| Quantitative ChIP-seq by Adding Spike-in from Another Species
|
|
Author:
Date:
2018-08-20
[Abstract] Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-seq) is a routine procedure in the lab; however, epigenome-wide quantitative comparison among independent ChIP-seq experiments remains a challenge. Here, we contribute an experimental protocol combined with a computational workflow allowing quantitative and comparative assessment of epigenome using animal tissues.
[摘要] 染色质免疫沉淀，然后测序（ChIP-seq）是实验室中的常规程序; 然而，独立ChIP-seq实验之间的表观基因组范围的定量比较仍然是一个挑战。 在这里，我们提供了一个实验方案，结合计算工作流程，允许使用动物组织定量和比较评估表观基因组。
【背景】 修饰组蛋白的染色质和表观遗传复合物调节DNA对转录机制的可及性，从而允许直接控制基因表达。为了表征组蛋白修饰的表观基因组特征，染色质免疫沉淀然后测序（ChIP-seq）已成为一种广泛使用的方法。然而，传统的ChIP-seq方案本质上不是定量的，因此禁止直接比较源自不同细胞类型的样品或经历过不同遗传或化学扰动的细胞。尽管已经提出了几种 in silico 归一化方法来克服这个缺点，但仍然缺乏基于实验的策略。 2014年，奥兰多等人（2014）开发了一种名为ChIP的方法，该方法使用参考外源基因组（ChIP-Rx），该方法利用恒定量的参考或''spike-in''表观基因组基于细胞的表观基因组比较。在当前的协议中，我们通过使用映射的尖峰参考表观基因组的百分比来改进该方法。我们已成功应用此协议直接比较来自动物组织的两个或更多ChIP-seq数据集。
|
|
|
| In vitro Engineered DNA-binding Molecule-mediated Chromatin Immunoprecipitation (in vitro enChIP) Using CRISPR Ribonucleoproteins in Combination with Next-generation Sequencing (in vitro enChIP-Seq) for the Identification of Chromosomal Interactions
|
|
Author:
Date:
2017-11-20
[Abstract] We have developed locus-specific chromatin immunoprecipitation (locus-specific ChIP) technologies consisting of insertional ChIP (iChIP) and engineered DNA-binding molecule-mediated ChIP (enChIP). Locus-specific ChIP is a method to isolate a genomic region of interest from cells while it also identifies what binds to this region using mass spectrometry (for protein) or next generation sequencing (for RNA or DNA) as described in Fujita et al. (2016a). Recently, we identified genomic regions that physically interact with a locus using an updated form of enChIP, in vitro ...
[摘要] 我们开发了基因座特异性染色质免疫沉淀（基因座特异性芯片）技术，包括插入ChIP（iChIP）和工程DNA-结合分子介导ChIP（enChIP）。 基因座特异性ChIP是一种从细胞中分离感兴趣的基因组区域的方法，同时它还使用质谱（用于蛋白质）或下一代测序（用于RNA或DNA）鉴定什么与该区域结合，如Fujita等人 （2016a）。 最近，我们使用更新后的enChIP形式，结合NGS（ in vitro enChIP-Seq），鉴定了与基因座物理相互作用的基因组区域（Fujimita et al。，2017a）。 在这里，我们描述了一个体外试验的方法，用于分离靶基因座以鉴定与基因座物理相互作用的基因组区域。
【背景】阐明基因组功能强调的分子机制需要鉴定与感兴趣的基因组区域相互作用的分子。为此，我们开发了由插入ChIP（iChIP）和工程化DNA结合分子介导的ChIP（enChIP）组成的基因座特异性染色质免疫沉淀技术（基因座特异性ChIP）技术（Fujita等人 ...
|
|
|
| Analysis of in vivo Interaction between RNA Binding Proteins and Their RNA Targets by UV Cross-linking and Immunoprecipitation (CLIP) Method
|
|
Author:
Date:
2017-05-20
[Abstract] RNA metabolism is tightly controlled across different tissues and developmental stages, and its dysregulation is one of the molecular hallmarks of cancer. Through direct binding to specific sequence element(s), RNA binding proteins (RBPs) play a pivotal role in co- and post-transcriptional RNA regulatory events. We have recently demonstrated that, in pancreatic cancer cells, acquisition of a drug resistant (DR)-phenotype relied on upregulation of the polypyrimidine tract binding protein (PTBP1), which in turn is recruited to the pyruvate kinase pre-mRNA and favors splicing of the oncogenic ...
[摘要] RNA代谢在不同的组织和发育阶段被严格控制，其失调是癌症的分子特征之一。 通过直接结合特定的序列元件，RNA结合蛋白（RBP）在共转录和转录后调控事件中起关键作用。 我们最近证实，在胰腺癌细胞中，获得耐药（DR） - 表型取决于多聚嘧啶区结合蛋白（PTBP1）的上调，其又被引入丙酮酸激酶前mRNA并有利于剪接 致癌性PKM2变体。 在这里，我们描述了紫外（UV）光交联和免疫沉淀（CLIP）方法的逐步方案，以确定RBP与贴壁人细胞系中其目标RNA的特定区域的直接结合。
背景 在细胞核中转录时，新生的RNA立即与被称为RNA结合蛋白（RBP）的反式因子立即组装。这些因子直接与RNA分子中特定的顺式调控序列相互作用，从而形成核糖核蛋白（RNP）复合物（Dreyfuss et al。，2002; ...
|
|
|