| Identification and Quantitation of Leukocyte Populations in Human Kidney Tissue by Multi-parameter Flow Cytometry
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Author:
Date:
2018-08-20
[Abstract] Inflammatory immune cells play direct pathological roles in cases of acute kidney injury (AKI) and chronic kidney disease (CKD). However, the identification and characterization of distinct populations of leukocytes in human kidney biopsies have been confounded by the limitations of immunohistochemical (IHC)-based techniques used to detect them. This methodology is not amenable to the combinations of multiple markers necessary to unequivocally define discrete immune cell populations. We have developed a multi-parameter, flow cytometric-based approach that addresses the need for panels of ...
[摘要] 炎症性免疫细胞在急性肾损伤（AKI）和慢性肾病（CKD）的病例中发挥直接的病理作用。然而，人肾活组织检查中不同白细胞群的鉴定和表征已被用于检测它们的基于免疫组织化学（IHC）的技术的局限性所混淆。该方法不适用于明确定义离散免疫细胞群所必需的多种标志物的组合。我们开发了一种多参数，基于流式细胞仪的方法，解决了在鉴定免疫细胞群体时需要细胞特异性标记组，从而允许从单个临床肾活检标本中准确检测和定量白细胞亚群。在该方法中，将新鲜的人肾组织解离成单细胞悬浮液，然后进行抗体标记和基于流式细胞术的采集和分析。这种新技术为鉴定和计数人类肾脏疾病中的免疫细胞亚群提供了重大进步，并且是补充临床肾脏活组织检查的传统组织病理学检查的有力平台。
【背景】 肾脏疾病的发病率和患病率正在上升，给全世界的医疗保健社区带来了沉重的负担，并显着影响了患者的生活质量（世界肾脏日：慢性肾病，2015年）。肾脏损害可能由多种损伤引起，包括感染，缺血，毒素，高血压，遗传和代谢紊乱（Imig和Ryan，2013）。对功能性损伤的即时反应是急性肾损伤（AKI），这是一种临床综合征，其特征在于生理上通过肾功能的快速（数小时至数天）降低和组织形态学上通过炎性免疫细胞浸润到肾小管中，组织隔室邻接小管。肾脏（Basile ...
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| Quantitative ChIP-seq by Adding Spike-in from Another Species
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Author:
Date:
2018-08-20
[Abstract] Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-seq) is a routine procedure in the lab; however, epigenome-wide quantitative comparison among independent ChIP-seq experiments remains a challenge. Here, we contribute an experimental protocol combined with a computational workflow allowing quantitative and comparative assessment of epigenome using animal tissues.
[摘要] 染色质免疫沉淀，然后测序（ChIP-seq）是实验室中的常规程序; 然而，独立ChIP-seq实验之间的表观基因组范围的定量比较仍然是一个挑战。 在这里，我们提供了一个实验方案，结合计算工作流程，允许使用动物组织定量和比较评估表观基因组。
【背景】 修饰组蛋白的染色质和表观遗传复合物调节DNA对转录机制的可及性，从而允许直接控制基因表达。为了表征组蛋白修饰的表观基因组特征，染色质免疫沉淀然后测序（ChIP-seq）已成为一种广泛使用的方法。然而，传统的ChIP-seq方案本质上不是定量的，因此禁止直接比较源自不同细胞类型的样品或经历过不同遗传或化学扰动的细胞。尽管已经提出了几种 in silico 归一化方法来克服这个缺点，但仍然缺乏基于实验的策略。 2014年，奥兰多等人（2014）开发了一种名为ChIP的方法，该方法使用参考外源基因组（ChIP-Rx），该方法利用恒定量的参考或''spike-in''表观基因组基于细胞的表观基因组比较。在当前的协议中，我们通过使用映射的尖峰参考表观基因组的百分比来改进该方法。我们已成功应用此协议直接比较来自动物组织的两个或更多ChIP-seq数据集。
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| A Lentiviral Pseudotype ELLA for the Measurement of Antibodies Against Influenza Neuraminidase
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Author:
Date:
2018-07-20
[Abstract] This protocol describes the rapid and safe production of lentiviral pseudotypes characterized by a lentiviral core containing a reporter, in conjunction with avian influenza haemagglutinin (HA) and human neuraminidase (NA) glycoproteins on the surface. Production is optimized with Endofectin LentiTM transfection reagent in 6-well plate format. These pseudotyped viruses can be employed for serological assays of surface glycoproteins HA and NA. They can be efficiently used to perform the ELLA (Enzyme-linked lectin assay) to measure NA inhibiting antibodies in lieu of using ...
[摘要] 该方案描述了慢病毒假型的快速和安全生产，其特征在于含有报道分子的慢病毒核心，以及表面上的禽流感血凝素（HA）和人神经氨酸酶（NA）糖蛋白。 使用6孔板形式的Endofectin Lenti TM 转染试剂优化生产。 这些假型病毒可用于表面糖蛋白HA和NA的血清学测定。 它们可以有效地用于进行ELLA（酶联凝集素测定）以测量NA抑制抗体，而不是使用重配病毒或Triton X-100灭活的野生型病毒作为抗原来源，这可能需要更高的生物安全水平。
【背景】流感病毒假型的产生先前已被广泛描述（Nefkens et al。，2007; Temperton et al。，2007; Carnell et al。，2015）。需要一种安全快速的系统来评估通过ELLA测定靶向NA的抗体，避免使用重配错配病毒或野生型病毒，这已经通过产生携带NA型流感假型来满足（Prevato et al。，2015）。最近的一项研究（Biuso et al。，2017）证实HA与NA的共表达改善了新形成的假型慢病毒的释放。在这里，我们报告了一种简单，广泛适用和优化的PV生产方案，使用6孔板格式的Endofectin Lenti TM ...
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