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DNA Ladders

公司名称: Takara Bio
产品编号: 3427A
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A Modified Low-quantity RNA-Seq Method for Microbial Community and Diversity Analysis Using Small Subunit Ribosomal RNA
Author:
Date:
2018-05-05
[Abstract]  We propose a modified RNA-Seq method for small subunit ribosomal RNA (SSU rRNA)-based microbial community analysis that depends on the direct ligation of a 5’ adaptor to RNA before reverse-transcription. The method requires only a low-input quantity of RNA (10-100 ng) and does not require a DNA removal step. Using this method, we could obtain more 16S rRNA sequences of the same regions (variable regions V1-V2) without the interference of DNA in order to analyze OTU (operational taxonomic unit)-based microbial communities and diversity. The generated SSU rRNA sequences are also suitable for ... [摘要]  我们提出了一种用于小亚基核糖体RNA(SSU rRNA)的微生物群落分析的经修改的RNA-Seq方法,其依赖于在逆转录之前将5'衔接子直接连接至RNA。 该方法仅需要低输入量的RNA(10-100ng),并且不需要DNA去除步骤。 使用这种方法,我们可以在不受DNA干扰的情况下获得相同区域(可变区V1-V2)的更多16S rRNA序列,以便分析OTU(经营分类单元)的微生物群落和多样性。 所产生的SSU rRNA序列也适用于通常用于细菌16S rRNA基因扩增的细菌通用引物8F(大肠杆菌8至27位)的覆盖度评估。 修改的RNA-Seq方法将有助于确定各种环境样品的潜在活性微生物群落结构和多样性,并且还可用于鉴定新型微生物类群。

【背景】核糖体RNA(rRNA)占总微生物RNA的90%以上,适合微生物群落分析作为合成蛋白质的微生物生理活性指标(Blazewicz et。,2013年)。微生物群落转录物(包括rRNA和mRNA)在特定环境(双RNA转录组学)中的研究在提供微生物功能和分类信息方面具有优势(Urich等人,2008年)未能进行基于OTU的社区比较。尽管当分析凝胶提取的SSU rRNA时,可以使用16S rRNA序列的V3区来计算和比较多样性指数,但是发现仅有三分之一的所得16S ...

Rice Black-streaked Dwarf Virus Preparation and Infection on Rice
Author:
Date:
2017-12-20
[Abstract]  Rice black-streaked dwarf virus (RBSDV), a member of genus Fijivirus in the family Reoviridae, infects rice, maize, barley and wheat, and can seriously affect crop yields. RBSDV is transmitted by the small brown planthopper (Laodelphax striatellus, SBPH) in a persistent manner. RBSDV has 10 linear dsRNA genomic segments, making it difficult to construct infectious clones for functional studies in plants. Here we describe a method for inoculating and maintaining RBSDV on rice in a greenhouse for use in laboratory research. The protocol uses SBPHs mass reared in the ... [摘要]  水稻黑条矮缩病毒(RBSDV)属于呼肠孤病毒科的Fijivirus属的成员,感染水稻,玉米,大麦和小麦,可严重影响作物产量。 RBSDV以持久的方式由小型褐飞虱( Ladellphax striatellus ,SBPH)传播。 RBSDV具有10个线性dsRNA基因组区段,使得构建用于植物功能研究的感染性克隆变得困难。 在这里我们介绍一种在温室中用于在实验室研究中使用的RBSDV接种和维持方法。 该协议使用在实验室饲养的大量的SBPHs。 我们还详细描述了一个健康的稻飞虱种群的繁殖,植物材料的制备,RBSDV接种和接种后水稻的评价。

【背景】水稻黑条矮缩病毒(RBSDV)是Fijivirus属家族中的第二个家族中的公认成员,严重影响东亚水稻和玉米的生产。 (Shikata和Kitagawa,1977; Zhang等人,2001a)。 RBSDV以持续的方式(Shikata和Kitagawa,1977)被小型褐飞虱(灰飞虱,SBPH)传播传播到水稻,玉米,大麦和小麦。 SBPH可从新鲜或冷冻感染的水稻叶片获得RBSDV并将其传递至健康植物(Shikata和Kitagawa,1977; Li等人,2010)。一旦SBPH已经获得病毒,病毒可以在昆虫载体中繁殖,并且可以在昆虫的整个生命周期中传播给宿主植物。然而,SBPH不能透传病毒(Boccardo and ...

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