| Plant ARGONAUTE Protein Immunopurification for Pathogen Cross Kingdom Small RNA Analysis
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Author:
Date:
2021-02-05
[Abstract] Over the last decade, it has been noticed that microbial pathogens and pests deliver small RNA (sRNA) effectors into their host plants to manipulate plant physiology and immunity for infection, known as cross kingdom RNA interference. In this process, fungal and oomycete parasite sRNAs hijack the plant ARGONAUTE (AGO)/RNA-induced silencing complex to post-transcriptionally silence host target genes. We hereby describe the methodological details of how we recovered cross kingdom sRNA effectors of the oomycete pathogen Hyaloperonospora arabidopsidis during infection of its host plant ...
[摘要] [摘要]在过去的十年中，已经注意到，微生物病原体和害虫将小RNA（sRNA）效应子传递到宿主植物中，以操纵植物生理学和免疫力，称为跨界RNA干扰。在此过程中，真菌和卵菌寄生虫sRNA劫持了植物ARGONAUTE（AGO）/ RNA诱导的沉默复合体，以转录后沉默宿主靶基因。我们在此描述方法学的细节，我们如何在宿主植物拟南芥感染期间恢复卵菌病原体拟南芥的跨界sRNA效应子。该生物协议包含两个部分：第一，关于植物AGO / sRNA co- 免疫纯化和sRNA回收，用于Illumina高通量测序分析。其次，我们解释了如何进行生物信息学小号斯尔纳序列分析读取可使用Galaxy服务器。原则上，该协议适用于研究来自多种宿主植物和植物相互作用（微生物）的AGO结合的sRNA。
[背景]小RNA（sRNA）可以充当病原体效应物，劫持植物ARGONAUTE（AGO）/ RNA诱导的沉默复合物（RISC），并使宿主mRNA沉默以进行感染，这种病毒被称为跨界RNA干扰的毒力机制（Weiberg等。，2015； Zeng等，2019）。分析感染期间与植物AGO结合的sRNA的库是一种选择方法，以全面了解可能通过宿主AGO / RISC起作用的植物入侵性病原体sRNA。基于抗体的植物AGO / ...
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| Immuno-electrophysiology on Neuromuscular Junctions of Drosophila Third Instar Larva
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Author:
Date:
2021-02-05
[Abstract] Alterations in synaptic transmission are critical early events in neuromuscular disorders. However, reliable methodologies to analyze the functional organization of the neuromuscular synapses are still needed. This manuscript provides a detailed protocol to analyze the molecular assembly of the neuromuscular synapses through immune-electrophysiology in Drosophila melanogaster. This technique allows the quantification of the molecular behavior of the neuromuscular synapses by correlating the structural configuration of the synaptic boutons with their electrical activity.
[摘要] [摘要]突触传递的改变是神经肌肉疾病的关键早期事件。但是，仍然需要可靠的方法来分析神经肌肉突触的功能组织。此马努脚本提供了详细的协议，通过在免疫电分析神经肌肉突触的分子组装果蝇黑腹果蝇。该技术通过使突触钮扣的结构构型与其电活动相关联，可以量化神经肌肉突触的分子行为。
[背景]果蝇三龄幼虫的神经肌肉接头（NMJ）的功能组织在研究突触形成和功能的分子机制方面具有突出的优势（Feiguin等，2009 ; Godena等，2011; Romano等。（2014年和2015年；Strah等人，2020年），它在包括人类在内的其他物种中似乎是保守的。在这方面，果蝇NMJs的解剖组织是由多个突触钮扣构成的，这些突触钮扣是在运动轴突的最终乔木形成的。这些结构的分化和维持负责骨骼肌的神经支配，并暗示不同分子的协调作用，专门用于建立细胞接触以及释放，接收和整合神经递质信号传导所需的机制。此外，在果蝇中开发的功能强大的遗传工具以及神经系统对单个神经元的解剖学解析，提供了难得的机会，可以在可区分细胞的组织中进行全基因组范围的分子表型无偏搜索。尽管果蝇已经存在可视化神经肌肉突触建立的单独协议（Sabeva和Bykhovskaia，2017 ; Goel等人，2019 ...
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| Microtubule Seeded-assembly in the Presence of Poorly Nucleating Nucleotide Analogues
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Author:
Date:
2020-08-20
[Abstract] Microtubule dynamic instability is driven by the hydrolysis of the GTP bound to the β-subunit of the α-β tubulin heterodimer. Nucleotide analogues are commonly used to mimic the different steps of the tubulin GTPase cycle, but most of them are poor microtubule nucleators. Usually, microtubule assembly is seeded by guanylyl-(α, β)-methylene-diphosphonate (GMPCPP) or glycerol that can be limiting factors in monitoring the effect of other nucleotide analogs on their polymerization. Here, we describe a protocol that allows the assembly of microtubules in the presence of nucleotide analogues ...
[摘要] [摘要 ] 微管动态不稳定性是由与α - β 微管蛋白异二聚体的β- 亚基结合的GTP水解驱动的。核苷酸类似物通常用于模拟微管蛋白GTPase循环的不同步骤，但其中大多数是不良的微管成核剂。通常，微管组装是通过胍基-（α ，β ）-亚甲基-二膦酸酯（GMPCPP）或甘油来接种的，它们可能是限制其他核苷酸类似物对其聚合作用的监测因素。 在这里，我们描述了一种协议，该协议允许在核苷酸类似物存在的情况下组装微管，而无需异质种子，并且最终甘油浓度低。首先在感兴趣的类似物和甘油的存在下组装微管以促进组装。然后对这些微管进行超声处理，以产生种子，这些种子将在不存在甘油的情况下用于组装微管。这种策略产生了均质的核苷酸结合的微管，可以通过生化或结构方法（如冷冻电子显微镜）进一步分析。
[背景 ] 核苷酸类似物通常用于研究的构象变化，该α - β 微管组装和水解绑定到其可交换的（E）的网站上的GTP的期间微管蛋白异源二聚体经历。但是，除GMPCPP以外，大多数类似物都是微管成核剂。为克服这一困难，GMPCPP稳定化的种子通常用于存在其他类似物的情况下延长微管（Maurer 等人，2011和2014； Zhang ...
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