| Primer ID Next-Generation Sequencing for the Analysis of a Broad Spectrum Antiviral Induced Transition Mutations and Errors Rates in a Coronavirus Genome
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Author:
Date:
2021-03-05
[Abstract] Next generations sequencing (NGS) has become an important tool in biomedical research. The Primer ID approach combined with the MiSeq platform overcomes the limitation of PCR errors and reveals the true sampling depth of population sequencing, making it an ideal tool to study mutagenic effects of potential broad-spectrum antivirals on RNA viruses. In this report we describe a protocol using Primer ID sequencing to study the mutations induced by antivirals in a coronavirus genome from an in vitro cell culture model and an in vivo mouse model. Viral RNA or total lung tissue RNA is tagged with ...
[摘要] [摘要]下一代测序（NGS）已成为生物医学研究的重要工具。结合MiSeq平台的Primer ID方法克服了PCR错误的局限性，并揭示了群体测序的真实采样深度，使其成为研究潜在的广谱抗病毒剂对RNA病毒的诱变作用的理想工具。在本报告中，我们描述了一种使用引物ID测序的方案，用于研究体外细胞培养模型和体内小鼠模型中冠状病毒基因组中抗病毒药诱导的突变。在最初的反转录步骤中，病毒RNA或总肺组织RNA用含Primer ID的cDNA引物标记，然后进行两轮PCR扩增病毒序列并整合测序适配器。使用MiSeq平台对纯化和合并的文库进行测序。测序数据使用模板共有序列（TCS）网络应用处理。引物ID方法提供了一种精确的测序方案，可以测量病毒RNA基因组和宿主mRNA中的突变错误率。测序结果表明，β-D-N4-羟基胞嘧啶核苷（NHC）大大提高了病毒RNA基因组中的过渡取代率，但并未显着提高颠覆取代率，并且发现胞嘧啶（C）至尿苷（U）是最常见的突变。
[背景]下一代测序（NGS）已被广泛应用在生物医学研究中使用在过去十年。当应用NGS研究宿主内病毒种群的RNA病毒时，需要考虑对文库制备和测序方案的修改。样本之间的病毒滴度（或病毒载量）差异很大。传统的NGS平台在测序运行中需要1-500 ng的DNA（或RNA），但在大多数情况下，临床样品中的病毒RNA少于100 ...
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| Novel Protein-oligonucleotide Conjugation Method Involving a High-affinity Capture HaloTag
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Author:
Date:
2020-09-20
[Abstract] Highly sensitive quantitative protein profiling can play a key role in the early diagnosis of diseases, such as autoimmune diseases and cancer. We developed a modified protein-oligonucleotide conjugation method termed HaloTag-mediated barcoding, for quantifying protein molecules at a higher sensitivity than conventional protein quantification methods. This novel and efficient conjugation method can be used to prepare HaloTag-barcoded proteins using a click chemistry-based labeling technique. Here, we describe the preparation of protein-DNA complexes and detection of protein-protein ...
[摘要] [摘要 ] 高灵敏度的定量蛋白质谱分析可以在疾病的早期诊断中发挥关键作用，例如自身免疫性疾病和癌症。我们开发了一种改良的蛋白质-寡核苷酸缀合方法，称为HaloTag 介导的条形码，用于以比常规蛋白质定量方法更高的灵敏度来定量蛋白质分子。可以使用这种基于点击化学的标记技术，将这种新颖而有效的结合方法用于制备HaloTag 条形码蛋白。在这里，我们描述了可在HaloTag中使用的蛋白质-DNA复合物的制备和蛋白质-蛋白质相互作用的检测 蛋白质条形码检测以检测抗体。该方案包括制备配体-寡核苷酸复合物的程序，用于蛋白质表达的质粒DNA制备以及蛋白质-寡核苷酸复合物的制备。所描述的基于点击反应的方案简化了常规胺-酯反应方法，该方法需要色谱纯化的额外步骤。
[背景 ] 蛋白质分子可通过常规实验进行定量酶联免疫吸附测定法，western印迹和质谱的方法，例如。这些常规的定量蛋白质谱分析技术涉及使用校准曲线进行相对测量，而没有考虑DNA扩增的高灵敏度，这限制了蛋白质本身绝对量的检测。化学蛋白质组学成为可能多重测定我n中的相对定量方式，例如串联质量标签标记方法加上质谱（汤普森等人，2003 ）。蛋白质条形码技术与下一代测序技术相结合已经可以识别目标蛋白质分子。这些方法包括CITE- SEQ ，的Ab- SEQ 和L1 BRA- SEQ ...
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| Isolation of Commensal Escherichia coli Strains from Feces of Healthy Laboratory Mice or Rats
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Author:
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2018-03-20
[Abstract] The colonization abundance of commensal E. coli in the gastrointestinal tract of healthy laboratory mice and rats ranges from 104 to 106 CFU/g feces. Although very well characterized, the family that E. coli belongs to has a very homogeneous 16S rRNA gene sequence, making the identification from 16S rRNA sequencing difficult. This protocol provides a procedure of isolating and identifying commensal E. coli strains from a healthy laboratory mouse or rat feces. The method can be applied to isolate commensal E. coli from other laboratory ...
[摘要] 共生E的殖民丰度。 大肠杆菌在健康实验小鼠和大鼠的胃肠道中的范围为10 4至10 6 CFU / g粪便。 虽然描述得非常好，但那个家族就是这样的。 大肠杆菌属于具有非常均一的16S rRNA基因序列，使得从16S rRNA测序鉴定困难。 该协议提供了分离和识别共生E的程序。 来自健康实验室小鼠或大鼠粪便的大肠杆菌菌株。 该方法可以应用于隔离共生电子。 来自其他实验室啮齿类动物的大肠杆菌。
【背景】大肠杆菌是革兰氏阴性兼性厌氧菌，其仅构成脊椎动物肠道微生物群的一小部分，但在微生物相互作用，免疫调节和代谢功能中起关键作用（Tenaillon等人。，2010）。作为最好的模式微生物之一，共生E。已经越来越多地研究大肠杆菌菌株以揭示肠道共生微生物适应独特生态位并影响宿主生理机制。然而，不同菌株之间的高度同源性在共生E的鉴定和表征上提出了困难。基于16S rRNA测序方法的大肠杆菌。由于新一代测序技术的发展和全基因组的大规模分析，我们能够识别共生E。根据基因组中毒力基因的存在，分离自不同宿主的胃肠道的大肠杆菌菌株。在这个协议中，我们展示了一种分离和识别共生E的方法。使用选择性培养基和全基因组测序从实验室小鼠或大鼠获得大肠杆菌菌株。但是，应该指出的是，共生E的存在。大肠杆菌在实验室动物中取决于设施的供应商和环境条件。
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