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Date:
2017-12-05
[Abstract] Chromosome conformation capture (3C) techniques are crucial to understanding tissue-specific regulation of gene expression, but current methods generally require large numbers of cells. This protocol describes two new low-input Capture-C approaches that can generate high-quality 3C interaction profiles from 10,000-20,000 cells, depending on the resolution used for analysis.
[摘要] 染色体构象捕获（3C）技术对于理解基因表达的组织特异性调节是至关重要的，但是目前的方法通常需要大量的细胞。 该协议描述了两种新的低输入Capture-C方法，根据用于分析的分辨率，可以从10,000-20,000个细胞生成高质量的3C相互作用谱。
【背景】3C技术在调查调控元件之间的核组织和结构相互作用与基因活性之间起关键作用（Dekker等人，2002）。 由于这些相互作用是高度组织特异性的，3C定义的纯化细胞群进行3C实验是至关重要的。
3C技术的一个主要局限性是所需要的大量细胞：目前的方法使用了10万到10万个细胞（Davies等人，2017）。 这些数字中不包含许多原发性组织和稀有细胞群。 因此，我们开发了两种新的低输入Capture-C方法，可以从最大分辨率的〜20,000个细胞（单独的DpnII片段）和使用基于开窗分析的约10,000个细胞产生高质量的相互作用谱（Oudelaar等人 。，2017）。
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