| Maintenance of Schmidtea mediterranea in the Laboratory
|
|
Author:
Date:
2018-10-05
[Abstract] In the last years, planarians have emerged as a unique model animal for studying regeneration and stem cells biology. Although their remarkable regenerative abilities are known for a long time, only recently the molecular tools to understand the biology of planarian stem cells and the fundamentals of their regenerative process have been established. This boost is due to the availability of a sequenced genome and the development of new technologies, such as interference RNA and next-generation sequencing, which facilitate studies of planarian regeneration at the molecular and genetic level. ...
[摘要] 在过去的几年中，涡虫已成为研究再生和干细胞生物学的独特模型动物。 虽然它们具有显着的再生能力，但很长一段时间以来，人们已经建立了理解涡虫干细胞生物学及其再生过程基础的分子工具。 这种推动是由于测序基因组的可用性以及干扰RNA和新一代测序等新技术的发展，这些技术促进了分子和基因水平的涡虫再生研究。 由于这些原因，在实验室中保持健康稳定的涡虫种群对于进行可重复的实验至关重要。 在这里，我们详细介绍了我们实验室使用的协议，以维护最广泛作为模型的涡虫种类 Schmidtea mediterranea 。
【背景】涡虫是双侧对称的扁形动物，是超级寄主lophotroczoa的成员。有陆地，海洋和淡水涡虫。它们主要捕食受伤的昆虫，昆虫幼虫和其他无脊椎动物。涡虫是缺乏循环系统，骨骼系统和呼吸系统的三倍体和动脉粥样硬化动物（图1A）。这些动物在几天内截肢后具有恢复身体任何缺失部位的惊人能力（Reddien和Alvarado，2004; Salo，2006）;并根据环境条件和食物供应情况进行生长和驯化（Baguñá和Romero，1981）。这些特征是由于存在成体干细胞群 - 称为新生细胞 - 能够产生任何涡虫细胞类型（Reddien和Alvarado，2004; Salo，2006）。涡虫的高再生能力，具有独特的全能干细胞系统，为研究细胞更新，再生和干细胞调节提供了理想的模型。 ...
|
|
|
| Isolation of Phages Infecting Marinomonas mediterranea by an Enrichment Protocol
|
|
Author:
Date:
2018-07-05
[Abstract] This protocol describes the isolation of lytic phages infecting the marine bacterium Marinomonas mediterranea from samples of seawater, sand, and seagrass from Posidonia oceanica meadows. It includes the collection of samples, the enrichment method and the isolation and purification of the phages using double layer agar plates. Although the method has been optimized for M. mediterranea, it might be used in the isolation of phages infecting other Marinomonas species and marine bacteria.
[摘要] 该协议描述了从 Posidonia oceanica 草甸的海水，沙子和海草样品中分离感染海洋细菌 Marinomonas mediterranea 的裂解噬菌体。 它包括样品的收集，富集方法以及使用双层琼脂平板分离和纯化噬菌体。 虽然该方法已针对 M进行了优化。 地中海，它可能用于分离感染其他 Marinomonas 物种和海洋细菌的噬菌体。
【背景】CRISPR-Cas系统通过获取侵入性元件的核酸的短片段（间隔物），在原核生物中提供针对遗传感染的适应性免疫。这些“感染的分子记忆”用于产生指导RNA，其在新的感染发生时将Cas核酸酶靶向病原体。间隔区直接存储在宿主的基因组中，散布在CRISPR阵列的定向重复序列之间。对原核基因组以及宏基因组数据集中间隔序列库的分析突出了大量未发现的遗传病原体，这些病原体是CRISPR-Cas系统的靶标（Shmakov et al。，2017） 。感染感兴趣的微生物的噬菌体的分离可以提供对自然环境中CRISPR-Cas系统的作用机制的重要见解。
在这项工作中，我们提供了一种简单而廉价的方法，用于从该微生物的自然环境中分离感染模型细菌 Marinomonas mediterranea ...
|
|
|
| A Method for Extracting the Nuclear Scaffold from the Chromatin Network
|
|
Author:
Date:
2018-04-20
[Abstract] Each cell contains many large DNA polymers packed in a nucleus of approx. 10 μm in diameter. With histones, these DNA polymers are known to form chromatins. How chromatins further compact in the nucleus is unclear but it inevitably depends on an extensive non-chromatin nuclear scaffold. Imaging of endogenous chromatin network and the complementary scaffold that support this network has not been achieved but biochemical and proteomic investigations of the scaffold can still provide important insights into this chromatin-organizing network. However, this demands highly inclusive and ...
[摘要] 每个细胞都含有许多大型DNA聚合物，其中包含大约一个核。直径10微米。用组蛋白，已知这些DNA聚合物形成染色质。染色质在核中如何进一步致密还不清楚，但它不可避免地依赖于广泛的非染色质核支架。内源性染色质网络的成像和支持该网络的互补支架尚未实现，但支架的生化和蛋白质组学研究仍然可以提供关于该染色质组织网络的重要见解。但是，这需要高度包容和可重复的提取核支架。我们最近开发了一个简单的协议，用于从染色质中释放脚手架组件。提取物的包容性由以下观察结果证实：当从核中提取时，剩余的核染色质被释放为延伸且通常平行的染色质纤维。基本上，该方案包括纯核的产生，用Triton X-100处理细胞核以产生包膜消耗的细胞核（TxN），并在含蔗糖的缓冲液中在500mM NaCl中提取细胞核。 TxN的这个组合提取被称为TxNE。
【背景】通过蛋白质和核糖核蛋白的复杂支架，染色质在细胞核中密集并动态地压缩。与细胞骨架网络不同（Fischer和Fowler，2015），对这种核支架的显微观察在技术上是具有挑战性的。这可能反映了每个细胞核内染色质的主导地位，支架与细胞核交织在一起。核的球形排列也对成像这种支架结构造成挑战。核支架的主要元素是核层（NL）（Gruenbaum和Foisner，2015）。 ...
|
|
|