| A Sensitive and Specific PCR-based Assay to Quantify Hepatitis B Virus Covalently Closed Circular (ccc) DNA while Preserving Cellular DNA
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Author:
Date:
2021-04-20
[Abstract] Hepatitis B virus (HBV) is the major cause of liver diseases and liver cancer worldwide. After infecting hepatocytes, the virus establishes a stable episome (covalently closed circular DNA, or cccDNA) that serves as the template for all viral transcripts. Specific and accurate quantification of cccDNA is difficult because infected cells contain abundant replicative intermediates of HBV DNA that share overlapping sequences but arranged in slightly different forms. HBV cccDNA can be detected by Southern blot or qPCR methods which involve enzymatic digestion. These assays are laborious, have ...
[摘要] [摘要]乙型肝炎病毒（HBV）是全球范围内肝脏疾病和肝癌的主要原因。感染肝细胞后，病毒建立起稳定的附加体（共价闭合的环状DNA或cccDNA），作为所有病毒转录本的模板。cccDNA的特异性和准确定量非常困难，因为被感染的细胞含有丰富的HBV DNA复制中间体，这些中间体共享重叠序列，但排列形式略有不同。HBV cccDNA可以通过涉及酶消化的Southern印迹或qPCR方法进行检测。这些测定费力，灵敏度有限或需要细胞DNA降解（无法进行简单的标准化）。该协议中描述的方法cccDNA反向定量（cinq）PCR，而是使用一系列限制性酶介导的水解和连接反应，将cccDNA转化为反向线性扩增子，该扩增子无法从其他形式的HBV DNA扩增或检测到。重要的是，细胞DNA在样品制备过程中仍可定量，从而可以进行标准化并显着提高精确度。另外，第二线性片段（源自酶消化HBV DNA基因组的单独区域，并以所有形式的HBV DNA存在）可用于同时定量总HBV水平。
图形摘要：
HBV的cccDNA和总HBV DNA的选择性检测使用cinqPCR （转载自涂等人，2020一）。
[背景]乙型肝炎病毒（HBV）是一种小的有包膜病毒，其encapsidates一个部分双链环状DNA基因组，所谓松弛环状（RC）的DNA。感染人肝细胞后，核衣壳被转运至细胞核，其中rcDNA基因组被转化为共价闭合的环状（ccc）DNA。这种游离形式是高度稳定的，并保持慢性HBV感染（Tu等人，2020b ...
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| Assessing Gαq/15-signaling with IP-One: Single Plate Transfection and Assay Protocol for Cell-Based High-Throughput Assay
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Author:
Date:
2020-08-20
[Abstract] Cell-based functional assays are an important part of compound screening and drug lead optimization, and they can also play a crucial role in the determination of the residues involved in ligand binding and signaling for a particular G-protein-coupled receptor. Conventional methods used for Gαq/15-coupled receptors rely on the use of fluorescent probes for Ca++ sensing (such as Fura-2 and Fluo-4) or on the incorporation of [3H]-inositol into inositol 1,4,5- triphosphate (IP3). However, these methods are not suitable for screening large libraries of compounds ...
[摘要] [摘要 ] 基于细胞的功能测定法是化合物筛选和药物先导物优化的重要组成部分，并且它们可以也参与配体结合和信令残留量的测定起到至关重要的作用为一个特定的G蛋白偶联受体。用于Gα常规方法的q / 15 -偶联受体依赖于使用用于钙荧光探针++ 感测（如的Fura-2和的Fluo-4）或上掺入[的3 H] - 肌醇成肌醇1,4- ，5-三磷酸（IP3）。然而，这些方法不适合用于筛选大文库的化合物或用于筛选相同的受体的几个突变体。相反，IP-一个测定由Cisbio公司是TR-FRET测定适合大型化合物文库使用的稳定细胞株的筛选时，表达一个特定7TMR 。但是，当使用瞬时转染的7TMR突变体时，此检测方法并不理想，因为它需要两步操作进行细胞培养。因此，我们已经优化了IP-One的测定使用协议的在384孔反向转染方法的板。这为先前用于筛选Gαq / 15 偶联7TMR 的几种突变体的两步法提供了一种省时和省资源的替代方案。
[背景 ] 七跨膜受体（7TMR），也被称为G蛋白偶联受体，是超家族参与信号转导的最重要的跨膜蛋白。它们是临床批准药物的30％至50％的目标（Overington 等，2006）。Gαq / 15 偶联的7TMR激活磷脂酶Cβ（PLCβ），并产生D-肌醇1,4,5-三磷酸（IP3）和二酰基甘油（DAG）。IP3触发细胞内Ca ++ ...
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| Virucidal and Neutralizing Activity Tests for Antiviral Substances and Antibodies
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Author:
Date:
2018-05-20
[Abstract] In a narrow definition, virucidal activity represents the activity by which to interact with and physically disrupt viral particles. In a broad definition, it includes the activity by which to functionally inhibit (neutralize) viral infectivity without apparent morphological alterations of the viral particles. The viral infectivity can be measured in cell culture system by means of plaque assay, infectious focus assay, 50% tissue culture infectious dose (TCID50) assay, etc. Morphologically, disruption of viral particles can be demonstrated by negative staining electron ...
[摘要] 在狭义定义中，杀病毒活性表示与病毒颗粒相互作用和物理破坏的活性。 在一个广义的定义中，它包括了功能上抑制（中和）病毒感染性而没有病毒颗粒的明显形态改变的活性。 可以通过噬菌斑测定，感染性聚焦测定，50％组织培养感染剂量（TCID 50）测定，等等在细胞培养系统中测量病毒感染性。 形态学上，病毒颗粒的破坏可以通过病毒颗粒的负染色电子显微镜分析来证明。 在这篇文章中，我们描述了用广义定义评估杀病毒活性的方法。
【背景】病毒是细胞内寄生虫，它们劫持宿主细胞机制来复制它们自己的基因组。在病毒生命周期的最初阶段，感染性病毒颗粒附着（结合）到靶细胞表面上的称为病毒受体的特定宿主蛋白，然后病毒渗透（内化和/或融合）到细胞的细胞内区室宿主细胞，其中病毒生命周期的后续步骤继续产生后代病毒体（Scheel和Rice，2013）。
狭义定义中的杀病毒活性表示与病毒颗粒相互作用和物理破坏的活性。在一个广义的定义中，它包括与病毒感染性相互作用并在功能上抑制（中和）病毒感染性而没有病毒颗粒的明显形态改变的活性，如抗体介导的中和的情况。
最近我们报道了从蛇毒（Chen等，2017）获得的分泌型磷脂酶Aβ的异构体和来自蝎毒（El-Bitar ...
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