| Trypanosomatid, fluorescence-based in vitro U-insertion/U-deletion RNA-editing (FIDE)
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Author:
Date:
2021-03-05
[Abstract] Gene expression within the mitochondria of African trypanosomes and other protozoan organisms relies on a nucleotide-specific RNA-editing reaction. In the process exclusively uridine (U)-nucleotides are site-specifically inserted into and deleted from sequence-deficient primary transcripts to convert them into translatable mRNAs. The reaction is catalyzed by a 0.8 MDa multiprotein complex termed the editosome. Here we describe an improved in vitro test to quantitatively explore the catalytic activity of the editosome. The assay uses synthetic, fluorophore-derivatized oligoribonucleotides as ...
[摘要] [摘要]非洲锥虫和其他原生动物生物线粒体内的基因表达依赖于核苷酸特异性的RNA编辑反应。在该过程中，仅将尿苷（U）-核苷酸位点特异性插入序列不足的初级转录物中，并从中缺失，以将其转化为可翻译的mRNA。该反应由0.8 MDa的多蛋白复合物催化，该复合物被称为编辑体。在这里我们描述了一种改进的体外试验，以定量探索Editosome的催化活性。该测定使用合成的，荧光团衍生的寡核糖核苷酸 作为编辑底物，可通过耦合到激光诱导荧光（LIF）检测系统的毛细管电泳（CE）自动分离反应产物。该测定法功能强大，只需要纳克级的材料，并且通过使用多毛细管CE / LIF仪器，可以高度平行的方式进行测定。进一步的改进包括使用硫代磷酸酯修饰的，因此具有RNase耐性的底物RNA，以及用于同时监测U插入和U缺失反应的多重型荧光团标记策略。该测定方法对于研究酶体的机理和酶学是有用的。ħ H但是，它也可以在高通量执行以筛选RNA编辑特异性抑制剂。
图形摘要：
基于荧光的体外U插入/ U缺失RNA编辑（FIDE）分析的特征
[背景]中的RNA编辑反应动质体原生动物如非洲锥虫和利什曼原虫表示一个信使的最显着的转录后修饰（米）的RNA（综述Göringer ...
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| Identification and Quantification of Secondary Metabolites by LC-MS from Plant-associated Pseudomonas aurantiaca and Pseudomonas chlororaphis
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Author:
Date:
2018-01-20
[Abstract] Increased antibiotic resistance of plants and human pathogens and continuous use of chemical fertilizers has pushed microbiologists to explore new microbial sources as potential antagonists. In this study, eight strains of Pseudomonas aurantiaca and Pseudomonas chlororaphis, have been isolated from different plant sources and screened for their antagonistic and plant growth promoting potential (Shahid et al., 2017). All strains were compared with reference strain PB-St2 and their secondary metabolites were isolated by the use of solvent partitioning and subjected to ...
[摘要] 哺乳动物正呼吸道病毒（呼肠孤病毒）利用成孔肽穿透宿主细胞膜。 在病毒进入过程中，这一步对于提供含核心颗粒的基因组至关重要。 该协议描述了用于测量呼肠孤病毒诱导的孔形成的体外测定。
【背景】呼肠孤病毒是无包膜的双链RNA病毒，其由两个同心蛋白质壳组成：内衣壳（核心）和外衣壳（Dryden等人，1993; Zhang等人， / ，2005; Dermody et al ，2013）。在附着之后，病毒颗粒被内吞（Borsa et al。，1979; Ehrlich et al。，2004; Maginnis et al。，2006; Maginnis和宿主组织蛋白酶蛋白酶降解σ3外壳蛋白（Chang和Zweerink，1971; Silverstein等人，1972; Borsa等人，et al。 1981; Sturzenbecker等人，1987; Dermody等人，1993; Baer和Dermody，1997; Ebert等人， 2002年）。这个过程产生一个亚稳中间体，称为感染性亚病毒颗粒（ISVP），其中细胞穿透蛋白μ1被暴露（Dryden等人，1993）。呼肠孤病毒ISVPs进行第二次构象改变以将含有基因组的核心沉积到宿主细胞的细胞质中。被改变的粒子被称为ISVP *（Chandran et al。，2002）。 ISVP-to-ISVP ...
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