| Combinations of Patch-Clamp and Confocal Calcium Imaging in Acutely Isolated Adult Mouse Amygdala Brain Slices
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Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract] Calcium imaging is a powerful technique in the study of neuronal physiology, as it avoids the enzyme treatment on neurons and is able to study the neuronal activities in vivo. Using calcium-imaging techniques, we are able to monitor the elevation of calcium in the neuron. Furthermore, we can combine calcium imaging with other methods, like whole-cell patch clamp recordings, to detect a single cell calcium signal in brain slices. In this protocol, we describe a detailed confocal imaging method that is combined with whole-cell patch clamp configuration using brain slices (Du et al. ...
[摘要] 钙成像是神经生理学研究中的一项强有力的技术，因为它避免了对神经元的酶处理，并且能够研究体内的神经元活动。 使用钙成像技术，我们能够监测神经元中钙的升高。 此外，我们可以将钙成像与其他方法结合起来，如全细胞膜片钳记录，以检测脑切片中的单细胞钙信号。 在该协议中，我们描述了一种详细的共焦成像方法，该方法与使用脑切片的全细胞膜片钳配置相结合（Du et al。，2017）。
【背景】几十年来，脑切片已成功用于研究突触，神经元和神经回路。许多实验操作已经应用于脑切片模型，例如药物应用，细胞内记录和光学成像。与培养的神经元相比，脑切片保留了神经元回路的许多基本功能特性。钙成像是一种广泛使用的技术，旨在表明分离的细胞和组织的细胞内钙（Ca 2 + ）状态。研究脑组织中的细胞内钙可以深入了解各种生理过程，如细胞增殖，信号转导，突触可塑性和细胞死亡，因为钙浓度在这些功能中起着关键作用（Cameron et al。，2016）。钙指示剂是一种荧光分子，它与Ca 2 + ...
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| Fluorophore-Based Mitochondrial Ca2+ Uptake Assay
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Author:
Date:
2018-07-20
[Abstract] The physiological importance of mitochondrial calcium uptake, observed in processes such as ATP production, intracellular calcium signaling, and apoptosis, makes desirable a simple, straightforward way of investigating this event with unambiguous results. The following protocol uses a calcium-sensitive, membrane-impermeable fluorophore to monitor extra-mitochondrial calcium levels in the presence of permeabilized mammalian cells harboring activated mitochondria.
[摘要] 在诸如ATP产生，细胞内钙信号传导和细胞凋亡的过程中观察到的线粒体钙摄取的生理学重要性使得以明确的结果研究该事件的简单，直接的方式成为可取的。 以下方案使用钙敏感的膜不可渗透的荧光团来监测在具有活化的线粒体的透化的哺乳动物细胞存在下的线粒体外钙水平。
【背景】线粒体钙单向转运蛋白（MCU）介导的钙通量是钙进入线粒体的主要方式。线粒体钙由于几个原因是重要的，其中三个原因经常在文献中引用。其一，线粒体中的钙激活Krebs循环中的关键脱氢酶，导致ATP产生增加。最近的一项研究表明，线粒体钙对F1FO-ATP酶和细胞色素链活性有直接影响（Glancy和Balaban，2012），进一步增强其在细胞能量产生中的关键作用。二，由于MCU的低微摩尔亲和力和大量细胞溶质钙线粒体可以隔离，MCU介导的钙摄取也在清除细胞质钙的瞬时增加中起关键作用，反过来，形成使用钙的细胞信号通路作为第二信使（Wheeler et al。，2012）。三，线粒体钙的调节在细胞凋亡的调节中起重要作用（Zoratti和Szabo，1995）。线粒体钙水平的急剧增加通过诱导内膜中线粒体通透性转换孔的开放而引发细胞死亡，这一事件消除了线粒体内部膜电位并从膜间隙释放细胞色素C，暗黑/ Smac和半胱氨酸蛋白酶（ Zoratti和Szabo，1995; ...
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| Extraction and 16S rRNA Sequence Analysis of Microbiomes Associated with Rice Roots
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Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract] Plant roots associate with a wide diversity of bacteria and archaea across the root-soil spectrum. The rhizosphere microbiota, the communities of microbes in the soil adjacent to the root, can contain up to 10 billion bacterial cells per gram of soil (Raynaud and Nunan, 2014) and can play important roles for the fitness of the host plant. Subsets of the rhizospheric microbiota can colonize the root surface (rhizoplane) and the root interior (endosphere), forming an intimate relationship with the host plant. Compositional analysis of these communities is important to develop tools in order to ...
[摘要] 植物根系与根 - 土壤谱中的各种细菌和古细菌相关联。根际微生物群落，即与根系相邻的土壤中的微生物群落，每克土壤可含有高达100亿个细菌细胞（Raynaud和Nunan，2014），并且可以在宿主植物的适应性方面发挥重要作用。根际微生物群的亚群可以在根表面（根毛菌）和根内部（内生孢子）定居，与寄主植物形成密切关系。这些群落的成分分析对于开发工具以操纵根系相关微生物群以提高作物生产力非常重要。由于降低了成本并提高了下一代测序的通量，因此主要通过使用16S rRNA基因的扩增子测序来最终破解这些群落的主要进展。在这里，我们首先提出一个协议，用于解剖来自各种根室的微生物群，这些根室是以水稻为模型开发的。接下来我们介绍一种使用双指数方法扩增16S rRNA基因片段的方法。最后，我们提供了一个简单的工作流程来分析生成的测序数据以进行生态推理。
【背景】各种植物根生态位寄主于源自土壤的不同微生物群落（微生物群落）（Bulgarelli et al。，2012; Lundberg等人，2012; Edwards等人。2015年; Zarraonaindia等人，2015年; Wagner等人，2016年）。由每个根生态位获得的不同微生物群可能具有不同的代谢潜力，因此可能以不同方式影响宿主植物的健康（Finkel等人，2017）。可以通过使用16S ...
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