| Microfluidics-Based Analysis of Contact-dependent Bacterial Interactions
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Author:
Date:
2018-08-20
[Abstract] Bacteria in nature live in complex communities with multiple cell types and spatially-dependent interactions. Studying cells in well-mixed environments such as shaking culture tubes or flasks cannot capture these spatial dynamics, but cells growing in full-fledged biofilms are difficult to observe in real time. We present here a protocol for observing time-resolved, multi-species interactions at single-cell resolution. The protocol involves growing bacterial cells in a near monolayer in a microfluidic device. As a demonstration, we describe in particular observing the dynamic interactions ...
[摘要] 自然界中的细菌生活在具有多种细胞类型和空间依赖性相互作用的复杂社区中。 在充分混合的环境中研究细胞，例如摇动培养管或烧瓶，不能捕获这些空间动力学，但是在完全成熟的生物膜中生长的细胞难以实时观察。 我们在这里提出了一种用于观察单细胞分辨率下的时间分辨，多物种相互作用的方案。 该方案涉及在微流体装置中以近单层生长细菌细胞。 作为演示，我们特别描述了观察 E之间的动态相互作用。 大肠杆菌和 Acinetobacter baylyi 。 在这种情况下，该方案能够观察 E的接触依赖性裂解。 大肠杆菌由 A。 baylyi 通过VI型分泌系统（T6SS）和随后的来自 E的基因的功能性水平基因转移（HGT）。 大肠杆菌到 A.baylyi。
【背景】 不同种类细菌之间的空间依赖性相互作用可能在自然界普遍存在，但它们很难观察到。一个例子是通过天然感受的捕食性DNA受体细胞的接触依赖性，原位裂解作为DNA供体的捕食细胞来增强水平基因转移（HGT）。这种情况最近才出现在革兰氏阴性菌中，但已经在多个物种中观察到，并且它被认为是一种相对普遍的现象（Borgeaud et al。，2015; Cooper 等人，，2017; Veening和Blokesch，2017; Ringel et ...
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| Dual-sided Voltage-sensitive Dye Imaging of Leech Ganglia
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Author:
Date:
2018-03-05
[Abstract] In this protocol, we introduce an effective method for voltage-sensitive dye (VSD) loading and imaging of leech ganglia as used in Tomina and Wagenaar (2017). Dissection and dye loading procedures are the most critical steps toward successful whole-ganglion VSD imaging. The former entails the removal of the sheath that covers neurons in the segmental ganglion of the leech, which is required for successful dye loading. The latter entails gently flowing a new generation VSD, VF2.1(OMe).H, onto both sides of the ganglion simultaneously using a pair of peristaltic pumps. We expect the described ...
[摘要] 在这个协议中，我们介绍了一种有效的方法，用于Tomina和Wagenaar（2017）中使用的电压敏感染料（VSD）加载和水蛭神经节成像。 解剖和染料加载程序是成功完成全神经节VSD成像的关键步骤。 前者需要去除覆盖水蛭节段神经节神经元的鞘，这是成功染料加载所需的。 后者需要使用一对蠕动泵同时轻柔地将新一代VSD VF2.1（OMe）.H流入神经节的两侧。 我们期望所描述的技术广泛地转化为其他薄且相对透明的神经系统中的宽视场VSD成像。
【背景】双面显微镜是一种宽视野荧光成像系统，由一对精确对准的显微镜组成，用于观察来自对面的神经元制剂并且一次显示不同的焦平面（Tomina and Wagenaar，2017）。通过将该光学系统与新一代电压敏感染料（VSD），VoltageFluor（Miller等人，2012; Woodford等人，2015），荧光可以同时从不同深度的神经元捕获编码具有高保真度膜电压的信号。我们将这种泛神经元记录系统应用于药用水蛭的神经系统，我们利用电生理学方法诱发虚构行为并定量控制可识别神经元的膜电位（Tomina and ...
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