|
Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract] The physical properties of viral-length polyuridine (PolyU) RNAs, which cannot base-pair and form secondary structures, are compared with those of normal-composition RNAs, composed of comparable numbers of each of A, U, G and C nucleobases. In this protocol, we describe how to synthesize fluorescent polyU RNAs using the enzyme polynucleotide phosphorylase (PNPase) from Uridine diphosphate (UDP) monomers and how to fractionate the polydisperse synthesis mixture using gel electrophoresis, and, after electroelution, how to quantify the amount of polyU recovered with UV-Vis spectrophotometry. ...
[摘要] 将不能碱基配对并形成二级结构的病毒长度聚尿苷（PolyU）RNA的物理性质与正常组成RNA的物理性质进行比较，正常组成RNA由相当数量的A，U，G和C核碱基组成。 在该协议中，我们描述了如何使用来自二磷酸尿苷（UDP）单体的酶多核苷酸磷酸化酶（PNPase）合成荧光polyU RNA以及如何使用凝胶电泳分离多分散合成混合物，并且在电洗脱后，如何量化 用UV-Vis分光光度法回收polyU。 与polyU相比，动态光散射用于确定正常组成RNA的流体动力学半径。 结果表明，长polyU RNA的行为类似于线性聚合物，其半径范围为链长为N 1/2 ，而正常组成RNA则作为紧凑的支链RNA，其半径范围为 如N 1/3 。
【背景】 PolyU作为物理对象： PolyU是一种由重复的尿苷残基组成的非生物RNA分子，因此，它不能与Watson-Crick碱基对缺乏RNA二级结构（Martin和Ames，1962; Richards et al。，1963）。 PolyU具有非常弱的碱基堆积能量，导致缺乏螺旋排序 - 除了低于4°C（Richards et al。，1963）。由于缺乏这种结构，polyU ...
|
|
Author:
Date:
2018-02-20
[Abstract] Toxoplasma gondii is a member of the deadly phylum of protozoan parasites called Apicomplexa. As a model apicomplexan, there is a great wealth of information regarding T. gondii’s 8,000+ protein coding genes including sequence variation, expression, and relative contribution to parasite fitness. However, new tools are needed to functionally investigate hundreds of putative essential protein coding genes. Accordingly, we recently implemented the auxin-inducible degron (AID) system for studying essential proteins in T. gondii. Here we provide a step-by-step protocol ...
[摘要] 弓形虫是原生动物寄生虫称为Apicomplexa致命门的一员。 作为一个复杂的模型，关于T的信息有很多。 gondii的8,000多种蛋白质编码基因，包括序列变异，表达和对寄生虫适应的相对贡献。 然而，需要新的工具来功能性地调查数百个推定的必需蛋白质编码基因。 因此，我们最近实施了生长素诱导降解（AID）系统来研究T中的基本蛋白质。弓形虫。 在这里，我们提供了一个检查蛋白质功能的一步一步的协议。 在组织培养环境中使用AID系统。
【背景】生长素是一类通过靶向某些蛋白质在植物中进行蛋白酶体降解而发出信号的植物激素（Teale等人，2006）。 Kohei Nishimura等人具有将该植物特异性信号传导系统的组分转移到其他真核生物中用于有兴趣的蛋白质（POI）的条件调节，创建生长素诱导降解（AID）系统的聪明想法（Nishimura等人，2009）。这个系统已经被成功地用于几种真核生物，包括疟原虫疟原虫（Kreidenweiss et al。，2013; Philip和Waters，2015）。只需要两个转基因成分来实现这个系统，称为转运抑制剂反应1（TIR1）的植物生长素受体和用AID标记的POI。用生长素（例如，3-吲哚乙酸/ IAA）处理活化SCF ...
|