| Estimation of the Minimum Number of Replication Origins Per Chromosome in any Organism
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Author:
Date:
2020-10-20
[Abstract] Eukaryote nuclear genomes predominantly replicate through multiple replication origins. The number of replication origins activated per chromosome during the S-phase duration may vary according to many factors, but the predominant one is replication stress. Several studies have applied different approaches to estimate the number and map the positions of the replication origins in various organisms. However, without a parameter to restrict the minimum of necessary origins, less sensitive techniques may suggest conflicting results. The estimation of the minimum number of replication o ...
[摘要] [摘要] 比率可能因多种因素而变化，但最主要的因素是复制应力。一些研究应用了不同的方法来估计复制源在不同生物体中的数量和位置。然而，如果没有一个参数来限制必要起源的最小值，那么不太敏感的技术可能会产生相互矛盾的结果。估计每个染色体的最小复制源数量（MO）是一种创新的方法，它允许建立一个阈值，作为绘制起源的基因组方法的参数。为此，MO可以很容易地通过一个公式得到，这个公式需要作为参数：染色体大小、S期持续时间和复制率。在基因组数据库（如NCBI）中可以获得任何生物体的染色体大小，通过监测DNA复制来估计S期的持续时间，并通过DNA组合方法获得复制率。 提供了一种简单、快速的估算MO的方法一个新的方法学框架来协助研究任何有机体。
关键词： DNA复制，复制来源，复制率，S期持续时间，染色体大小
[背景] ...
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| Microtitre Plate Based Cell-SELEX Method
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Author:
Date:
2018-10-20
[Abstract] Aptamers have emerged as a novel category in the field of bioreceptors due to their wide applications ranging from biosensing to therapeutics. Several variations of their screening process, called SELEX have been reported which can yield sequences with desired properties needed for their final use. We report a facile microtiter plate-based Cell-SELEX method for a gram-negative bacteria E. coli. The optimized protocol allows the reduction of number of rounds for SELEX by offering higher surface area and longer retention times. In addition, this protocol can be modified for other ...
[摘要] 由于适体的广泛应用，从生物传感到治疗，适体已经成为生物受体领域的一个新类别。 已经报道了它们的筛选过程的几种变体，称为SELEX，其可以产生具有最终使用所需的所需性质的序列。 我们报告了一种基于微量滴定板的Cell-SELEX方法，用于革兰氏阴性菌 E.大肠杆菌>。 优化的协议允许通过提供更高的表面积和更长的保留时间来减少SELEX的轮数。 此外，该方案可以针对其他原核和真核细胞进行修饰，并且聚糖部分可以作为在短时间内体外产生高亲和力生物受体的靶标>。
【背景】适体是1990年描述的单链合成DNA或RNA（Ellington和Szostak，1990; Tuerk和Gold，1990），具有独特的3D几何结构，这是其序列的表现。不同的序列允许合成适体，其可以结合从小分子到大蛋白质的分子阵列。这使得适配体成为常规抗体的竞争对手，常规抗体由于结构限制而限于蛋白质作为其靶标，并且不能针对高风险病原体产生，因为这些通常比产生高亲和力所需的时间更早地杀死宿主。抗体。适体在体外>设置中产生，因此可以有效地用于高风险病原体。 SELEX（ S L > > > > > > > > >分离导致在低nM范围内具有解离常数的池的筛选。已经提出了SELEX的几种变体，其使用各种固定基质，包括毛细管电泳SELEX，基于亲和层析的SELEX，磁珠SELEX，体内> ...
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| Detection of Catalase Activity by Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE) in Cell Extracts from Pseudomonas aeruginosa
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Author:
Date:
2018-06-05
[Abstract] Bacteria in nature and as pathogens commonly face oxidative stress which causes damage to proteins, lipids and DNA. This damage is produced by the action of reactive oxygen species (ROS) such as hydrogen peroxide (H2O2), singlet oxygen, superoxide anion and hydroxyl radical. ROS are generated by antimicrobials, environmental factors (e.g., ultraviolet radiation, osmotic stress), aerobic respiration, and host phagocytes during infective processes. Pseudomonas aeruginosa, a versatile bacterium, is a prevalent opportunistic human pathogen which possesses ...
[摘要] 自然界中的细菌和病原体通常会面临氧化应激，导致蛋白质，脂质和DNA的损伤。 这种损害是由活性氧（ROS）如过氧化氢（H 2 O 2 2），单线态氧，超氧阴离子和羟基自由基的作用产生的。 ROS在感染过程中由抗菌剂，环境因素（例如，紫外线辐射，渗透压力），有氧呼吸和宿主吞噬细胞产生。 铜绿假单胞菌是一种多功能细菌，是一种普遍的机会性人类病原体，其具有针对ROS的几种防御策略。 其中，两种过氧化氢酶（KatA和KatB）在防御多种类型的压力方面的作用得到了很好的表征。 在该协议中，通过聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）检测KatA和KatB活性。 还有人认为KatB的检测是难以捉摸的。
【背景】 P上。铜绿假单胞菌是一种无处不在的细菌，它可以以游离形式在陆地和水生栖息地中发现，或作为机会性人类病原体在免疫功能低下的个体，皮肤损伤或囊性纤维化患者中引起致命性感染。为了抵御其有氧代谢产生的ROS，寄主吞噬泡和环境因素，这种微生物具有多种抗氧化策略。其中，两个单功能的过氧化氢酶（KatA和KatB）负责将H 2 O分解成水和O 2。 KatA是主要的过氧化氢酶并具有独特的特征：它对H 2 O 2抗性，渗透保护和毒力非常稳定并且是必不可少的（Hassett等人 2000; Lee等人，2005）。有人认为，KatA的稳定性是正常生长条件下高水平活性的主要因素之一，因此， ...
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