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Eppendorf Research® plus, single-channel, variable, incl. epT.I.P.S.® Box, 2 – 20 µL, yellow

公司名称: Eppendorf
产品编号: 3123000039
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Isolation of Nuclei in Tagged Cell Types (INTACT), RNA Extraction and Ribosomal RNA Degradation to Prepare Material for RNA-Seq
Author:
Date:
2018-04-05
[Abstract]  Gene expression is dynamically regulated on many levels, including chromatin accessibility and transcription. In order to study these nuclear regulatory events, we describe our method to purify nuclei with Isolation of Nuclei in TAgged Cell Types (INTACT). As nuclear RNA is low in polyadenylated transcripts and conventional pulldown methods would not capture non-polyadenylated pre-mRNA, we also present our method to remove ribosomal RNA from the total nuclear RNA in preparation for nuclear RNA-Seq. [摘要]  基因表达在多个水平上动态调节,包括染色质可及性和转录。 为了研究这些核调节事件,我们描述了我们用净化细胞核(INTACT)纯化细胞核的方法。 由于核RNA在聚腺苷酸化转录物中低并且常规下拉方法不会捕获非聚腺苷酸化前mRNA,所以我们还提出了我们的方法以从核RNA总RNA中去除核糖体RNA以准备核RNA-Seq。

【背景】分离用于基因表达实验的特定细胞类型降低了噪音并提高了实验的精确度和发现的不同表达基因的数量。用于细胞类型特异性研究的各种方法被广泛使用,每种方法都有其优点和缺点(Bailey-Serres,2013年综述)。分离特定的调控区室,如细胞核(来自细胞器,核糖体,细胞质,等等)可以进一步精确解析调控基因表达的分子事件。在这里,我们描述了一种方法,可以从冷冻组织中分离特定细胞类型的细胞核,适用于研究核基因表达的实验(例如,核RNA的RNA-Seq,ATAC-Seq,ChIP -Seq,等。)。此外,我们描述了RNA的处理,导致材料适合作为RNA-Seq实验的输入。这里描述的方案与水稻根组织(日本野生稻栽培品种日本晴)(Reynoso等人,2018年)一起使用,但是它们基于以前开发的方案, (拟订和Henikoff,2010年和2011年)和番茄(罗恩等人,2014年)。

该协议的第一部分,INTACT方法(用于标记特定细胞类型的核的分离)允许体内亲和标记和随后从感兴趣的细胞类型中纯化细胞核。这是通过由包膜靶向结构域,GFP和生物素连接酶识别肽(BLRP)组成的三联核标签融合蛋白(NTF)的细胞类型特异性表达实现的。 ...

Infectious Subviral Particle to Membrane Penetration Active Particle (ISVP-to-ISVP*) Conversion Assay for Mammalian Orthoreovirus
Author:
Date:
2018-01-20
[Abstract]  The mammalian orthoreovirus (reovirus) outer capsid undergoes a series of conformational changes prior to or during viral entry. These transitions are necessary for delivering the genome-containing core across host cell membranes. This protocol describes an in vitro assay for monitoring the transition into a membrane penetration-active form (i.e., ISVP*). [摘要]  哺乳动物正面病毒(呼肠孤病毒)外壳在病毒进入之前或过程中经历一系列构象变化。 这些转换对于跨宿主细胞膜递送含基因组的核心是必要的。 该协议描述了用于监测向膜渗透活性形式(即,ISVP *)的转变的体外试验。

【背景】呼肠孤病毒是无包膜的双链RNA病毒,其由两个同心蛋白质壳组成:内衣壳(核心)和外衣壳(Dryden等人,1993; Zhang等人, / ,2005; Dermody et al ,2013)。在附着之后,病毒颗粒被内吞(Borsa et al。,1979; Ehrlich et al。,2004; Maginnis et al。,2006; Maginnis和宿主组织蛋白酶蛋白酶降解σ3外壳蛋白(Chang和Zweerink,1971; Silverstein等人,1972; Borsa等人,et al。 1981; Sturzenbecker等人,1987; Dermody等人,1993; Baer和Dermody,1997; Ebert等人, 2002年)。这个过程产生一个亚稳中间体,称为感染性亚病毒颗粒(ISVP),其中细胞穿透蛋白μ1被暴露(Dryden等人,1993)。 ISVPs是通过用糜蛋白酶处理纯化的病毒体而在体外产生的(Joklik,1972; ...

Infectious Subviral Particle-induced Hemolysis Assay for Mammalian Orthoreovirus
Author:
Date:
2018-01-20
[Abstract]  Mammalian orthoreovirus (reovirus) utilizes pore forming peptides to penetrate host cell membranes. This step is essential for delivering its genome containing core particle during viral entry. This protocol describes an in vitro assay for measuring reovirus-induced pore formation. [摘要]  哺乳动物正面病毒(呼肠孤病毒)外壳在病毒进入之前或过程中经历一系列构象变化。 这些转换对于跨宿主细胞膜递送含基因组的核心是必要的。 该协议描述了用于监测向膜渗透活性形式(即,ISVP *)的转变的体外试验。

【背景】呼肠孤病毒是无包膜的双链RNA病毒,其由两个同心蛋白质壳组成:内衣壳(核心)和外衣壳(Dryden等人,1993; Zhang等人, / ,2005; Dermody et al ,2013)。在附着之后,病毒颗粒被内吞(Borsa et al。,1979; Ehrlich et al。,2004; Maginnis et al。,2006; Maginnis和宿主组织蛋白酶蛋白酶降解σ3外壳蛋白(Chang和Zweerink,1971; Silverstein等人,1972; Borsa等人,et al。 1981; Sturzenbecker等人,1987; Dermody等人,1993; Baer和Dermody,1997; Ebert等人, 2002年)。这个过程产生一个亚稳中间体,称为感染性亚病毒颗粒(ISVP),其中细胞穿透蛋白μ1被暴露(Dryden等人,1993)。 ISVPs是通过用糜蛋白酶处理纯化的病毒体而在体外产生的(Joklik,1972; ...

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