradation to Prepare Material for RNA-Seq
Author:
Date:
2018-04-05
[Abstract]  Gene expression is dynamically regulated on many levels, including chromatin accessibility and transcription. In order to study these nuclear regulatory events, we describe our method to purify nuclei with Isolation of Nuclei in TAgged Cell Types (INTACT). As nuclear RNA is low in polyadenylated transcripts and conventional pulldown methods would not capture non-polyadenylated pre-mRNA, we also present our method to remove ribosomal RNA from the total nuclear RNA in preparation for nuclear RNA-Seq. [摘要]  基因表达在多个水平上动态调节,包括染色质可及性和转录。 为了研究这些核调节事件,我们描述了我们用净化细胞核(INTACT)纯化细胞核的方法。 由于核RNA在聚腺苷酸化转录物中低并且常规下拉方法不会捕获非聚腺苷酸化前mRNA,所以我们还提出了我们的方法以从核RNA总RNA中去除核糖体RNA以准备核RNA-Seq。

【背景】分离用于基因表达实验的特定细胞类型降低了噪音并提高了实验的精确度和发现的不同表达基因的数量。用于细胞类型特异性研究的各种方法被广泛使用,每种方法都有其优点和缺点(Bailey-Serres,2013年综述)。分离特定的调控区室,如细胞核(来自细胞器,核糖体,细胞质,等等)可以进一步精确解析调控基因表达的分子事件。在这里,我们描述了一种方法,可以从冷冻组织中分离特定细胞类型的细胞核,适用于研究核基因表达的实验(例如,核RNA的RNA-Seq,ATAC-Seq,ChIP -Seq,等。)。此外,我们描述了RNA的处理,导致材料适合作为RNA-Seq实验的输入。这里描述的方案与水稻根组织(日本野生稻栽培品种日本晴)(Reynoso等人,2018年)一起使用,但是它们基于以前开发的方案, (拟订和Henikoff,2010年和2011年)和番茄(罗恩等人,2014年)。

该协议的第一部分,INTACT方法(用于标记特定细胞类型的核的分离)允许体内亲和标记和随后从感兴趣的细胞类型中纯化细胞核。这是通过由包膜靶向结构域,GFP和生物素连接酶识别肽(BLRP)组成的三联核标签融合蛋白(NTF)的细胞类型特异性表达实现的。 ...

CRISPR/Cas9 Gene Editing in the Marine Diatom Phaeodactylum tricornutum
Author:
Date:
2017-08-05
[Abstract]  The establishment of the CRISPR/Cas9 technology in diatoms (Hopes et al., 2016; Nymark et al., 2016) enables a simple, inexpensive and effective way of introducing targeted alterations in the genomic DNA of this highly important group of eukaryotic phytoplankton. Diatoms are of interest as model microorganisms in a variety of areas ranging from oceanography to materials science, in nano- and environmental biotechnology, and are presently being investigated as a source of renewable carbon-neutral fuel and chemicals. Here we present a detailed protocol of how to perform ... [摘要]  在硅藻(Hopes ,2016; Nymark等人,2016)中建立了CRISPR / Cas9技术,使得能够简单,廉价和有效地引入目标 这个非常重要的真核浮游植物群的基因组DNA的改变。 硅藻在纳米和环境生物技术领域从海洋学到材料科学,各种领域的示范性微生物都是有意义的,目前正在作为可再生碳中和燃料和化学品的来源进行调查。 在这里,我们提出了如何进行海洋硅藻三角褐指藻CRISPR / Cas9基因编辑的详细方案,包括:1)在硅藻优化的CRISPR / Cas9载体(pKS diaCas9)中插入引导RNA靶位点 -sgRNA),2)用于将pKS diaCas9-sgRNA质粒导入P的生物弹道转化。 三分支毛细胞和3)基于高分辨率熔融的PCR测定以筛选CRISPR / Cas9诱导的突变。
【背景】CRISPR / Cas9系统已被证明是许多真核生物中非常有效和成功的基因组编辑系统,现在也包括微藻(Hopes等人,2016; Nymark等人)。 ,2016; Shin 等人,2016)。 CRISPR / Cas9系统包括引导RNA(gRNA)和称为Cas9的核酸酶(Sander and Joung,2014)。 这两个分子形成复合物,其中gRNA将复合物引导至感兴趣的靶标。 ...

Nuclei Isolation from Nematode Ascaris
Author:
Date:
2017-05-05
[Abstract]  Preparing nuclei is necessary in a variety of experimental paradigms to study nuclear processes. In this protocol, we describe a method for rapid preparation of large number of relatively pure nuclei from Ascaris embryos or tissues that are ready to be used for further experiments such as chromatin isolation and ChIP-seq, nuclear RNA analyses, or preparation of nuclear extracts (Kang et al., 2016; Wang et al., 2016). [摘要]  在各种实验范例中准备核是必要的,以研究核过程。在本协议中,我们描述了一种从准备用于进一步实验(如染色质分离和ChIP-seq,核RNA)的蛔虫胚胎或组织快速制备大量相对纯的核的方法分析或准备核提取物(Kang等人,2016; Wang等人,2016)。

背景 核分离通常是研究核事件的分子和生物化学方面的第一步。已经开发了几种方法来分离来自不同组织和细胞类型的细胞核。然而,除了C以外的线虫的细胞核分离方案很少。已经描述了线索,(Ooi等人,2010; Zanin等人,2011; Haenni等人,2012, )。已经使用寄生线虫蛔虫的胚胎来制备用于体外无细胞系统的各种提取物(Cohen等人,2004) ; Lall等人,2004)。然而,这些提取物通常是全细胞提取物。在这里,我们描述了从线虫蛔虫制备细胞核的方法。

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